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- PDB-8vy5: Crystal structure of human SAE1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vy5
タイトルCrystal structure of human SAE1
要素SUMO-activating enzyme subunit 1, N-terminally processed
キーワードONCOPROTEIN / SAE1 / sumoylation / SUMO1 activating enzyme subunit 1 / Cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO activating enzyme complex / ubiquitin activating enzyme activity / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / positive regulation of protein sumoylation / small protein activating enzyme binding / ATP-dependent protein binding / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein sumoylation / enzyme activator activity ...SUMO activating enzyme complex / ubiquitin activating enzyme activity / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / positive regulation of protein sumoylation / small protein activating enzyme binding / ATP-dependent protein binding / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein sumoylation / enzyme activator activity / protein heterodimerization activity / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
SUMO-activating enzyme subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Huang, X. / Qian, J. / Yang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human SAE1
著者: Yang, Y.
履歴
登録2024年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUMO-activating enzyme subunit 1, N-terminally processed
B: SUMO-activating enzyme subunit 1, N-terminally processed


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2512
ポリマ－71,2512
非ポリマー00
水1,54986
1
A: SUMO-activating enzyme subunit 1, N-terminally processed


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6261
ポリマ－35,6261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SUMO-activating enzyme subunit 1, N-terminally processed


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6261
ポリマ－35,6261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.197, 70.187, 87.591
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 30 through 31 or resid 33...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 30 through 31 or resid 33...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ALAALAGLNGLNAA30 - 3127 - 28
d_12ARGARGLEULEUAA33 - 3430 - 31
d_13ALAALASERSERAA36 - 3733 - 34
d_14VALVALILEILEAA39 - 8236 - 79
d_15THRTHRGLUGLUAA84 - 11681 - 113
d_16LYSLYSPROPROAA118 - 119115 - 116
d_17SERSERGLUGLUAA121 - 173118 - 170
d_18VALVALLEULEUAA211 - 220185 - 194
d_19VALVALVALVALAA222196
d_110THRTHRVALVALAA237 - 276211 - 250
d_111ASPASPGLYGLYAA278 - 333252 - 307
d_112GLYGLYLEULEUAA336 - 343310 - 317
d_21ALAALAGLNGLNBB30 - 3127 - 28
d_22ARGARGLEULEUBB33 - 3430 - 31
d_23ALAALASERSERBB36 - 3733 - 34
d_24VALVALILEILEBB39 - 8236 - 79
d_25THRTHRGLUGLUBB84 - 11681 - 113
d_26LYSLYSPROPROBB118 - 119115 - 116
d_27SERSERLEULEUBB121 - 220118 - 194
d_28VALVALVALVALBB222196
d_29THRTHRVALVALBB237 - 276211 - 250
d_210ASPASPGLYGLYBB278 - 333252 - 307
d_211GLYGLYLEULEUBB336 - 343310 - 317

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.983246713525, 0.0861559686183, -0.16063327617), (0.076083555077, -0.606826145273, -0.791184758486), (-0.165641761004, -0.790151364287, 0.590104760637)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.983246713525, 0.0861559686183, -0.16063327617), (0.076083555077, -0.606826145273, -0.791184758486), (-0.165641761004, -0.790151364287, 0.590104760637)
ベクター: 45.3463373697, 10.468627346, 9.67206079448)

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要素

#1: タンパク質 SUMO-activating enzyme subunit 1, N-terminally processed


分子量: 35625.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAE1, AOS1, SUA1, UBLE1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBE0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: Tris 8.5, PEG3350, ammonium acetate NDSB-256

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: MAR CCD 300 mm / 検出器: CCD / 日付: 2024年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→56.99 Å / Num. obs: 38233 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 45.11 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.064 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.01→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 1.141 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 5741 / CC1/2: 0.482 / Rpim(I) all: 0.918 / Rsym value: 1.325

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.01→28.29 Å / SU ML: 0.2798 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.1337
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 1897 5.01 %
Rwork0.2306 35988 -
obs0.2327 37885 95.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→28.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4350 0 0 86 4436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00664425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23145971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0494678
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0239781
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.5189589
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.997857189646 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.060.371600.36992400X-RAY DIFFRACTION90.75
2.06-2.110.35851480.3222600X-RAY DIFFRACTION98.67
2.11-2.180.31351330.3062680X-RAY DIFFRACTION99.75
2.18-2.240.34321360.28712552X-RAY DIFFRACTION99.33
2.25-2.330.30521210.28352568X-RAY DIFFRACTION99.48
2.33-2.420.321440.26872662X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.530.29181120.26822689X-RAY DIFFRACTION99.93
2.53-2.660.32441480.25522677X-RAY DIFFRACTION99.89
2.66-2.830.29441250.26812730X-RAY DIFFRACTION99.96
2.83-3.050.29041470.26942670X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.350.28161420.24262692X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.840.24891080.21221931X-RAY DIFFRACTION71.69
3.84-4.830.24781170.18722405X-RAY DIFFRACTION87.91
4.83-28.290.24641560.19822732X-RAY DIFFRACTION99.28
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.31406494707-0.464368190706-0.04403727415173.28621802983-0.5663296483714.75475965329-0.1935247144430.721113533374-1.37725792024-0.5022762025780.180932241416-0.149048311250.796609570533-0.2956291925160.0219186465950.384475827358-0.02466061248310.1294028627840.438716047652-0.0873763502420.8215915812376.56858941381-6.275247002577.89949264084
26.98655534848-1.81065003694-0.5508582592912.59512645343-0.7711234161344.56945421010.211248512130.004241419419920.5046013486550.102639031391-0.170766043071-0.0894554503232-0.5199984848210.0166710561425-0.04134244291990.2590419788780.03374748609290.08140874882890.3604021921090.04512481882820.42905152834412.51560167546.9701578426210.4535342191
37.50823804337-0.826442486851-0.2085812511245.380002023781.431423349915.445111293980.1055363735480.5384208711230.791480559226-0.0967185756471-0.0494051470289-0.218689267458-0.5878118121570.155144435021-0.05687103495390.3004183456940.01891254094260.01524322252560.3817694243780.04395776352670.39650461422116.775796917311.97937147315.64949713803
45.64796297458-0.4732976398011.335785562212.17410765641-0.840637710444.20499801736-0.142470133672-0.353593072142-0.6828319174340.3353016043380.3313714806410.824545242364-0.0141790072707-0.653049113041-0.1636462320760.3515733170840.07445117514150.1278620085010.4136686326680.08498996360450.6359849465021.924592463161.9791101634416.1830407798
54.834209484352.29169517197-0.2836033037772.47001128528-0.6341187998554.08584673480.13958419955-0.861593177823-0.5818495378891.28055401110.1855456735620.7171251122680.410084018507-0.151985200401-0.3270123393210.7958496456010.1682446450140.2497483451250.6851972364550.2030119409270.6930513493144.95344570898-0.15389976335532.3998056731
62.02059111414-0.24731909333-4.197911269054.28938896344-0.1184439566387.458971397280.286861599533-2.222651927810.8758773503161.763194293320.3254471186080.464463808917-0.7078389190230.760641970778-0.5926748531981.137970006550.06548832799920.1221341726671.20526994371-0.1608574173640.73741406833414.04422817314.684230796636.4830544852
76.508382360391.06226098673-0.9528706818243.00167540516-0.644658247314.27508130145-0.0627849552579-0.764188127104-1.545444952880.6554904358480.1535871556360.1186845425870.437727447235-0.136678461877-0.0847754682080.4519572456670.1314525685090.1218566839070.432304437420.1722432392460.7207540807612.51624551-4.9849153263523.9681009771
89.239700074662.982586554271.820665952386.565730540130.966097911613.81755852344-0.0727378133527-0.4940739084360.9345558194770.7478654278420.0248821797124-0.0538648882583-0.1740112830830.1909305837690.05827075033260.3211225195150.0789605783801-0.008771921227160.43978231069-0.04018995407460.43547181717633.76968771345.1932910855615.1249873297
96.41534597404-1.93714846775-0.5507858400538.687757783133.94302893937.665698133130.08453179370880.202606879095-0.0627027913831-0.19557535070.0664416738319-0.9037235901830.4678474004440.127760975208-0.1464883399680.3188127154130.06303562953210.04411692084380.395829112820.02657386414830.34762017344734.2317029184-3.443909712335.00314244246
107.26321526234-2.49390311588-3.105577504157.228801881711.396111688098.234153646770.1232800988930.840364583639-0.662384377052-0.530380866819-0.3714642419450.6931612960410.334307575924-0.5937993011580.2464632319410.2964359171180.0577827471086-0.03529727613590.398563365975-0.07993903487860.47218956979127.4514873558-3.27318939274-0.431022414423
113.53740946933-0.7575953530340.4941134901414.04682629821-0.6683359234922.42216420432-0.112445049048-0.2695218499080.2344336265030.4718012172920.0924596664452-1.047897103410.1658782102930.7078488323970.0356810824530.3962893609260.129850323876-0.06022426788310.510570610411-0.1012142438410.51820498702839.7026536994-3.0889447955813.4091202135
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 27 through 45 )AA27 - 451 - 19
22chain 'A' and (resid 46 through 76 )AA46 - 7620 - 50
33chain 'A' and (resid 77 through 102 )AA77 - 10251 - 76
44chain 'A' and (resid 103 through 176 )AA103 - 17677 - 150
55chain 'A' and (resid 177 through 258 )AA177 - 258151 - 206
66chain 'A' and (resid 259 through 299 )AA259 - 299207 - 247
77chain 'A' and (resid 300 through 345 )AA300 - 345248 - 293
88chain 'B' and (resid 30 through 58 )BB30 - 581 - 29
99chain 'B' and (resid 59 through 76 )BB59 - 7630 - 47
1010chain 'B' and (resid 77 through 90 )BB77 - 9048 - 61
1111chain 'B' and (resid 91 through 168 )BB91 - 16862 - 139
1212chain 'B' and (resid 169 through 238 )BB169 - 238140 - 159
1313chain 'B' and (resid 239 through 299 )BB239 - 299160 - 220
1414chain 'B' and (resid 300 through 343 )BB300 - 343221 - 264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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