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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vxb | ||||||
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タイトル | Structure of ANT(6)-Ib from Campylobacter fetus subsp fetus complexed with hydrated streptomycin | ||||||
要素 | Streptomycin aminoglycoside adenylyltransferase ant(6)-Ib | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Campylobacter / streptomycin / antibiotic resistance | ||||||
機能・相同性 | Aminoglycoside 6-adenylyltransferase / Streptomycin adenylyltransferase / nucleotidyltransferase activity / Nucleotidyltransferase superfamily / Chem-5I0 / PHOSPHATE ION / Streptomycin aminoglycoside adenylyltransferase ant(6)-Ib 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Campylobacter fetus subsp. fetus (カンピロバクター) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Nalam, P. / Cook, P. / Smith, B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2024 タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Aminoglycoside Nucleotidyltransferase(6)-Ib From Campylobacter fetus subsp. fetus. 著者: Nalam, P. / Cook, P.D. / Smith, B.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vxb.cif.gz | 83.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vxb.ent.gz | 59.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vxb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8vxb_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8vxb_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8vxb_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8vxb_validation.cif.gz | 25.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/8vxb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/8vxb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36517.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Campylobacter fetus subsp. fetus (カンピロバクター) 遺伝子: ant(6)-Ib / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D8L9Z0 |
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#2: 化合物 | ChemComp-5I0 / [( |
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.61 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M sodium malate, 10 % PEG 3350, 10 mM HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979493 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979493 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→127.57 Å / Num. obs: 34637 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.339 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.347 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 708684 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.95 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.1 % / Rmerge(I) obs: 4.272 / Num. measured all: 104983 / Num. unique obs: 4977 / CC1/2: 0.513 / Rpim(I) all: 0.945 / Rrim(I) all: 4.376 / Net I/σ(I) obs: 1.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→45 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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