PDB-8vzg: Carbonic anhydrase II mutant with DRD function

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vzg

タイトル

Carbonic anhydrase II mutant with DRD function

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Destabilized domain / acetazolamide binding mutant / CA2

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Sethi, D.K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Functional regulation of membrane-bound cytokine activity in engineered T cells via drug-responsive domains derived from carbonic anhydrase 2
著者: Innis, M. / Meulen, J.T. / Sethi, D.K.

履歴

登録	2024年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vzg.cif.gz	75.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vzg.ent.gz	52.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vzg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vzg_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vzg_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8vzg_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	8vzg_validation.cif.gz	22.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#49 - 2004年1月
炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase)
類似性 (1)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

30.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.534, 69.042, 80.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide ...Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide hydratase CA2 分子量: 29316.086 Da / 分子数: 1 / 変異: S56N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase, cyanamide hydratase

#1: タンパク質

Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide ...

分子量: 29316.086 Da / 分子数: 1 / 変異: S56N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase, cyanamide hydratase

-
非ポリマー , 5種, 213分子

#2: 化合物	ChemComp-AZM / 5-ACETAMIDO-1,3,4-THIADIAZOLE-2-SULFONAMIDE / アセタゾラミド分子量: 222.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆N₄O₃S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₅O₇
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.45M sodium citrate, 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 4% v/v Polypropylene glycol P 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→29.15 Å / Num. obs: 22756 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 11.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 18.3 / Num. measured all: 266549
反射シェル	解像度: 1.79→1.83 Å / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.729 / Num. measured all: 8169 / Num. unique obs: 1169 / CC_1/2: 0.796 / R_pim(I) all: 0.283 / R_rim(I) all: 0.786 / Χ²: 0.87 / Net I/σ(I) obs: 2.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.79→29.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 2.288 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1808	1126	4.959 %	RANDOM
R_work	0.1501	21580	-	-
all	0.152	-	-	-
obs	-	22706	99.118 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.557 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.041 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.013 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.029 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→29.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2050	0	46	206	2302

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	2196
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.775	1.83	2987
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.584	1.782	4682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.978	5	265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.98	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.092	10	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.572	10	99
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	490
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	360
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.132	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.046	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.148	2.185	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.146	2.184	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.135	3.902	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.134	3.906	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.235	2.492	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.235	2.494	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.921	4.387	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.92	4.388	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.644	24.521	2396
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.46	23.97	2355

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.836	0.237	96	0.215	1415	X-RAY DIFFRACTION	90.6963
1.836-1.886	0.252	72	0.187	1505	X-RAY DIFFRACTION	97.8895
1.886-1.941	0.224	78	0.17	1502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.941-2	0.212	56	0.154	1468	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.066	0.184	75	0.138	1414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.066-2.138	0.21	61	0.139	1369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.138-2.218	0.181	67	0.143	1325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.218-2.308	0.184	76	0.144	1261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.308-2.41	0.166	69	0.154	1222	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.527	0.2	60	0.149	1184	X-RAY DIFFRACTION	100
2.527-2.662	0.169	63	0.149	1124	X-RAY DIFFRACTION	100
2.662-2.822	0.158	59	0.148	1040	X-RAY DIFFRACTION	100
2.822-3.015	0.239	49	0.159	1030	X-RAY DIFFRACTION	100
3.015-3.254	0.225	59	0.149	929	X-RAY DIFFRACTION	100
3.254-3.56	0.126	47	0.142	853	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.973	0.143	54	0.136	776	X-RAY DIFFRACTION	100
3.973-4.573	0.151	38	0.132	724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.573-5.567	0.175	12	0.135	624	X-RAY DIFFRACTION	100
5.567-7.733	0.223	24	0.184	492	X-RAY DIFFRACTION	100
7.733-29.15	0.184	11	0.166	323	X-RAY DIFFRACTION	100

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