PDB-8vyx: Crystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain (L372S, L...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vyx

タイトル

Crystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain (L372S, L536S) in complex with k-410

要素

Estrogen receptor

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / Estrogen Receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / mammary gland branching involved in pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / estrogen receptor signaling pathway / protein localization to chromatin / steroid binding / 14-3-3 protein binding / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / negative regulation of miRNA transcription / ESR-mediated signaling / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / nuclear estrogen receptor binding / transcription coregulator binding / transcription corepressor binding / stem cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / euchromatin / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / transcription coactivator binding / male gonad development / nuclear receptor activity / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of fibroblast proliferation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / fibroblast proliferation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / calmodulin binding / Extra-nuclear estrogen signaling / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Min, C.K. / Nwachukwu, J.C. / Hou, Y. / Russo, R.J. / Papa, A. / Min, J. / Peng, R. / Kim, S.H. / Ziegler, Y. / Rangarajan, E.S. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Asymmetric allostery in estrogen receptor-alpha homodimers drives responses to the ensemble of estrogens in the hormonal milieu.
著者: Min, C.K. / Nwachukwu, J.C. / Hou, Y. / Russo, R.J. / Papa, A. / Min, J. / Peng, R. / Kim, S.H. / Ziegler, Y. / Rangarajan, E.S. / Izard, T. / Katzenellenbogen, B.S. / Katzenellenbogen, J.A. / Nettles, K.W.

履歴

登録	2024年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vyx.cif.gz	537 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vyx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vyx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8vyx_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vyx_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8vyx_validation.xml.gz	43 KB	表示
CIF形式データ	8vyx_validation.cif.gz	60.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/8vyx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/8vyx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8vytC 8vz0C 8vz1C 8vzpC 8vzqC 8w03C 8w07C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (12) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (12)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Estrogen receptor

B: Estrogen receptor

C: Estrogen receptor

D: Estrogen receptor

ヘテロ分子

112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Estrogen receptor

B: Estrogen receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Estrogen receptor

D: Estrogen receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.809, 58.867, 94.127
Angle α, β, γ (deg.)	86.75, 74.98, 62.91
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1 分子量: 27561.377 Da / 分子数: 4 / 変異: L372S, L536S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物	ChemComp-A1AHU / 4,4'-[(1S,4S,5R)-5-(3,4-dihydroquinoline-1(2H)-sulfonyl)-7-oxabicyclo[2.2.1]hept-2-ene-2,3-diyl]diphenol 分子量: 475.556 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₅NO₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 20-25% PEG 3350, 200 mM MgCl2, 0.1 M Bis-Tris/Hepes/Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→33.101 Å / Num. obs: 75467 / % possible obs: 83.2 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.971 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 1.693→1.831 Å / Num. unique obs: 3774 / CC_1/2: 0.143

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.69→33.1 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 28.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2462	3718	4.93 %
R_work	0.2086	-	-
obs	0.2105	75444	68.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→33.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7169	0	136	541	7846

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	7451
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.08	10109
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.54	1070
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	1195
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.015	1239

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.69-1.71	0.5963	8	0.3171	127	X-RAY DIFFRACTION	3
1.71-1.74	0.4017	18	0.3026	250	X-RAY DIFFRACTION	7
1.74-1.76	0.3451	23	0.2826	393	X-RAY DIFFRACTION	10
1.76-1.79	0.3118	31	0.2771	692	X-RAY DIFFRACTION	17
1.79-1.81	0.3263	54	0.2701	1092	X-RAY DIFFRACTION	28
1.81-1.84	0.3058	72	0.2705	1699	X-RAY DIFFRACTION	43
1.84-1.87	0.2884	106	0.2471	2025	X-RAY DIFFRACTION	53
1.87-1.9	0.2903	119	0.2519	2237	X-RAY DIFFRACTION	57
1.9-1.94	0.2722	118	0.2363	2420	X-RAY DIFFRACTION	63
1.94-1.97	0.2633	143	0.2291	2681	X-RAY DIFFRACTION	68
1.97-2.01	0.2824	143	0.2274	2839	X-RAY DIFFRACTION	74
2.01-2.06	0.2553	153	0.2307	3081	X-RAY DIFFRACTION	79
2.06-2.11	0.2911	143	0.2112	3059	X-RAY DIFFRACTION	78
2.11-2.16	0.2475	191	0.2085	3461	X-RAY DIFFRACTION	90
2.16-2.22	0.2315	181	0.1966	3552	X-RAY DIFFRACTION	91
2.22-2.28	0.2741	194	0.1926	3567	X-RAY DIFFRACTION	92
2.28-2.36	0.2206	192	0.1884	3560	X-RAY DIFFRACTION	91
2.36-2.44	0.2524	200	0.1912	3419	X-RAY DIFFRACTION	89
2.44-2.54	0.2471	163	0.191	3294	X-RAY DIFFRACTION	85
2.54-2.65	0.2446	159	0.1914	3514	X-RAY DIFFRACTION	91
2.65-2.79	0.214	192	0.2063	3635	X-RAY DIFFRACTION	93
2.79-2.97	0.2256	169	0.2081	3569	X-RAY DIFFRACTION	92
2.97-3.2	0.2652	184	0.2125	3478	X-RAY DIFFRACTION	90
3.2-3.52	0.2387	205	0.2025	3409	X-RAY DIFFRACTION	88
3.52-4.03	0.2275	210	0.1886	3591	X-RAY DIFFRACTION	94
4.03-5.07	0.2259	179	0.1941	3450	X-RAY DIFFRACTION	88
5.07-33.1	0.2604	168	0.2501	3632	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9801	-3.5747	-0.7228	8.2814	0.1926	2.3144	0.002	0.2809	0.1128	-0.0607	-0.1543	-0.5735	0.0907	0.6123	0.1868	0.11	-0.006	-0.0188	0.2791	0.0492	0.1591	55.5527	28.1319	15.3234
2	5.3879	-1.6797	-0.561	1.3593	0.7821	1.2444	0.11	0.0513	0.5737	0.1815	-0.1003	0.1733	-0.1319	-0.2234	0.0058	0.1664	-0.0292	0.0339	0.1571	0.0016	0.3238	32.4977	49.9413	12.8105
3	8.053	-5.478	-0.046	4.2061	-0.2821	0.7842	0.0152	-0.1922	0.0128	-0.1651	0.0098	0.1075	-0.1044	-0.0137	0.0044	0.1261	-0.048	-0.0116	0.0982	-0.0282	0.1388	36.2178	42.0914	6.1069
4	2.8902	-0.0802	-0.5297	2.2426	0.4144	3.6258	-0.0281	0.1601	0.0231	-0.0814	-0.0987	0.0382	0.0573	0.237	0.0836	0.0661	-0.0136	0.0107	0.072	0.0174	0.1065	40.8404	30.7499	5.6476
5	4.0209	0.5867	-0.9067	5.9814	-1.8923	3.3289	0.1602	-0.4159	0.0433	0.4339	0.1703	0.6224	-0.5249	-0.3706	-0.2225	0.1935	0.0335	0.0583	0.2019	-0.0232	0.2408	26.5083	43.0199	19.3133
6	6.4185	-1.7628	2.095	4.1042	-1.0626	6.3127	-0.2456	-0.1274	0.1109	0.3493	0.097	0.6993	0.1109	-0.7271	0.0443	0.1779	-0.0174	0.0992	0.1987	-0.0526	0.2408	26.8152	32.6245	20.9523
7	2.6005	-0.8136	-0.6941	3.238	0.3474	4.0414	-0.048	0.1198	-0.0971	0.0082	0.0053	0.139	0.3236	0.2478	0.0147	0.1023	-0.0196	0.0214	0.0699	0.0096	0.1398	41.7713	25.513	12.5464
8	1.6482	0.3368	-0.5317	2.8356	-0.0704	1.6615	0.0467	0.0578	-0.0183	-0.2286	0.0088	-0.2626	0.0931	0.6238	-0.091	0.083	0.0225	0.0112	0.1746	0.0284	0.1484	49.1516	19.2497	13.6623
9	4.4593	-1.2787	3.8487	3.1953	-2.9601	7.0771	0.0381	-0.2589	0.1505	-0.0405	0.0554	0.1466	0.0856	-0.3885	-0.1039	0.0516	-0.026	0.034	0.0748	-0.0194	0.1238	33.3566	23.6763	17.0627
10	8.1188	0.247	0.4667	4.0654	1.328	4.298	0.2086	0.6462	0.4061	-0.1391	-0.149	0.2647	0.0188	-0.0169	-0.1014	0.1997	0.0029	-0.0166	0.1998	0.0346	0.1607	38.5515	36.4329	-4.5285
11	3.3626	1.2488	2.7465	1.1443	1.0972	4.9813	-0.1357	-0.446	-0.1905	0.0459	0.0572	0.1443	0.2542	-0.2641	0.0135	0.1774	-0.08	-0.0031	0.041	0.0232	0.1585	25.0334	0.5885	18.9837
12	2.8435	0.0102	1.5443	2.7159	-0.7083	7.7626	0.0473	0.1497	0.1766	-0.116	0.027	0.4021	-0.101	0.0666	-0.1955	0.1193	-0.0385	-0.0174	0.1285	0.0497	0.1663	15.5399	5.3775	9.858
13	2.1118	-0.1389	-0.312	1.3247	-0.1541	3.1202	-0.0037	-0.1054	0.1854	0.1408	0.0237	0.0726	-0.026	-0.4208	0.0002	0.0909	-0.0237	0.0286	0.1063	-0.0038	0.1505	20.8247	12.2901	17.2331
14	4.8423	0.5304	0.5207	5.9988	-0.1142	4.4469	0.0211	1.0852	-0.3656	-0.9037	0.3335	-0.6367	0.6433	0.2283	-0.1524	0.2226	-0.0855	0.0846	0.1798	-0.0646	0.2418	30.0462	2.1668	-0.2529
15	5.6182	-3.1048	0.8349	9.2044	2.0833	0.9941	0.0094	1.0853	0.3336	-1.6617	0.1736	-0.6863	-0.2989	-0.0617	0.0993	0.4901	-0.1191	-0.0922	0.3536	-0.061	0.1383	24.5995	5.1957	-6.2572
16	5.0085	-0.6756	1.1699	2.7039	-0.8469	3.8565	0.1001	0.7123	0.1817	-0.4515	-0.0899	-0.097	0.2937	0.4907	0.151	0.188	0.0012	0.0631	0.2089	0.012	0.0726	33.4874	10.9378	0.8501
17	2.8608	-0.0645	-0.0661	2.9514	-0.2207	3.5078	-0.0554	-0.4097	0.1554	0.0849	-0.0442	0.0621	0.0112	0.1738	0.0942	0.1415	-0.072	-0.0029	0.0133	-0.087	0.098	29.6014	11.6915	18.2764
18	7.2	-2.1483	-1.4232	4.5232	1.3959	3.8553	0.1004	-0.011	0.2093	0.4331	-0.2623	-0.0826	0.0261	-0.0414	0.1673	0.1522	-0.0284	0.0099	0.1059	0.0335	0.1021	34.3125	11.6661	26.8624
19	7.8	-2.6564	3.2796	2.8685	-2.2077	4.3823	0.0837	0.1304	0.0147	-0.2259	-0.045	-0.0311	0.1718	-0.0357	-0.0314	0.0973	-0.0321	0.0297	0.0525	-0.0421	0.1166	33.0708	16.3911	10.2214
20	2.6753	0.5233	-0.0625	5.1364	-2.8065	6.6188	0.0449	0.1678	0.0273	-0.2949	0.3623	0.5748	0.0306	-0.7464	-0.2066	0.1587	0.0248	0.0346	0.3397	-0.015	0.3492	9.3993	14.9354	12.3142
21	1.6032	-0.9633	0.2425	0.8386	-0.099	1.1045	0.0675	0.3363	-0.3024	-0.1215	-0.0539	-0.1743	0.1213	0.1337	0.0074	0.1723	0.0859	0.0267	0.2054	-0.0225	0.137	67.5064	12.1739	55.858
22	4.0581	3.2666	-0.3494	2.6187	-0.4009	0.8732	0.1593	-0.0529	-0.0347	-0.0131	-0.1548	0.0533	0.256	-0.0082	0.0623	0.144	0.0706	0.0049	0.0771	-0.0173	0.168	60.5578	9.8793	63.6951
23	3.0313	0.5156	0.3624	1.8836	-0.0361	2.6696	0.0337	-0.2448	-0.1299	0.0506	-0.0075	-0.0109	-0.0318	0.347	-0.0155	0.0815	0.034	-0.017	0.1015	0.0056	0.0882	65.1611	21.2783	64.1554
24	0.8101	0.9248	0.0516	6.263	-0.9147	2.1654	-0.0501	0.254	0.0224	-0.5399	0.3567	0.8482	0.5023	-0.3403	-0.1531	0.368	-0.0034	-0.1597	0.1885	-0.0169	0.2886	51.1524	13.4044	49.7564
25	2.4894	0.8601	1.2732	4.4124	0.4555	3.7156	-0.1514	-0.0691	0.077	-0.0738	-0.196	-0.0674	-0.1184	0.3782	0.2017	0.0872	0.0254	0.0164	0.0942	0.0086	0.1262	66.0901	26.8187	57.7305
26	1.3405	-0.3017	-1.1616	2.5375	-0.071	6.3636	0.0151	0.0833	0.216	0.1743	-0.224	-0.1787	-0.0935	0.6085	0.0461	0.0607	0.0202	0.022	0.2335	0.0071	0.157	73.6493	32.8131	57.8466
27	4.998	1.601	-4.0965	4.1821	-3.0654	7.3545	-0.0584	0.2547	-0.0171	-0.1891	0.0693	0.0853	0.2266	-0.1814	-0.0845	0.0543	0.0173	-0.0353	0.0668	-0.0217	0.0758	58.8567	29.0224	51.1078
28	9.5678	0.3899	1.1378	5.9977	1.4	7.5271	0.3826	-0.2224	-0.3908	0.6086	-0.2456	0.378	0.4347	-0.0695	-0.0047	0.2791	-0.0236	0.0383	0.163	0.036	0.1865	63.0161	15.2366	74.2282
29	2.0468	-0.19	-1.6845	1.2447	0.9198	3.5069	-0.259	-0.0795	-0.0515	-0.0934	0.0185	0.1598	-0.3248	0.0554	-0.0175	0.2154	0.1084	0.0086	0.0982	0.0389	0.1488	48.0983	51.9963	53.2861
30	2.9788	-0.0125	-2.6145	1.7113	0.8709	6.0913	0.0654	-0.2042	-0.0033	0.0449	-0.1126	0.1422	0.0788	0.2826	0.1848	0.1655	0.05	-0.001	0.1566	0.0361	0.1422	39.8958	46.7313	60.0906
31	1.8837	-0.1125	0.1472	2.2472	0.2599	3.2193	0.004	-0.1835	-0.0073	0.1961	0.0616	-0.0099	-0.2257	-0.4497	-0.0549	0.0626	0.0588	0.0131	0.1046	0.0329	0.0751	47.7426	43.3896	60.5232
32	5.6013	1.0625	-1.5105	3.9753	-0.5982	6.6327	0.2451	-0.8862	-0.3113	0.3894	-0.2341	-0.0769	-0.1623	0.3708	-0.0592	0.1882	-0.0027	-0.023	0.1817	-0.0209	0.0826	57.7267	40.7547	68.971
33	3.4176	0.8965	1.0606	2.9294	0.0942	4.2149	-0.0381	0.1513	0.0175	-0.0566	0.069	0.0938	-0.055	-0.1064	0.0246	0.0806	0.0238	0.0263	0.076	0.0123	0.0484	53.0228	39.4659	50.9382
34	5.4098	2.1366	1.1427	3.288	0.7667	3.5254	-0.2012	0.1581	-0.2748	-0.3695	0.1194	-0.2635	-0.1457	0.0453	0.0303	0.1334	-0.004	0.0277	0.1296	0.0625	0.0724	57.1668	39.4041	42.1765
35	5.5733	0.3425	-1.0986	2.3868	-0.5394	3.7718	-0.0458	-0.0231	0.1271	0.1877	0.0732	0.1651	-0.016	-0.0619	0.0833	0.077	0.0236	-0.0086	0.0362	-0.0041	0.0639	57.0548	35.5454	59.7925
36	3.2613	-0.3083	1.0611	3.5655	-1.6151	6.1455	-0.0927	-0.4734	-0.0276	0.4912	0.3356	0.402	-0.4415	-0.9969	0.0274	0.2041	-0.0142	-0.0002	0.4234	0.0078	0.2982	33.7218	36.6646	58.2507

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 306 through 321 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 322 through 338 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 339 through 363 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 364 through 394 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 395 through 420 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 421 through 437 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 438 through 465 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 466 through 496 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 497 through 525 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 526 through 546 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 306 through 341 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 342 through 363 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 364 through 394 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 395 through 405 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 406 through 421 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 422 through 437 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 438 through 467 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 468 through 496 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 497 through 527 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 528 through 546 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 306 through 338 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 339 through 363 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 364 through 394 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 395 through 437 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 438 through 465 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 466 through 493 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 494 through 524 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 525 through 546 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 305 through 341 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 342 through 363 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 364 through 420 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 421 through 438 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 439 through 465 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 466 through 496 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 497 through 527 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 528 through 545 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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