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- PDB-8vvk: CCHFV GP38 bound to ADI-46143 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vvk
タイトルCCHFV GP38 bound to ADI-46143 Fab
要素
  • (ADI-46143 Fab ...) x 2
  • GP38
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / CCHFV / GP38 / Antibody / Immunology / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Nairovirus M polyprotein-like / : / : / : / : / Nairovirus GP38 / Nairovirus, structural glycoprotein Gn / Nairovirus, mucin-like domain / Nairovirus NSm / Hantavirus glycoprotein Gc ...Nairovirus M polyprotein-like / : / : / : / : / Nairovirus GP38 / Nairovirus, structural glycoprotein Gn / Nairovirus, mucin-like domain / Nairovirus NSm / Hantavirus glycoprotein Gc / : / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Hjorth, C.K. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI152246 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI142777 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / : 2024
タイトル: Crimean-Congo hemorrhagic fever survivors elicit protective non-neutralizing antibodies that target 11 overlapping regions on glycoprotein GP38.
著者: Olivia S Shin / Stephanie R Monticelli / Christy K Hjorth / Vladlena Hornet / Michael Doyle / Dafna Abelson / Ana I Kuehne / Albert Wang / Russell R Bakken / Akaash K Mishra / Marissa ...著者: Olivia S Shin / Stephanie R Monticelli / Christy K Hjorth / Vladlena Hornet / Michael Doyle / Dafna Abelson / Ana I Kuehne / Albert Wang / Russell R Bakken / Akaash K Mishra / Marissa Middlecamp / Elizabeth Champney / Lauran Stuart / Daniel P Maurer / Jiannan Li / Jacob Berrigan / Jennifer Barajas / Stephen Balinandi / Julius J Lutwama / Leslie Lobel / Larry Zeitlin / Laura M Walker / John M Dye / Kartik Chandran / Andrew S Herbert / Noel T Pauli / Jason S McLellan /
要旨: Crimean-Congo hemorrhagic fever virus can cause lethal disease in humans yet there are no approved medical countermeasures. Viral glycoprotein GP38, exclusive to Nairoviridae, is a target of ...Crimean-Congo hemorrhagic fever virus can cause lethal disease in humans yet there are no approved medical countermeasures. Viral glycoprotein GP38, exclusive to Nairoviridae, is a target of protective antibodies and is a key antigen in preclinical vaccine candidates. Here, we isolate 188 GP38-specific antibodies from human survivors of infection. Competition experiments show that these antibodies bind across 5 distinct antigenic sites, encompassing 11 overlapping regions. Additionally, we show structures of GP38 bound with 9 of these antibodies targeting different antigenic sites. Although these GP38-specific antibodies are non-neutralizing, several display protective efficacy equal to or better than murine antibody 13G8 in two highly stringent rodent models of infection. Together, these data expand our understanding regarding this important viral protein and may inform the development of broadly effective CCHFV antibody therapeutics.
履歴
登録2024年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GP38
B: GP38
C: ADI-46143 Fab Light Chain
D: ADI-46143 Fab Heavy Chain
H: ADI-46143 Fab Heavy Chain
L: ADI-46143 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,74610
ポリマ-152,8866
非ポリマー1,8604
4,270237
1
A: GP38
H: ADI-46143 Fab Heavy Chain
L: ADI-46143 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2925
ポリマ-76,4433
非ポリマー8492
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GP38
C: ADI-46143 Fab Light Chain
D: ADI-46143 Fab Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4545
ポリマ-76,4433
非ポリマー1,0112
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.647, 149.647, 315.727
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 CLDH

#2: 抗体 ADI-46143 Fab Light Chain


分子量: 22471.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 ADI-46143 Fab Heavy Chain


分子量: 23729.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 239分子 AB

#1: タンパク質 GP38


分子量: 30241.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス)
: IbAr10200 / 遺伝子: GP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8JSZ3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
, 2種, 4分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Ammonium Citrate pH 7.5, 9.3% (w/v) PEG 3350, 12.6% (v/v) 2-Propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月15日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→59.95 Å / Num. obs: 64162 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 49.12 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02675 / Rpim(I) all: 0.02675 / Rrim(I) all: 0.03784 / Net I/σ(I): 15.64
反射 シェル解像度: 2.61→2.703 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.262 / Mean I/σ(I) obs: 2.81 / Num. unique obs: 6283 / CC1/2: 0.814 / CC star: 0.947 / Rpim(I) all: 0.262 / Rrim(I) all: 0.3706 / % possible all: 99.86

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.61→59.95 Å / SU ML: 0.2805 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.3504
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2174 3178 4.94 %
Rwork0.1771 61163 -
obs0.1791 64162 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→59.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10294 0 123 237 10654
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005410650
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74114468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04941669
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00561823
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.60861496
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.61-2.650.32451280.25252611X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.690.31991450.24492595X-RAY DIFFRACTION99.85
2.69-2.730.31181540.23342587X-RAY DIFFRACTION99.82
2.73-2.780.28861350.23282621X-RAY DIFFRACTION99.86
2.78-2.830.29031380.22542598X-RAY DIFFRACTION99.96
2.83-2.880.30581150.21252644X-RAY DIFFRACTION99.93
2.88-2.940.28041490.22242593X-RAY DIFFRACTION99.96
2.94-3.010.30541290.21942635X-RAY DIFFRACTION99.89
3.01-3.080.27621250.21542621X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.150.25381290.20672632X-RAY DIFFRACTION99.96
3.15-3.240.27521350.19892644X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.330.21771250.20012646X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.440.26021530.19472609X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.560.22271480.18622667X-RAY DIFFRACTION100
3.56-3.710.24051330.17882632X-RAY DIFFRACTION100
3.71-3.880.18511270.17392653X-RAY DIFFRACTION99.93
3.88-4.080.19611320.15592681X-RAY DIFFRACTION100
4.08-4.340.19311540.14332648X-RAY DIFFRACTION100
4.34-4.670.15011270.12642713X-RAY DIFFRACTION99.96
4.67-5.140.15151600.13472680X-RAY DIFFRACTION100
5.14-5.880.19791360.1482733X-RAY DIFFRACTION100
5.88-7.410.1941620.18452755X-RAY DIFFRACTION100
7.41-59.950.19511390.17692965X-RAY DIFFRACTION99.68
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.09232722664-1.317688567941.541870023395.3939019466-2.769639727973.63685725039-0.0305496103961-0.2631303967570.2120335186770.2420050897860.1643298016060.526848344349-0.186045165252-0.526260496325-0.130550960070.270502367278-0.02441480911170.002301104537840.5283970865260.02183067235010.375824398413-130.91679532.702923805912.716117711
24.170596669-0.297890814855-0.9115472746532.943055564031.039804096034.99636138180.06400080467390.02769641051440.2792219932880.0339103286993-0.09070815663280.0272673907096-0.2818482804330.002879295091070.02866529630420.276814105059-0.00376747652107-0.001668306873530.2859969193320.01410322269780.188045486047-94.23570405638.570926305214.6485896363
33.305810091141.080125606630.2657744549925.902762495851.045495791333.28517645338-0.270801559461-0.2839215414960.2756924395150.4131081096870.3766054791520.2787462293590.0262025423261-0.549046681654-0.1019586219620.356362161540.1381493243230.02287476684060.6351859358050.01004349277350.380331233597-130.80481853336.631601357928.5197618764
48.19269958421-2.03334498327-0.8785006298084.443377544460.2490334616813.912681858320.3753984118120.2992696536430.0115775908125-0.473872347654-0.35557207780.221619226289-0.6230730582250.08937185496140.002401118220.633216899654-0.0293289388183-0.04626324560050.312583688111-0.02276542715790.364362310694-23.338007085296.701846359134.8346176984
55.62500996669-1.735923786311.823572953551.37276993335-0.3416229512942.542482168160.2173929294680.9792221329360.0819616492111-0.128630825497-0.163644895269-0.3638099756790.03270225225880.702480386451-0.052201874370.4299371452260.01665676780080.04268361415540.61259191743-0.03707276380540.399574787162-56.783028625121.6255647140.642807034058
62.769693791591.354726982731.472943391984.243118669332.212841149874.206201452980.339182198492-0.0952874950937-0.4857236885810.27255351651-0.148472645555-0.1211443805060.70788655733-0.300443135562-0.1819103522580.472829966032-0.0643835434796-0.07486246387580.3813176970150.03868232523520.416744532993-43.327118195218.299230494735.4383123534
73.93210178321-0.7605664479350.4687280474565.82969069436-0.567892998812.4709343399-0.0445990708933-0.06384698841170.2387408231140.1458630949550.02769314568430.582658634844-0.118803160949-0.2129627943250.001815707664990.250545182393-0.02836988267390.006280631741740.3312129465810.04233028002740.313795844515-41.309740089662.418720080139.3406391961
82.778191200991.2466962041-0.4619731921253.072043552-1.604068682422.459330371630.04678814541570.152621797192-0.09225202945270.008478838561060.0549131056704-0.1104241011610.05916036858490.0654511596521-0.05201582092890.306407403599-0.0224426099846-0.03811110906230.311365461646-0.07328125817090.276700779767-20.10059388956.936540640442.2015411936
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105.280737799361.80979604154-1.395022841872.52500839996-0.6989745382863.04519005163-7.10231444728E-50.288118533802-0.518754125372-0.162497946097-0.0350962286408-0.05518111851750.322686420925-0.07137940428210.04828965902890.3322307114180.0433904585806-0.06790485520710.285152872671-0.05569642598940.309728699456-101.95494543320.29780002245.08578546832
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'H' and resid 114 through 214)HN114 - 214124 - 224
22(chain 'L' and resid 1 through 106A)LO1 - 1061 - 108
33(chain 'L' and resid 107 through 208)LO107 - 208109 - 210
44(chain 'C' and resid 109 through 208)CL109 - 208111 - 210
55(chain 'A' and resid 253 through 512)AA253 - 5121 - 240
66(chain 'B' and resid 253 through 515)BF253 - 5151 - 240
77(chain 'C' and resid 1 through 108)CL1 - 1081 - 110
88(chain 'D' and resid 1 through 113)DM1 - 1131 - 123
99(chain 'D' and resid 114 through 213)DM114 - 213124 - 223
1010(chain 'H' and resid 1 through 113)HN1 - 1131 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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