[日本語] English
万見
- PDB-8vxg: The crystal structure of CYP125MRCA, an ancestrally reconstructed... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vxg
タイトルThe crystal structure of CYP125MRCA, an ancestrally reconstructed CYP125 enzyme
要素CYP125MRCA
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / P450 / Cytochrome / Enzyme / Heme / Steroid / Vitamin D3 / cholecalciferol / CYP125 / Ancestor
機能・相同性PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / ISOPROPYL ALCOHOL / Chem-VD3
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Doherty, D.Z. / Bruning, J.B. / Bell, S.G.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP210103970 オーストラリア
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2025
タイトル: Evolutionary insights into the selectivity of sterol oxidising cytochrome P450 enzymes based on ancestral sequence reconstruction.
著者: Doherty, D.Z. / De Voss, J.J. / Bruning, J.B. / Bell, S.G.
履歴
登録2024年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CYP125MRCA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,47810
ポリマ－48,0871
非ポリマー1,3919
水5,585310
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.591, 118.486, 94.818
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-812-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CYP125MRCA


分子量: 48086.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 319分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-VD3 / (1S,3Z)-3-[(2E)-2-[(1R,3AR,7AS)-7A-METHYL-1-[(2R)-6-METHYLHEPTAN-2-YL]-2,3,3A,5,6,7-HEXAHYDRO-1H-INDEN-4-YLIDENE]ETHYLI DENE]-4-METHYLIDENE-CYCLOHEXAN-1-OL / VITAMIN D3


分子量: 384.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.94 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 4000, 20% isopropanol, 0.1 M Sodium citrate tribasic trihydrate
PH範囲: 5.2 -5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953658521175 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953658521175 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→47.41 Å / Num. obs: 39392 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / Num. unique obs: 2063 / CC1/2: 0.64

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.78→37.638 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 1989 5.06 %
Rwork0.1734 --
obs0.1757 39293 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→37.638 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3218 0 25 310 3553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073394
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0954617
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4472815
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005614
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.78-1.82430.28611350.26752438X-RAY DIFFRACTION92
1.8243-1.87360.26631330.23282655X-RAY DIFFRACTION100
1.8736-1.92870.27631450.20872663X-RAY DIFFRACTION100
1.9287-1.9910.23781390.19222623X-RAY DIFFRACTION100
1.991-2.06210.23971400.19052660X-RAY DIFFRACTION100
2.0621-2.14470.24781500.18462629X-RAY DIFFRACTION100
2.1447-2.24230.22561400.17452678X-RAY DIFFRACTION100
2.2423-2.36050.23021400.17092654X-RAY DIFFRACTION100
2.3605-2.50830.21491410.17622675X-RAY DIFFRACTION100
2.5083-2.7020.21521510.1822662X-RAY DIFFRACTION100
2.702-2.97380.25471420.1812687X-RAY DIFFRACTION100
2.9738-3.40380.20871440.17212704X-RAY DIFFRACTION100
3.4038-4.28750.19131370.14782741X-RAY DIFFRACTION100
4.2875-37.6380.19021520.15792835X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る