PDB-8vvl: CCHFV GP38 bound to c13G8 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vvl

タイトル

CCHFV GP38 bound to c13G8 Fab

要素

GP38
c13G8 Fab Heavy Chain
c13G8 Fab Light Chain

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / CCHFV / GP38 / Antibody / Immunology / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell Golgi membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hjorth, C.K. / Mishra, A.K. / McLellan, J.S.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI152246	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	U19AI142777	米国

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: Crimean-Congo hemorrhagic fever survivors elicit protective non-neutralizing antibodies that target 11 overlapping regions on glycoprotein GP38.
著者: Olivia S Shin / Stephanie R Monticelli / Christy K Hjorth / Vladlena Hornet / Michael Doyle / Dafna Abelson / Ana I Kuehne / Albert Wang / Russell R Bakken / Akaash K Mishra / Marissa ...
要旨: Crimean-Congo hemorrhagic fever virus can cause lethal disease in humans yet there are no approved medical countermeasures. Viral glycoprotein GP38, exclusive to Nairoviridae, is a target of ...

履歴

登録	2024年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vvl.cif.gz	292.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vvl.ent.gz	232.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vvl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8vvl_validation.pdf.gz	813.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vvl_full_validation.pdf.gz	822.6 KB	表示
XML形式データ	8vvl_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	8vvl_validation.cif.gz	49 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/8vvl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/8vvl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	43551C 43552C 43553C 43604C 8vvkC 8vwwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GP38

H: c13G8 Fab Heavy Chain

L: c13G8 Fab Light Chain

ヘテロ分子

79.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.429, 67.629, 140.983
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.53, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	GP38 分子量: 30241.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス) 株: IbAr10200 / 遺伝子: GP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8JSZ3

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体	c13G8 Fab Heavy Chain 分子量: 24215.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	c13G8 Fab Light Chain 分子量: 23126.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 636分子

#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.01 M Cobalt chloride hexahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月1日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→45.16 Å / Num. obs: 81877 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 27.31 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.03316 / R_pim(I) all: 0.03316 / R_rim(I) all: 0.0469 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.804→1.868 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.2688 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 8008 / CC_1/2: 0.915 / CC star: 0.978 / R_pim(I) all: 0.2688 / R_rim(I) all: 0.3801 / % possible all: 92.89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→45.16 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2153	4111	5.03 %
R_work	0.1996	-	-
obs	0.2004	81791	94.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5121	0	79	623	5823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5304
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.752	7199
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.145	730
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	818
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	899

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.83	0.3819	154	0.3285	2459	X-RAY DIFFRACTION	88
1.83-1.85	0.3509	115	0.2986	2699	X-RAY DIFFRACTION	95
1.85-1.87	0.2928	147	0.2789	2686	X-RAY DIFFRACTION	95
1.87-1.9	0.3131	134	0.2646	2720	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9-1.92	0.2848	141	0.2615	2712	X-RAY DIFFRACTION	96
1.92-1.95	0.2918	153	0.2445	2689	X-RAY DIFFRACTION	96
1.95-1.98	0.256	150	0.2593	2700	X-RAY DIFFRACTION	96
1.98-2.01	0.2756	129	0.2414	2713	X-RAY DIFFRACTION	96
2.01-2.04	0.249	136	0.2396	2661	X-RAY DIFFRACTION	95
2.04-2.08	0.2494	121	0.2273	2603	X-RAY DIFFRACTION	92
2.08-2.11	0.2539	150	0.2213	2459	X-RAY DIFFRACTION	87
2.11-2.16	0.2418	162	0.2172	2679	X-RAY DIFFRACTION	96
2.16-2.2	0.2586	143	0.2037	2751	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2-2.25	0.2598	153	0.2117	2723	X-RAY DIFFRACTION	97
2.25-2.3	0.2342	127	0.202	2731	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3-2.36	0.2439	152	0.2026	2719	X-RAY DIFFRACTION	97
2.36-2.42	0.2289	142	0.2111	2743	X-RAY DIFFRACTION	96
2.42-2.49	0.2357	164	0.2248	2641	X-RAY DIFFRACTION	95
2.49-2.57	0.2384	143	0.2224	2418	X-RAY DIFFRACTION	86
2.57-2.66	0.2766	140	0.2144	2749	X-RAY DIFFRACTION	97
2.66-2.77	0.2181	136	0.213	2766	X-RAY DIFFRACTION	97
2.77-2.9	0.243	137	0.2099	2754	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9-3.05	0.2317	146	0.1995	2755	X-RAY DIFFRACTION	97
3.05-3.24	0.2279	126	0.1918	2693	X-RAY DIFFRACTION	94
3.24-3.49	0.1839	116	0.1798	2566	X-RAY DIFFRACTION	90
3.49-3.84	0.1845	158	0.1705	2796	X-RAY DIFFRACTION	98
3.84-4.4	0.1687	152	0.1567	2773	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4-5.54	0.1347	128	0.1624	2584	X-RAY DIFFRACTION	90
5.54-45.16	0.2085	156	0.2137	2738	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8553	-1.2479	1.1488	2.2496	-0.0745	2.2424	0.1206	0.6955	-0.5191	-0.134	-0.0376	0.1093	0.2202	0.1852	-0.0512	0.2168	0.0016	-0.0034	0.473	-0.0793	0.244	-41.5077	15.1813	-17.139
2	5.5546	0.214	-0.6472	4.4041	0.2894	4.3218	0.0971	1.2176	0.7224	-0.4782	0.0362	-0.3296	-0.6397	0.6639	-0.2193	0.3432	-0.1072	0.0194	0.809	0.0439	0.3716	-29.2953	21.9855	-17.9644
3	6.0377	-1.5401	0.1879	3.0763	-1.0833	3.236	0.1034	0.0641	-0.419	0.057	-0.0578	-0.3116	0.0514	0.2817	-0.0597	0.1799	-0.0319	-0.012	0.4436	-0.0863	0.4481	-14.6263	10.0158	-2.8256
4	5.0971	-0.5	0.7228	1.4907	0.1198	2.901	0.0518	0.2399	-0.2438	-0.1761	-0.0533	0.064	0.0232	0.0384	-0.0172	0.2077	0.0336	-0.0032	0.23	-0.0256	0.1575	-67.2202	24.4468	-27.7321
5	2.3346	0.7462	0.7826	7.3446	0.2791	2.9065	0.0636	0.1991	0.0801	0.0573	0.1285	0.22	-0.1159	-0.0307	-0.166	0.1512	0.0184	0.0271	0.3405	0.0256	0.1572	-92.0565	42.4464	-30.4835
6	1.8937	-1.8705	0.1168	4.8204	-0.1676	1.4578	-0.0453	-0.1465	0.1137	0.0383	0.0054	0.1279	-0.2228	-0.2981	0.016	0.1729	0.0084	-0.0064	0.3391	-0.0269	0.1744	-69.1416	31.4108	-5.5969
7	5.2847	-4.945	-1.1579	3.9959	0.4363	0.4938	-0.041	-0.2891	0.2003	0.2165	0.0624	-0.0968	-0.2012	-0.115	0.0016	0.2268	0.0295	-0.0011	0.3628	-0.0352	0.2124	-75.0957	32.9436	-8.1039
8	2.4411	0.2792	1.0622	2.0072	0.7651	4.5422	0.0774	-0.3628	-0.1592	0.1401	0.0247	0.3771	0.2979	-1.0527	-0.0657	0.31	-0.0046	0.061	0.541	0.0869	0.2936	-104.0568	39.2778	-19.7812

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 251 through 308 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 309 through 381 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 382 through 509 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 2 through 119 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 120 through 214 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 2 through 75 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 76 through 113 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 114 through 213 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)