PDB-8vvk: CCHFV GP38 bound to ADI-46143 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vvk

タイトル

CCHFV GP38 bound to ADI-46143 Fab

要素

(ADI-46143 Fab ...) x 2
GP38

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / CCHFV / GP38 / Antibody / Immunology / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell Golgi membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Hjorth, C.K. / McLellan, J.S.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI152246	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	U19AI142777	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Survivors Elicit Protective Non-Neutralizing Antibodies that Target 11 Overlapping Regions on Viral Glycoprotein GP38
著者: Shin, O.S. / Monticelli, S.R. / Hjorth, C.K. / Hornet, V. / Doyle, M. / Abelson, D. / Kuehne, A.I. / Wang, A. / Bakken, R.R. / Mishra, A.K. / Middlecamp, M. / Champney, E. / Stuart, L. / ...

履歴

登録	2024年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8vvk.ent.gz	443.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8vvk_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vvk_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8vvk_validation.xml.gz	48.3 KB	表示
CIF形式データ	8vvk_validation.cif.gz	68 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/8vvk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/8vvk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vvlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GP38

B: GP38

C: ADI-46143 Fab Light Chain

D: ADI-46143 Fab Heavy Chain

H: ADI-46143 Fab Heavy Chain

L: ADI-46143 Fab Light Chain

ヘテロ分子

155 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GP38

H: ADI-46143 Fab Heavy Chain

L: ADI-46143 Fab Light Chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GP38

C: ADI-46143 Fab Light Chain

D: ADI-46143 Fab Heavy Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.647, 149.647, 315.727
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

-
抗体 , 2種, 4分子 CLDH

#2: 抗体	ADI-46143 Fab Light Chain 分子量: 22471.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	ADI-46143 Fab Heavy Chain 分子量: 23729.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 239分子 AB

#1: タンパク質	GP38 分子量: 30241.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス) 株: IbAr10200 / 遺伝子: GP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8JSZ3
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
糖 , 2種, 4分子

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Ammonium Citrate pH 7.5, 9.3% (w/v) PEG 3350, 12.6% (v/v) 2-Propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月15日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.61→59.95 Å / Num. obs: 64162 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 49.12 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.02675 / R_pim(I) all: 0.02675 / R_rim(I) all: 0.03784 / Net I/σ(I): 15.64
反射シェル	解像度: 2.61→2.703 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.262 / Mean I/σ(I) obs: 2.81 / Num. unique obs: 6283 / CC_1/2: 0.814 / CC star: 0.947 / R_pim(I) all: 0.262 / R_rim(I) all: 0.3706 / % possible all: 99.86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.61→59.95 Å / SU ML: 0.2805 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.3504
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2174	3178	4.94 %
R_work	0.1771	61163	-
obs	0.1791	64162	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.61→59.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10294	0	123	237	10654

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0054	10650
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.741	14468
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0494	1669
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	1823
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.6086	1496

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.61-2.65	0.3245	128	0.2525	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.69	0.3199	145	0.2449	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.69-2.73	0.3118	154	0.2334	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.73-2.78	0.2886	135	0.2328	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.78-2.83	0.2903	138	0.2254	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.83-2.88	0.3058	115	0.2125	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.88-2.94	0.2804	149	0.2224	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.94-3.01	0.3054	129	0.2194	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.01-3.08	0.2762	125	0.2154	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.15	0.2538	129	0.2067	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.15-3.24	0.2752	135	0.1989	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.33	0.2177	125	0.2001	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.44	0.2602	153	0.1947	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.56	0.2227	148	0.1862	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.71	0.2405	133	0.1788	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-3.88	0.1851	127	0.1739	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.88-4.08	0.1961	132	0.1559	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
4.08-4.34	0.1931	154	0.1433	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
4.34-4.67	0.1501	127	0.1264	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.67-5.14	0.1515	160	0.1347	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
5.14-5.88	0.1979	136	0.148	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
5.88-7.41	0.194	162	0.1845	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
7.41-59.95	0.1951	139	0.1769	2965	X-RAY DIFFRACTION	99.68

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.09232722664	-1.31768856794	1.54187002339	5.3939019466	-2.76963972797	3.63685725039	-0.0305496103961	-0.263130396757	0.212033518677	0.242005089786	0.164329801606	0.526848344349	-0.186045165252	-0.526260496325	-0.13055096007	0.270502367278	-0.0244148091117	0.00230110453784	0.528397086526	0.0218306723501	0.375824398413	-130.916795	32.7029238059	12.716117711
2	4.170596669	-0.297890814855	-0.911547274653	2.94305556403	1.03980409603	4.9963613818	0.0640008046739	0.0276964105144	0.279221993288	0.0339103286993	-0.0907081566328	0.0272673907096	-0.281848280433	0.00287929509107	0.0286652963042	0.276814105059	-0.00376747652107	-0.00166830687353	0.285996919332	0.0141032226978	0.188045486047	-94.235704056	38.5709263052	14.6485896363
3	3.30581009114	1.08012560663	0.265774454992	5.90276249585	1.04549579133	3.28517645338	-0.270801559461	-0.283921541496	0.275692439515	0.413108109687	0.376605479152	0.278746229359	0.0262025423261	-0.549046681654	-0.101958621962	0.35636216154	0.138149324323	0.0228747668406	0.635185935805	0.0100434927735	0.380331233597	-130.804818533	36.6316013579	28.5197618764
4	8.19269958421	-2.03334498327	-0.878500629808	4.44337754446	0.249033461681	3.91268185832	0.375398411812	0.299269653643	0.0115775908125	-0.473872347654	-0.3555720778	0.221619226289	-0.623073058225	0.0893718549614	0.00240111822	0.633216899654	-0.0293289388183	-0.0462632456005	0.312583688111	-0.0227654271579	0.364362310694	-23.3380070852	96.7018463591	34.8346176984
5	5.62500996669	-1.73592378631	1.82357295355	1.37276993335	-0.341622951294	2.54248216816	0.217392929468	0.979222132936	0.0819616492111	-0.128630825497	-0.163644895269	-0.363809975679	0.0327022522588	0.702480386451	-0.05220187437	0.429937145226	0.0166567678008	0.0426836141554	0.61259191743	-0.0370727638054	0.399574787162	-56.7830286251	21.625564714	0.642807034058
6	2.76969379159	1.35472698273	1.47294339198	4.24311866933	2.21284114987	4.20620145298	0.339182198492	-0.0952874950937	-0.485723688581	0.27255351651	-0.148472645555	-0.121144380506	0.70788655733	-0.300443135562	-0.181910352258	0.472829966032	-0.0643835434796	-0.0748624638758	0.381317697015	0.0386823252352	0.416744532993	-43.3271181952	18.2992304947	35.4383123534
7	3.93210178321	-0.760566447935	0.468728047456	5.82969069436	-0.56789299881	2.4709343399	-0.0445990708933	-0.0638469884117	0.238740823114	0.145863094955	0.0276931456843	0.582658634844	-0.118803160949	-0.212962794325	0.00181570766499	0.250545182393	-0.0283698826739	0.00628063174174	0.331212946581	0.0423302800274	0.313795844515	-41.3097400896	62.4187200801	39.3406391961
8	2.77819120099	1.2466962041	-0.461973192125	3.072043552	-1.60406868242	2.45933037163	0.0467881454157	0.152621797192	-0.0922520294527	0.00847883856106	0.0549131056704	-0.110424101161	0.0591603685849	0.0654511596521	-0.0520158209289	0.306407403599	-0.0224426099846	-0.0381111090623	0.311365461646	-0.0732812581709	0.276700779767	-20.100593889	56.9365406404	42.2015411936
9	3.07770208278	-2.97653305294	-3.13224462258	6.50482390996	5.03455605844	7.45307512563	0.0478359021046	-0.131337405784	0.2051619733	0.113753725893	0.118637155036	0.0847810960278	-0.314352980453	0.209498069452	-0.162594079929	0.30810174183	-0.119129454756	-0.00214361650313	0.353325728039	0.0278612081965	0.306867616051	-17.0345064923	88.4002547587	47.1204193866
10	5.28073779936	1.80979604154	-1.39502284187	2.52500839996	-0.698974538286	3.04519005163	-7.10231444728E-5	0.288118533802	-0.518754125372	-0.162497946097	-0.0350962286408	-0.0551811185175	0.322686420925	-0.0713794042821	0.0482896590289	0.332230711418	0.0433904585806	-0.0679048552071	0.285152872671	-0.0556964259894	0.309728699456	-101.954945433	20.2978000224	5.08578546832

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'H' and resid 114 through 214)	H	N	114 - 214	124 - 224
2	2	(chain 'L' and resid 1 through 106A)	L	O	1 - 106	1 - 108
3	3	(chain 'L' and resid 107 through 208)	L	O	107 - 208	109 - 210
4	4	(chain 'C' and resid 109 through 208)	C	L	109 - 208	111 - 210
5	5	(chain 'A' and resid 253 through 512)	A	A	253 - 512	1 - 240
6	6	(chain 'B' and resid 253 through 515)	B	F	253 - 515	1 - 240
7	7	(chain 'C' and resid 1 through 108)	C	L	1 - 108	1 - 110
8	8	(chain 'D' and resid 1 through 113)	D	M	1 - 113	1 - 123
9	9	(chain 'D' and resid 114 through 213)	D	M	114 - 213	124 - 223
10	10	(chain 'H' and resid 1 through 113)	H	N	1 - 113	1 - 123

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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