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- PDB-8vxm: Human Bcl-2/Bcl-xL Chimera Fused to MBP in Complex with Inhibitor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vxm
タイトルHuman Bcl-2/Bcl-xL Chimera Fused to MBP in Complex with Inhibitor S55746
要素Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein fused to apoptosis regulator Bcl-2/Bcl-xL chimera
キーワードAPOPTOSIS / Bcl-2 / MBP Fusion / Bcl-xL Chimera / S55746 / Complex / Protein-Protein Interface Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / channel inhibitor activity / melanin metabolic process ...negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / channel inhibitor activity / melanin metabolic process / positive regulation of neuron maturation / myeloid cell apoptotic process / cochlear nucleus development / osteoblast proliferation / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / negative regulation of osteoblast proliferation / stem cell development / gland morphogenesis / apoptotic process in bone marrow cell / renal system process / regulation of cell-matrix adhesion / ear development / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / lymphoid progenitor cell differentiation / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / melanocyte differentiation / T cell apoptotic process / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / regulation of nitrogen utilization / glomerulus development / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / focal adhesion assembly / negative regulation of T cell apoptotic process / regulation of transmembrane transporter activity / oocyte development / B cell apoptotic process / metanephros development / neuron maturation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / positive regulation of multicellular organism growth / negative regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of viral genome replication / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / response to UV-B / calcium ion transport into cytosol / negative regulation of ossification / response to iron ion / axon regeneration / epithelial cell apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / negative regulation of mitochondrial depolarization / motor neuron apoptotic process / positive regulation of smooth muscle cell migration / smooth muscle cell migration / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / negative regulation of B cell apoptotic process / organ growth / hair follicle morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / digestive tract morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / hepatocyte apoptotic process / B cell lineage commitment / pore complex / detection of maltose stimulus / cellular response to alkaloid / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / maltose transport complex / negative regulation of reproductive process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of developmental process / apoptotic mitochondrial changes / germ cell development / carbohydrate transport / T cell homeostasis / BH3 domain binding / B cell homeostasis / regulation of calcium ion transport / B cell proliferation / humoral immune response / negative regulation of anoikis / negative regulation of apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site ...Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F3Q / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Apoptosis regulator Bcl-2 / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Baird, J. / Holliday, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Anal.Chem. / 年: 2025
タイトル: Hydrogen/Deuterium Exchange and Protein Oxidative Footprinting with Mass Spectrometry Collectively Discriminate the Binding of Small-Molecule Therapeutics to Bcl-2.
著者: Sun, Y. / Houde, D. / Iacob, R.E. / Baird, J. / Swift, R.V. / Holliday, M. / Shi, X. / Sidoli, S. / Brenowitz, M.
履歴
登録2024年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年3月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein fused to apoptosis regulator Bcl-2/Bcl-xL chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0783
ポリマ－61,2611
非ポリマー8172
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.800, 88.740, 134.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein fused to apoptosis regulator Bcl-2/Bcl-xL chimera / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 61260.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: For the alignment, MBP (UNP P0AEX9, 27-392) spans residues 19-384 (w/ surface entropy reduction mutations at 100, 101, 190, 191, and 257) and is fused to a Bcl-2/Bcl-xL chimera via a linker ...詳細: For the alignment, MBP (UNP P0AEX9, 27-392) spans residues 19-384 (w/ surface entropy reduction mutations at 100, 101, 190, 191, and 257) and is fused to a Bcl-2/Bcl-xL chimera via a linker sequence (AARAAA) spanning 385-390. Bcl-2 (UNP P10415, 10-207) has the unstructured loop spanning 35-91 deleted and replaced with Bcl-xL (UNP Q07817, 29-44) for residues 35-50 of the Bcl-2/Bcl-xL chimera, so Bcl-2 spans 391-415 and 432-547, while Bcl-xL spans 416-431. For the 3D model, MBP (-362-3), linker (4-9), Bcl-2 (10-34 and 92-207), and Bcl-xL (35-50). THR88, GLU89, SER90, and GLU91 of the final model correspond to residues 47-50 (Bcl-xL) of the loop replacement (35-50).
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: K-12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, BCL2, BCL2L1, BCL2L, BCLX / プラスミド: pET-24b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: P10415, UniProt: Q07817
#2: 化合物 ChemComp-F3Q / ~{N}-(4-hydroxyphenyl)-3-[6-[[(3~{S})-3-(morpholin-4-ylmethyl)-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-2-yl]carbonyl]-1,3-benzodioxol-5-yl]-~{N}-phenyl-5,6,7,8-tetrahydroindolizine-1-carboxamide


分子量: 710.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H42N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris (pH 8.5), 25% PEG 3350, 200 mM lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.035→67.455 Å / Num. obs: 35939 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 44.02 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.035→2.07 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.844 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1390 / CC1/2: 0.855 / Rpim(I) all: 0.382 / Rrim(I) all: 0.93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROC1.1.7データ削減
PHASER位相決定
autoPROCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→67.45 Å / SU ML: 0.322 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.0819
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2433 1694 5.03 %
Rwork0.2185 31979 -
obs0.2198 33673 96.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→67.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4051 0 60 68 4179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00154219
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.40535727
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0369603
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038755
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.09691563
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.160.3531530.30792705X-RAY DIFFRACTION99.31
2.16-2.230.34061460.29362705X-RAY DIFFRACTION99.41
2.23-2.310.35931040.26982300X-RAY DIFFRACTION83.39
2.31-2.40.31211400.27512718X-RAY DIFFRACTION99.44
2.4-2.510.32531420.25962712X-RAY DIFFRACTION99.51
2.51-2.650.30831520.25392717X-RAY DIFFRACTION99.17
2.65-2.810.27681040.26312053X-RAY DIFFRACTION74
2.81-3.030.29211640.28112714X-RAY DIFFRACTION99.65
3.03-3.330.26081330.26182784X-RAY DIFFRACTION99.83
3.33-3.820.25141430.21232795X-RAY DIFFRACTION99.86
3.82-4.810.21261580.17252818X-RAY DIFFRACTION99.7
4.81-67.450.18311550.18112958X-RAY DIFFRACTION99.52
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.47160108725 Å / Origin y: 7.50239497536 Å / Origin z: -16.326501899 Å
111213212223313233
T0.528722311606 Å2-0.0391870850931 Å2-0.00710673473376 Å2-0.274775055359 Å2-0.0176923176091 Å2--0.547358419366 Å2
L0.517844861461 °2-0.175723519671 °20.0218443906523 °2-1.95166089648 °2-0.746166512851 °2--1.21102067192 °2
S-0.0162669397629 Å °0.0449191822317 Å °-0.00132374469137 Å °-0.253696846085 Å °-0.0477923476229 Å °0.0137874814489 Å °0.150796968811 Å °-0.00906996552643 Å °0.0514168139465 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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