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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vw8 | ||||||
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タイトル | UIC-13-BPE-AgNO3 silver binding with UIC-13-BPE | ||||||
要素 | UIC-13-BPE-AgNO3 silver binding with UIC-13-BPE | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / synthetic construct | ||||||
機能・相同性 | SILVER ION / NITRATE ION 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Ganatra, P. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024 タイトル: Diverse Proteomimetic Frameworks via Rational Design of pi-Stacking Peptide Tectons. 著者: Ganatra, P. / Wang, D.F. / Ganatra, V. / Dang, V.T. / Nguyen, A.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vw8.cif.gz | 24 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vw8.ent.gz | 15.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vw8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8vw8_validation.pdf.gz | 393.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8vw8_full_validation.pdf.gz | 393.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8vw8_validation.xml.gz | 3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8vw8_validation.cif.gz | 3.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/8vw8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/8vw8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8vogC 8vp7C 8vpcC 8vpdC 8vpeC 8vpjC 8vpsC 8vptC 8vpxC 8vpyC 8vpzC 8vq0C 8vsfC 8vt8C 8vw7C 8vxsC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1686.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 化合物 | ChemComp-AG / |
#3: 化合物 | ChemComp-NO3 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: slow cooling / 詳細: acetonitrile, water |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.6199 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.6199 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→18.86 Å / Num. obs: 5566 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 24.3 % / Biso Wilson estimate: 13.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.74 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.243 Å / Num. unique obs: 542 / CC1/2: 0.533 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→18.86 Å / SU ML: 0.1469 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.8217 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→18.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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