PDB-8vz0: Crystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain (L372S, L...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vz0

タイトル

Crystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain (L372S, L536S) in complex with k-400

要素

Estrogen receptor

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / Estrogen Receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / mammary gland alveolus development / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / : / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / steroid binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / male gonad development / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of fibroblast proliferation / Ovarian tumor domain proteases / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Min, C.K. / Nwachukwu, J.C. / Hou, Y. / Russo, R.J. / Papa, A. / Min, J. / Peng, R. / Kim, S.H. / Ziegler, Y. / Rangarajan, E.S. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Asymmetric allostery in estrogen receptor-alpha homodimers drives responses to the ensemble of estrogens in the hormonal milieu.
著者: Min, C.K. / Nwachukwu, J.C. / Hou, Y. / Russo, R.J. / Papa, A. / Min, J. / Peng, R. / Kim, S.H. / Ziegler, Y. / Rangarajan, E.S. / Izard, T. / Katzenellenbogen, B.S. / Katzenellenbogen, J.A. / Nettles, K.W.

履歴

登録	2024年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vz0.cif.gz	525.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vz0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vz0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8vz0_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vz0_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8vz0_validation.xml.gz	39.3 KB	表示
CIF形式データ	8vz0_validation.cif.gz	52.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vz0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8vytC 8vyxC 8vz1C 8vzpC 8vzqC 8w03C 8w07C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (12) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (12)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Estrogen receptor

B: Estrogen receptor

C: Estrogen receptor

D: Estrogen receptor

ヘテロ分子

112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Estrogen receptor

B: Estrogen receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.2 kDa, 2 ポリマー

2

C: Estrogen receptor

D: Estrogen receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.2 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.259, 58.886, 93.039
Angle α, β, γ (deg.)	80.10, 75.02, 63.17
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1 分子量: 27561.377 Da / 分子数: 4 / 変異: L372S, L536S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物	ChemComp-A1AHO / (1S,2R,4S)-N-(cyclopropylmethyl)-5,6-bis(4-hydroxyphenyl)-N-(4-methoxyphenyl)-7-oxabicyclo[2.2.1]hept-5-ene-2-sulfonamide 分子量: 519.609 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₂₉NO₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.19 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 20-25% PEG 3350, 200 mM MgCl2, 0.1 M Bis-Tris/Hepes/Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→33.052 Å / Num. obs: 48681 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.968 / Net I/σ(I): 4.2
反射シェル	解像度: 1.86→1.926 Å / Num. unique obs: 206 / CC_1/2: 0.877

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.86→33.05 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 33.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.249	2398	4.93 %
R_work	0.2069	-	-
obs	0.209	48681	59.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→33.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6994	0	133	168	7295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	7285
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.968	9893
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.474	1036
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.222	1185
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.015	1213

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.9	0.4329	8	0.3358	101	X-RAY DIFFRACTION	2
1.9-1.94	0.2879	6	0.3229	145	X-RAY DIFFRACTION	3
1.94-1.98	0.3219	16	0.2898	296	X-RAY DIFFRACTION	6
1.98-2.03	0.2624	39	0.2826	532	X-RAY DIFFRACTION	12
2.03-2.09	0.2439	32	0.2714	862	X-RAY DIFFRACTION	19
2.09-2.15	0.2707	70	0.2644	1541	X-RAY DIFFRACTION	34
2.15-2.22	0.3129	137	0.2634	2501	X-RAY DIFFRACTION	54
2.22-2.3	0.2786	164	0.2435	3166	X-RAY DIFFRACTION	70
2.3-2.39	0.2722	197	0.2363	3766	X-RAY DIFFRACTION	82
2.39-2.5	0.2731	235	0.2255	4009	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5-2.63	0.2845	185	0.2259	4113	X-RAY DIFFRACTION	89
2.63-2.8	0.2775	223	0.2229	4299	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8-3.01	0.2578	199	0.2137	4210	X-RAY DIFFRACTION	93
3.01-3.31	0.2651	225	0.2021	4049	X-RAY DIFFRACTION	88
3.31-3.79	0.219	238	0.1857	4296	X-RAY DIFFRACTION	95
3.79-4.78	0.2093	229	0.1724	4148	X-RAY DIFFRACTION	91
4.78-33.05	0.2599	195	0.2133	4249	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9724	1.5077	0.441	2.8253	0.9991	1.4503	-0.0407	0.2938	0.9327	-0.2112	-0.1139	0.8044	-0.162	-0.2234	0.1883	0.2525	0.1232	-0.0425	0.3436	0.035	0.3256	9.6165	38.7689	-9.5418
2	2.385	2.6511	0.7685	3.3803	-0.2655	2.5622	0.2331	0.0686	-0.136	0.7441	0.0194	-0.1502	-0.1683	-0.0037	-0.1662	0.264	0.0691	-0.0335	0.2371	-0.0224	0.2843	16.487	41.0779	-1.6929
3	3.5953	1.4469	-0.6863	4.8213	-0.5281	3.0356	0.1331	-0.0661	0.3188	0.0163	-0.0505	0.0608	-0.0672	0.1213	-0.0143	0.1609	0.048	0.0032	0.1624	-0.0299	0.1985	18.1529	34.8515	-7.0635
4	5.3038	1.232	-0.7773	4.9058	-0.4423	4.6071	-0.2044	-0.0708	0.1225	-0.1601	0.1532	-0.2073	0.2226	0.1528	0.2478	0.1735	0.0628	-0.0105	0.1392	-0.0231	0.2251	16.9499	27.4026	-11.5407
5	2.3201	0.2463	-0.861	2.0878	1.4352	9.272	-0.0654	-0.073	-0.1846	0.1231	-0.1119	0.4369	0.9058	-0.5991	0.1328	0.2559	-0.0184	0.0267	0.2884	0.0458	0.4209	3.7837	18.2794	-9.6319
6	6.4053	2.832	3.1999	5.1974	0.2576	4.304	-0.127	0.2434	-0.0885	0.1707	0.0413	-0.1157	0.2501	0.2716	0.0265	0.1518	0.0223	0.0291	0.1443	-0.0155	0.2274	19.7971	22.8016	-12.2184
7	4.6586	4.5207	1.4063	4.4965	1.3838	0.4265	-0.0553	-0.5511	0.3576	0.2425	-0.1509	-0.3149	0.3894	0.6706	0.2312	0.781	0.0874	-0.1171	0.6438	0.0461	0.4138	25.4587	35.9745	6.6597
8	3.1441	-0.5009	0.6979	7.9019	-0.1992	4.204	0.1214	-1.3862	0.2562	1.5137	-0.2561	0.7357	-0.1842	-0.0719	0.1052	0.969	-0.0708	0.1256	0.4576	-0.0592	0.4173	9.7293	35.1657	9.5902
9	4.2908	-1.0826	1.6839	2.5774	-2.3941	6.3824	-0.0714	0.1883	-0.2951	-0.1842	0.0067	-0.1297	0.4132	-0.0086	0.0508	0.3555	0.089	0.0204	0.1615	-0.0819	0.32	26.7653	-0.2969	-15.9712
10	5.6464	0.3081	0.5817	4.758	-0.8261	7.1283	-0.1579	-0.4115	0.062	0.3169	-0.0457	-0.7328	-0.0894	0.4998	0.0651	0.2254	0.0512	-0.0292	0.2625	-0.0242	0.2845	36.7471	4.1951	-5.3849
11	1.5611	1.1582	-1.3348	3.6875	-1.0367	5.3227	-0.0157	0.2037	-0.0675	-0.2589	-0.1233	-0.3833	-0.0151	0.5572	0.1127	0.188	0.0656	0.0153	0.3292	0.0167	0.2654	31.6913	11.0228	-12.777
12	6.2329	0.5548	-1.5808	6.3619	0.794	1.8088	-0.0233	-1.107	-0.6015	1.1378	0.1603	-0.2876	0.1856	0.0903	-0.1519	0.467	0.0961	0.0154	0.4816	0.0019	0.2179	25.009	1.9192	7.3817
13	3.8185	-0.0228	-0.6154	3.5207	0.4853	5.3672	-0.1721	-0.1119	0.1239	0.2722	0.0773	0.146	0.1896	-0.0929	-0.0542	0.2949	0.0503	0.0134	0.1517	0.0395	0.209	21.0524	9.8179	-7.0915
14	4.0563	3.5211	-3.7571	4.3071	-3.9904	7.5135	0.1881	0.196	0.6798	-0.2785	-0.0213	0.7189	-0.0949	-0.105	-0.0853	0.4062	-0.0165	0.0292	0.2165	-0.0206	0.324	18.2463	10.3725	-22.5503
15	8.128	3.3931	4.7733	4.1299	2.2942	5.9365	-0.1202	-0.4849	-0.1965	0.2251	0.0621	0.0303	0.0007	-0.1842	-0.0181	0.2574	0.0745	0.0423	0.2163	0.0242	0.3175	19.122	15.2901	-6.0577
16	1.6076	0.9561	1.7569	4.1356	2.9435	3.8245	-0.5356	-0.3147	-0.396	0.5156	0.1051	-0.9463	0.2187	2.1037	0.0255	0.3608	0.0087	-0.0625	0.85	0.1204	0.6601	43.074	14.2429	-7.8354
17	3.9204	-0.5895	0.537	2.2226	0.5007	1.5342	-0.2244	-0.2957	-0.6209	0.2251	0.0943	0.5564	0.2192	-0.1563	0.0975	0.2619	-0.101	0.0494	0.3269	0.037	0.3304	10.0916	16.4063	38.1603
18	2.836	-1.4257	0.1182	4.0199	-0.1279	2.4121	-0.0226	-0.0558	-0.1769	0.0149	-0.021	0.2555	0.1768	-0.2724	0.0366	0.1794	-0.0651	-0.0106	0.2263	-0.003	0.2125	15.1218	19.613	33.3931
19	3.1939	1.228	1.9801	7.6737	-2.7058	2.879	-0.1171	-0.2313	-0.3374	0.4457	0.0659	-1.4288	0.2312	0.5177	0.1174	0.3337	0.0055	-0.1574	0.3353	0.0172	0.578	27.6529	20.2103	43.836
20	2.2495	0.0318	-0.1265	4.4828	0.5467	2.5624	-0.0219	-0.0176	0.0328	-0.0344	-0.0462	0.5123	0.0678	-0.195	0.0231	0.1894	-0.0275	0.0073	0.2191	0.0365	0.2734	12.2012	31.7772	36.5795
21	5.0599	0.7277	-1.0241	2.9239	-1.4055	2.8583	-0.067	0.1155	0.1991	0.2035	0.0318	-0.3827	0.0166	0.1574	0.0351	0.268	-0.0695	-0.0308	0.1704	-0.0341	0.28	31.9155	53.5262	38.7599
22	2.8982	-0.3441	1.0594	4.12	-1.4336	4.6157	-0.0375	0.1451	0.0205	-0.2407	0.1469	-0.116	-0.1278	0.1355	-0.1229	0.1695	-0.0422	0.0048	0.1821	-0.0568	0.2226	29.0552	48.1061	33.4691
23	3.0029	-1.3994	1.1579	4.4879	-0.4707	4.1515	-0.026	0.0252	-0.0867	-0.4036	0.1424	0.0676	0.1503	-0.1371	-0.1096	0.2535	-0.0637	0.0379	0.2082	0.0095	0.2253	22.0045	44.3906	36.2179
24	4.1053	-5.1509	2.8525	7.6165	-3.4106	3.2861	-0.5141	-0.73	-0.07	0.8953	0.4816	0.2602	-0.3433	-0.3896	-0.0331	0.4064	0.0147	0.0639	0.2961	-0.0096	0.2162	19.7825	44.1715	51.9507
25	3.1612	-2.731	-3.6394	6.0862	1.8373	7.3254	-0.4017	0.1868	-0.2656	0.0017	0.1062	0.4712	0.2134	-0.3657	0.261	0.2086	-0.0222	-0.0401	0.167	-0.0148	0.2153	18.1624	40.5629	35.3547
26	6.1069	1.1434	-2.5064	3.5384	0.7495	7.4637	-0.0124	0.097	-0.7657	-0.0013	0.3651	-0.5298	-0.0167	1.3236	0.1385	0.3417	0.0128	-0.0143	0.4986	-0.0341	0.6831	43.4281	42.1659	39.3739

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 306 through 338 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 339 through 363 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 364 through 420 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 421 through 465 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 466 through 496 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 497 through 526 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 527 through 536 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 537 through 546 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 305 through 341 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 342 through 363 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 364 through 394 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 395 through 421 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 422 through 467 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 468 through 496 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 497 through 527 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 528 through 544 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 306 through 338 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 339 through 407 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 408 through 438 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 439 through 546 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 305 through 363 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 364 through 421 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 422 through 465 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 466 through 496 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 497 through 525 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 526 through 545 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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