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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vzz | ||||||
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タイトル | Q108K:K40L:T51V:T53S:Y19W:R58W mutant of hCRBPII bound to synthetic fluorophore TD-1V | ||||||
要素 | Retinol-binding protein 2 | ||||||
キーワード | RETINOL BINDING PROTEIN / human cellular retinol binding protein II / hCRBPII / engineered protein / fluorescent protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vitamin A metabolic process / retinoid binding / retinal binding / retinol binding / epidermis development / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport / fatty acid binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å | ||||||
データ登録者 | Nosssoni, Z. / Bingham, C.R. / Geiger, J.H. / Borhan, B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Regulation of Emission via a Protein-Bound Fluorophore 著者: Santos, E.M. / Chandra, I. / Assar, Z. / Sheng, W. / Ghanbarpour, A. / Bingham, C.R. / Vasileiou, C. / Geiger, J.H. / Borhan, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vzz.cif.gz | 185.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vzz.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8vzz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8vzz_validation.pdf.gz | 846.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8vzz_full_validation.pdf.gz | 851.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8vzz_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8vzz_validation.cif.gz | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15689.610 Da / 分子数: 2 / 変異: Q108K:K40L:T51V:T53S:Y19W:R58W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP2, CRBP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50120 #2: 化合物 | 分子量: 271.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17NOS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.48 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG4000, ammonium acetate, sodium acetate / PH範囲: 4.0-4.8 / Temp details: room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.22→29.6 Å / Num. obs: 72294 / % possible obs: 93.53 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.889 / Net I/σ(I): 44.63 |
反射 シェル | 解像度: 1.22→1.29 Å / Num. unique obs: 6768 / CC1/2: 0.902 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4QYN 解像度: 1.22→29.6 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.22→29.6 Å
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拘束条件 |
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