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万見
- PDB-8vvx: Human Aquaporin 2 from 2D electron diffraction data -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vvx
タイトルHuman Aquaporin 2 from 2D electron diffraction data
要素Aquaporin-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / aquaporin / aquaglyceroporin / 2D crystallography / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Transcontinental EM Initiative for Membrane Protein Structure / TEMIMPS
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to water deprivation / renal water transport / glycerol transmembrane transporter activity / lumenal side of membrane / water transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / glycerol transmembrane transport / cellular response to mercury ion / water transport / water channel activity ...cellular response to water deprivation / renal water transport / glycerol transmembrane transporter activity / lumenal side of membrane / water transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / glycerol transmembrane transport / cellular response to mercury ion / water transport / water channel activity / metanephric collecting duct development / transport vesicle membrane / renal water homeostasis / cellular response to copper ion / actin filament organization / recycling endosome / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / basolateral plasma membrane / protein homotetramerization / apical plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Vahedi-Faridi, A. / Lodowski, D.T. / Engel, A. / Transcontinental EM Initiative for Membrane Protein Structure (TEMIMPS)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5U54GM094598-04 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Aquaporin 2 from 2D electron diffraction data
著者: Vahedi-Faridi, A. / Lodowski, D.T. / Engel, A.
履歴
登録2024年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Aquaporin-2
Y: Aquaporin-2
A: Aquaporin-2
B: Aquaporin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,7924
ポリマ－106,7924
非ポリマー00
水00
1
X: Aquaporin-2
Y: Aquaporin-2
A: Aquaporin-2
B: Aquaporin-2

X: Aquaporin-2
Y: Aquaporin-2
A: Aquaporin-2
B: Aquaporin-2

X: Aquaporin-2
Y: Aquaporin-2
A: Aquaporin-2
B: Aquaporin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,37512
ポリマ－320,37512
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation2
Buried area14740 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area36820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.700, 94.700, 250.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2212

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要素

#1: タンパク質
Aquaporin-2 / AQP-2 / ADH water channel / Aquaporin-CD / AQP-CD / Collecting duct water channel protein / WCH-CD ...AQP-2 / ADH water channel / Aquaporin-CD / AQP-CD / Collecting duct water channel protein / WCH-CD / Water channel protein for renal collecting duct


分子量: 26697.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AQP2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P41181
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学
結晶の対称性∠γ: 90 ° / C sampling length: 250 Å / A: 94.7 Å / B: 94.7 Å / C: 250 Å / Space group name H-M: P222

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試料調製

構成要素名称: Human Aquaporin 2 from 2D electron diffraction data / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.028837 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
EM crystal formation装置: Dialysis machine / Lipid mixture: ecoli polar lipids / Lipid protein ratio: 0.4 / 温度: 310 K / Time: 4 DAY
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMMESC6H13NO4S1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
35 mMmagnesium chlorideMgCl21
42.5 mMhistidineC6H9N3O21
52 percentoctyl glucosideC14H28O61
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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データ収集

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 0 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0 nm
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
Num. of diffraction images: 150 / 撮影したグリッド数: 20 / 実像数: 100
詳細: Electron micrographs were digitized with a Heidelberg Primescan D 7100 at 1 A/pixel at the specimen level. Diffraction patterns were recorded at 95 K, 200 kV, and a camera length of 1 m, ...詳細: Electron micrographs were digitized with a Heidelberg Primescan D 7100 at 1 A/pixel at the specimen level. Diffraction patterns were recorded at 95 K, 200 kV, and a camera length of 1 m, using a Gatan UltraScanTM 2kx2k CCD camera
画像スキャンサンプリングサイズ: 5.01 µm / 横: 4000 / 縦: 4000
EM回折 シェル解像度: 2.6→66.96 Å / フーリエ空間範囲: 0.001 % / 多重度: 1 / 構造因子数: 53349 / 位相残差: 0.001 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 70.98 % / 再高解像度: 2.6 Å / 測定した強度の数: 53349 / 構造因子数: 53349 / 位相誤差の除外基準: bayesan / Rmerge: 0.3097

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
3MRC IMAGE PROCESSING PACKAGECTF補正
8PHENIX3965分子置換
11IPLTcrystallography merging
19PHENIX3965モデル精密化
画像処理詳細: Images were processed using the MRC software package. Diffraction patterns were processed by the IPLT image processing library and toolkit (JSB 144, 4-12).
結晶の対称性∠γ: 90 ° / C sampling length: 250 Å / A: 94.7 Å / B: 94.7 Å / C: 250 Å / Space group name H-M: P222
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 2D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross correlation coefficient
精密化解像度: 2.6→66.963 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.97 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2956 2004 4.03 %
Rwork0.2934 --
obs0.2952 49751 70.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.0138323
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d1.98711248
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d16.7843156
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.0781271
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.0091366
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6001-2.67040.22151010.27082539ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY48
2.6704-2.7490.30231010.26082648ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY50
2.749-2.83760.24171180.25492951ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY56
2.8376-2.9390.26121420.27823524ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY66
2.939-3.05660.28161460.27663747ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY70
3.0566-3.19560.27961450.28443724ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY70
3.1956-3.36390.30251570.28653896ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY72
3.3639-3.57440.28851530.28793897ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY73
3.5744-3.850.31471620.30174054ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY75
3.85-4.23660.27341610.31774071ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY76
4.2366-4.84790.32511630.30754168ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY77
4.8479-6.10120.32191600.31674297ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY78
6.1012-32.34390.33981670.30524339ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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