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- PDB-8vyl: The structure of Human Hemoglobin in Complex with Nanobody BtNbE11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vyl
タイトルThe structure of Human Hemoglobin in Complex with Nanobody BtNbE11
要素
  • (Hemoglobin subunit ...) x 2
  • Nanobody BtNbE11
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Hemoglobin / Nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / Late endosomal microautophagy / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / Chaperone Mediated Autophagy / regulation of blood pressure / platelet aggregation / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / inflammatory response / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Grinter, R. / Binks, S. / Fox, D.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1197376 オーストラリア
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2024
タイトル: The structure of a haemoglobin-nanobody complex reveals human beta-subunit-specific interactions.
著者: Fox, D.R. / Samuels, I. / Binks, S. / Grinter, R.
履歴
登録2024年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
C: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
D: Hemoglobin subunit beta
F: Nanobody BtNbE11
E: Nanobody BtNbE11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,20511
ポリマ－92,6956
非ポリマー2,5105
水7,927440
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)188.761, 74.837, 57.875
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Hemoglobin subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15281.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 16021.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871

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抗体 , 1種, 2分子 FE

#3: 抗体 Nanobody BtNbE11


分子量: 15044.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Lama glama (ラマ)

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非ポリマー , 3種, 445分子

#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 % / 解説: Flat plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1-0.3M NH4 Acet. pH 5.5, 0.1-0.3M Na Acet., 25% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月19日 / 詳細: Yes
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→49.89 Å / Num. obs: 52426 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.02→2.08 Å / Rmerge(I) obs: 1.265 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3697 / CC1/2: 0.545 / Rpim(I) all: 0.775

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(1.20.1_4487: ???)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.02→49.89 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2659 2698 5.15 %
Rwork0.208 --
obs0.2108 52415 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→49.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6399 0 0 440 6839
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056583
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7239004
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.684895
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042975
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061137
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.060.32851380.2812433X-RAY DIFFRACTION93
2.06-2.10.33581500.27172589X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.140.33221300.26322668X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.190.28121630.24282562X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.240.30491300.23582596X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.30.28061380.22852624X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.360.28571360.23252658X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.430.29691440.22592576X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.510.30461440.22882633X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.60.27041410.24082585X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.70.32921230.2422646X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.820.32141530.22932610X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.970.25351570.22312617X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.160.28491710.22462593X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.40.27641450.22212653X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.740.23641290.1912638X-RAY DIFFRACTION100
3.75-4.290.25421290.17452654X-RAY DIFFRACTION100
4.29-5.40.23341170.17722683X-RAY DIFFRACTION100
5.4-49.890.19881600.16892699X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.7926 Å / Origin y: -24.4751 Å / Origin z: 3.8418 Å
111213212223313233
T0.2069 Å20.0275 Å20.0053 Å2-0.2319 Å20.0151 Å2--0.2748 Å2
L0.8071 °2-0.3495 °2-0.0163 °2-0.8304 °2-0.1927 °2--0.4821 °2
S0.0478 Å °0.1371 Å °0.3128 Å °-0.0977 Å °-0.0808 Å °-0.2481 Å °-0.0704 Å °0.026 Å °0.0242 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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