PDB-8vz4: L54G Mutant of E. coli Dihydrofolate Reductase Complexed with Nic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vz4

タイトル

L54G Mutant of E. coli Dihydrofolate Reductase Complexed with Nicotinamide Adenine Dinucleotide Phosphate (oxidized form)

要素

Dihydrofolate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / L54G / NADP+ / DHFR

機能・相同性

機能・相同性情報

methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Fried, S.D.E. / Boxer, S.G.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Role of Electrostatics in Hydride Transfer by Dihydrofolate Reductase
著者: Fried, S.D.E. / Mukherjee, S. / Mao, Y. / Boxer, S.G.

履歴

登録	2024年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vz4.cif.gz	168.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vz4.ent.gz	133.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vz4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vz4_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vz4_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8vz4_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	8vz4_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vz4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ucxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Dihydrofolate reductase

B: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

37.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.493, 58.592, 70.208
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Dihydrofolate reductase 分子量: 17963.234 Da / 分子数: 2 / 変異: L54G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: folA, tmrA, b0048, JW0047 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABQ4, dihydrofolate reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.92 % / 解説: Rods
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 6000, calcium chloride, Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→37.64 Å / Num. obs: 83315 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.139 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.144 / Χ²: 0.87 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 1134224
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 3.157 / Num. measured all: 42599 / Num. unique obs: 3797 / CC_1/2: 0.762 / R_pim(I) all: 0.955 / R_rim(I) all: 3.305 / Χ²: 0.8 / Net I/σ(I) obs: 1.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21_5207: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.25→37.64 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1952	4118	4.97 %
R_work	0.1639	-	-
obs	0.1654	82881	97.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→37.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2480	0	96	357	2933

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	2979
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.579	4107
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.696	1165
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.111	436
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.014	533

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.25-1.26	0.4323	113	0.3221	2319	X-RAY DIFFRACTION	85
1.26-1.28	0.2472	139	0.2774	2750	X-RAY DIFFRACTION	98
1.28-1.3	0.3038	142	0.2545	2686	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3-1.31	0.2686	144	0.2328	2725	X-RAY DIFFRACTION	99
1.31-1.33	0.2581	151	0.2221	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
1.33-1.35	0.2654	144	0.223	2726	X-RAY DIFFRACTION	99
1.35-1.37	0.2698	134	0.2097	2719	X-RAY DIFFRACTION	98
1.37-1.39	0.2635	156	0.2005	2678	X-RAY DIFFRACTION	98
1.39-1.41	0.2574	147	0.1939	2701	X-RAY DIFFRACTION	98
1.41-1.44	0.2264	150	0.191	2729	X-RAY DIFFRACTION	98
1.44-1.46	0.2352	128	0.1797	2743	X-RAY DIFFRACTION	98
1.46-1.49	0.2331	140	0.1686	2696	X-RAY DIFFRACTION	98
1.49-1.52	0.2357	145	0.1643	2676	X-RAY DIFFRACTION	97
1.52-1.56	0.2147	144	0.1529	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
1.56-1.59	0.21	143	0.1426	2724	X-RAY DIFFRACTION	99
1.59-1.63	0.2117	138	0.1437	2756	X-RAY DIFFRACTION	99
1.63-1.68	0.1947	152	0.146	2743	X-RAY DIFFRACTION	99
1.68-1.73	0.2002	135	0.1482	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
1.73-1.78	0.1735	147	0.1419	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
1.78-1.84	0.1928	143	0.1464	2739	X-RAY DIFFRACTION	98
1.84-1.92	0.2019	133	0.1459	2691	X-RAY DIFFRACTION	98
1.92-2.01	0.1844	138	0.1452	2742	X-RAY DIFFRACTION	98
2.01-2.11	0.1582	134	0.1451	2680	X-RAY DIFFRACTION	96
2.11-2.24	0.1707	155	0.1393	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.42	0.1801	139	0.1524	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.66	0.2141	153	0.1687	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-3.04	0.1954	142	0.1731	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.83	0.1593	137	0.1544	2733	X-RAY DIFFRACTION	97
3.84-37.64	0.162	152	0.1566	2803	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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