PDB-8w0b: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 from Candida albican...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w0b

タイトル

Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 from Candida albicans in complex with a cyclopropyl AMP ester inhibitor

要素

Acetyl-coenzyme A synthetase 2

キーワード

LIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Acetyl-coenzyme A synthetase 2

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / acetyl-CoA biosynthetic process / AMP binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 from Candida albicans in complex with a cyclopropyl AMP ester inhibitor
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8w0b.ent.gz	604.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/8w0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/8w0b	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Acetyl-coenzyme A synthetase 2

B: Acetyl-coenzyme A synthetase 2

C: Acetyl-coenzyme A synthetase 2

ヘテロ分子

230 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.779, 139.779, 544.422
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Acetyl-coenzyme A synthetase 2 分子量: 75908.391 Da / 分子数: 3 / 変異: V403A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: ACS2 / プラスミド: CaalA.00629.a.FS11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NJN3

-
非ポリマー , 5種, 606分子

#2: 化合物	ChemComp-YHK / 5'-O-[(R)-(cyclopropyloxy)(hydroxy)phosphoryl]adenosine 分子量: 387.285 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₈N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.51 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Berkeley B12: 25% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M (NH4)2SO4. CaalA.00629.a.FS11.PD00399 at 20 mg/mL. 2mM HGN-1193 added to the protein prior to crystallization. plate 13749 well B12, drop 3. ...詳細: Berkeley B12: 25% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M (NH4)2SO4. CaalA.00629.a.FS11.PD00399 at 20 mg/mL. 2mM HGN-1193 added to the protein prior to crystallization. plate 13749 well B12, drop 3. Puck: PSL-1707, Cryo: 20% Glycerol + 80% crystallant.

結晶

マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.51 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Berkeley B12: 25% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M (NH4)2SO4. CaalA.00629.a.FS11.PD00399 at 20 mg/mL. 2mM HGN-1193 added to the protein prior to crystallization. plate 13749 well B12, drop 3. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月23日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→49.65 Å / Num. obs: 140362 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.217 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.22 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 5556415
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.8 % / R_merge(I) obs: 2.978 / Num. measured all: 405654 / Num. unique obs: 10180 / CC_1/2: 0.881 / R_pim(I) all: 0.476 / R_rim(I) all: 3.016 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5233: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→49.65 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2186	6939	4.95 %
R_work	0.1865	-	-
obs	0.1881	140082	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14214	0	131	591	14936

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	14731
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.689	20062
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.96	5270
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	2183
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2574

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.3042	265	0.2732	4353	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.35	0.2854	228	0.2473	4326	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.38	0.2874	237	0.2365	4325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.41	0.2628	222	0.2311	4377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.44	0.2679	231	0.2209	4353	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.48	0.2605	223	0.223	4338	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.51	0.2449	247	0.2115	4366	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.55	0.2606	204	0.2282	4416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.59	0.2592	242	0.2226	4372	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.63	0.31	245	0.2405	4354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.68	0.267	213	0.239	4386	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.73	0.2657	228	0.2315	4369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.78	0.2506	220	0.2165	4405	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.84	0.2625	226	0.2017	4394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.9	0.2336	233	0.1986	4403	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.97	0.2608	219	0.207	4412	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.04	0.2305	234	0.2152	4423	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.12	0.2659	219	0.2215	4389	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.21	0.2655	216	0.237	4429	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.32	0.2788	242	0.2172	4429	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.44	0.2354	219	0.1992	4427	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.57	0.2112	242	0.193	4451	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.74	0.2222	226	0.1864	4460	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-3.93	0.222	213	0.1743	4481	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.18	0.1694	249	0.1553	4476	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-4.5	0.1672	243	0.1362	4523	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5-4.95	0.1555	222	0.1277	4532	X-RAY DIFFRACTION	100
4.95-5.67	0.1716	229	0.1468	4580	X-RAY DIFFRACTION	100
5.67-7.14	0.208	240	0.1722	4658	X-RAY DIFFRACTION	100
7.14-49.65	0.2057	262	0.1905	4936	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8735	-0.0875	-0.106	0.9424	0.0366	1.8797	0.0038	0.0792	0.039	-0.0553	0.0967	-0.1241	-0.0426	0.1436	-0.0991	0.3641	-0.034	0.0248	0.3639	0.0287	0.4111	21.7613	37.0968	-21.5557
2	1.7218	0.0379	-0.3115	2.041	-0.4556	2.9396	-0.0144	0.1358	-0.1273	-0.1494	0.0736	0.1362	0.2277	-0.3801	-0.059	0.4147	-0.0931	-0.0393	0.5331	0.0554	0.4076	-3.1571	24.7333	-27.5022
3	1.0291	0.0563	-0.1703	0.754	0.0284	1.3813	-0.022	0.1669	-0.0154	-0.1925	0.0755	0.0247	0.2228	-0.1336	-0.0636	0.4301	-0.0659	0.002	0.3849	0.0446	0.3514	11.4612	26.4079	-30.9638
4	0.7094	-0.2562	-0.365	1.2543	0.0302	2.2204	-0.0088	0.0256	-0.0354	-0.0392	0.0946	-0.1175	0.2203	0.2028	-0.0734	0.3992	0.0155	0.0022	0.3585	0.0088	0.3814	24.9525	22.8628	-14.4908
5	2.3626	-1.9562	0.8212	5.1591	-4.0955	4.3207	-0.0272	0.2296	-0.0505	-0.3235	-0.006	0.117	-0.1209	-0.084	0.049	0.7117	-0.051	-0.004	0.4022	-0.017	0.4071	13.7356	-4.9912	-15.5653
6	0.5888	-0.2334	-0.1186	1.117	-0.1034	1.3861	-0.014	-0.0412	0.1955	0.0449	0.0774	0.0172	-0.0991	-0.1785	-0.0535	0.3078	0.0586	0.0655	0.406	0.0563	0.4279	-1.3328	52.927	11.5178
7	1.6827	-0.5784	0.1161	2.7874	-0.4918	1.7227	-0.0668	-0.0286	-0.106	0.0468	0.1368	0.4134	0.2631	-0.4957	-0.0861	0.3775	-0.0719	0.0519	0.5686	0.0775	0.4451	-13.8388	33.4426	9.3892
8	0.9308	-0.2711	-0.0088	0.8259	-0.1219	1.2608	-0.0434	-0.0964	0.111	0.152	0.1323	0.0685	-0.1471	-0.2655	-0.0848	0.3343	0.0868	0.0748	0.4364	0.0624	0.4026	-7.1925	55.2151	22.868
9	4.7138	-0.1797	0.49	0.3815	0.4581	0.6482	-0.1112	-0.4042	-0.2489	-0.0329	0.0186	0.272	0.3424	-0.2263	0.1104	0.6118	0.1063	0.095	0.5335	0.1192	0.6367	-28.0867	65.5097	24.1366
10	5.8495	-1.2162	-0.624	1.8878	1.6617	2.2813	-0.3721	0.4551	-1.0365	0.4589	-0.2523	0.3653	0.5171	-0.4553	0.4268	1.0196	0.0526	0.1482	0.8416	-0.0308	0.9509	-47.3319	59.4165	18.4291
11	1.7546	-1.9099	-0.1253	5.0533	-1.9272	1.4435	-1.0876	0.5533	-1.3243	0.1647	0.6604	0.2174	1.2324	-0.451	0.3118	1.3615	-0.0543	0.4146	0.7664	-0.1714	1.592	-44.738	49.8069	16.3898
12	1.1036	-0.33	-0.0102	1.1075	0.2475	0.5948	0.1489	0.3297	0.4191	-0.4114	-0.0093	0.1105	-0.3708	-0.3006	-0.0243	0.6066	0.1555	0.0459	0.6701	0.2819	0.6302	-12.3162	68.696	-31.8256
13	1.9581	0.2941	-0.0983	1.9039	0.5285	1.4709	0.064	0.0861	0.0287	-0.042	-0.1281	0.306	0.0427	-0.4783	0.0692	0.3648	0.0636	-0.0368	0.8014	0.1428	0.6156	-31.0474	51.4387	-16.3809
14	5.6548	0.1585	-3.3843	2.3356	-0.6407	2.1532	-0.0528	0.9821	-0.1825	-0.6239	-0.0915	0.514	-0.1173	-0.8656	0.2608	0.4985	0.0991	-0.1013	0.8155	0.0795	0.5878	-19.8257	49.2033	-31.8722
15	1.0129	-0.2822	0.1332	0.8784	0.1605	0.7494	0.1482	0.399	0.3129	-0.3801	-0.005	0.2852	-0.3629	-0.4735	-0.065	0.68	0.2395	-0.0378	0.9103	0.3096	0.7242	-22.8327	67.2525	-38.4782

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 136 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 137 through 249 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 250 through 421 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 422 through 560 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 561 through 685 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 20 through 186 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 187 through 308 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 309 through 531 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 532 through 570 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 571 through 620 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 621 through 681 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 20 through 136 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 137 through 283 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 284 through 308 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 309 through 548 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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