[日本語] English
万見
- PDB-8vxt: Cryo-EM structure of mammalian Thorase filament, 3-layer refinement -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vxt
タイトルCryo-EM structure of mammalian Thorase filament, 3-layer refinement
要素Outer mitochondrial transmembrane helix translocase
キーワードPROTEIN TRANSPORT / filament / AAA-ATPase / mitochondria / transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Class I peroxisomal membrane protein import / extraction of mislocalized protein from mitochondrial outer membrane / membrane protein dislocase activity / Translocases; Catalysing the translocation of amino acids and peptides; Linked to the hydrolysis of a nucleoside triphosphate / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / peroxisomal membrane / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of receptor internalization / learning / memory ...Class I peroxisomal membrane protein import / extraction of mislocalized protein from mitochondrial outer membrane / membrane protein dislocase activity / Translocases; Catalysing the translocation of amino acids and peptides; Linked to the hydrolysis of a nucleoside triphosphate / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / peroxisomal membrane / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of receptor internalization / learning / memory / mitochondrial outer membrane / postsynaptic membrane / postsynapse / glutamatergic synapse / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Outer mitochondrial transmembrane helix translocase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.25 Å
データ登録者Dar, M.A. / Louder, R.K. / Umanah, G.K. / Dawson, T.M. / Dawson, V.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA000266 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA044123 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS099362 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM Structure of AAA + ATPase Thorase Reveals Novel Helical Filament Formation.
著者: Mohamad Aasif Dar / Robert Louder / Marisol Cortes / Rong Chen / Qianqian Ma / Mayukh Chakrabarti / George K E Umanah / Ted M Dawson / Valina L Dawson /
要旨: The AAA+ (ATPases associated with a variety of cellular activities) ATPase, Thorase, also known as ATAD1, plays multiple roles in synaptic plasticity, mitochondrial quality control and mTOR signaling ...The AAA+ (ATPases associated with a variety of cellular activities) ATPase, Thorase, also known as ATAD1, plays multiple roles in synaptic plasticity, mitochondrial quality control and mTOR signaling through disassembling protein complexes like AMPAR and mTORC1 in an ATP-dependent manner. The Oligomerization of Thorase is crucial for its disassembly and remodeling functions. We show that wild-type Thorase forms long helical filaments , dependent on ATP binding but not hydrolysis. We report the Cryogenic Electron Microscopy (cryo-EM) structure of the Thorase filament at a resolution of 4 Å, revealing the dimeric arrangement of the basic repeating unit that is formed through a distinct interface compared to the hexameric MSP1/ATAD1E193Q assembly. Structure-guided mutagenesis confirms the role of critical amino acid residues required for filament formation, oligomerization and disassembly of mTORC1 protein complex. Together, our data reveals a novel filament structure of Thorase and provides critical information that elucidates the mechanism underlying Thorase filament formation and Thorase-mediated disassembly of the mTORC1 complex.
履歴
登録2024年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Outer mitochondrial transmembrane helix translocase
B: Outer mitochondrial transmembrane helix translocase
C: Outer mitochondrial transmembrane helix translocase
D: Outer mitochondrial transmembrane helix translocase
E: Outer mitochondrial transmembrane helix translocase
F: Outer mitochondrial transmembrane helix translocase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,49912
ポリマ－217,3606
非ポリマー3,1396
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Helical is C2 symmetric, with 60-degree left-handed twist and 30 nm rise.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質
Outer mitochondrial transmembrane helix translocase / ATPase family AAA domain-containing protein 1 / Thorase


分子量: 36226.664 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Atad1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9D5T0, Translocases; Catalysing the translocation of amino acids and peptides; Linked to the hydrolysis of a nucleoside triphosphate
#2: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Thorase filamentORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#10RECOMBINANT
2Thorase monomerCOMPLEX#11RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
1124 kDa/nmNO
210.36 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Mus musculus (ハツカネズミ)10090
32Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
21Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008BL21(DE3)
32Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008BL21(DE3)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 100 mM Tris-Cl pH 7.5, 200 mM NaCl, 5.0 mM MgCl2, 5.0 mM TCEP, 5.0 mM ATP-gamma-S
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMTris hydrochloride1
2200 mMsodium chlorideNaCl1
35 mMmagnesium chlorideMgCl21
45 mMTris(2-carboxyethyl)phosphineC9H15O6P1
55 mMAdenosine 5'-(3-thiotriphosphate)1
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Thorase filaments were prepared by mixing purified Thorase monomers with 5 mM ATP-gamma-S, followed by 60 minutes incubation on ice.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blotting time of 3.0 s, blotting force of 5

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 46296 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 28295
詳細: Images were collected in counting mode, with 40 frames per 4 second movie.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC粒子像選択filament tracer was used to pick overlapping filament segments
2Latitude画像取得
4RELIONCTF補正
7ISOLDEモデルフィッティング
9PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2105264
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 75556 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Accession code: AF-Q8NBU5-F1_v4 / Chain residue range: 66-355
詳細: Regions with pLDDT below 30 were trimmed from the initial model
Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00314142
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.65919146
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.4681896
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0762190
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052448

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る