+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8w02 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Q108K:K40L:T51V:T53S:R58W mutant of hCRBPII bound to synthetic fluorophore TD-1V | ||||||
要素 | Retinol-binding protein 2 | ||||||
キーワード | RETINOL BINDING PROTEIN / human cellular retinol binding protein II / hCRBPII / TD-1V / engineered protein / fluorescent protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vitamin A metabolic process / retinoid binding / retinal binding / retinol binding / epidermis development / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport / fatty acid binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.499 Å | ||||||
データ登録者 | Ghanbarpour, A. / Geiger, J.H. / Borhan, B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Regulation of Emission via a Protein-Bound Fluorophore 著者: Santos, E.M. / Chandra, I. / Assar, Z. / Sheng, W. / Ghanbarpour, A. / Bingham, C.R. / Vasileiou, C. / Geiger, J.H. / Borhan, B. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8w02.cif.gz | 132.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8w02.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8w02.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8w02_validation.pdf.gz | 680.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8w02_full_validation.pdf.gz | 683.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8w02_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8w02_validation.cif.gz | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/8w02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/8w02 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15595.499 Da / 分子数: 2 / 変異: Q108K:K40L:T51V:T53S:R58W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP2, CRBP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50120 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-A1AEQ / ( | 分子量: 271.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17NOS #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.58 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium acetate, PEG 4000, sodium acetate / PH範囲: 4.0 - 4.8 / Temp details: Room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.499→27.36 Å / Num. obs: 39448 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 21.22 Å2 / CC1/2: 0.882 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/av σ(I): 41.07 / Net I/σ(I): 20.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.499→1.553 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.24 / Num. unique obs: 11993 / CC1/2: 0.89 / CC star: 0.97 / Rpim(I) all: 0.281 / Rrim(I) all: 0.555 / % possible all: 94.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4QYN 解像度: 1.499→27.36 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.499→27.36 Å
| ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|