PDB-8vvj: Structure of S. odontolytica ZTP riboswitch bound to m-1-pyridiny...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vvj

タイトル

Structure of S. odontolytica ZTP riboswitch bound to m-1-pyridinyl-AICA

要素

RNA (64-MER)

キーワード

RNA / riboswitch / drug / synthetic / aptamer

機能・相同性

: / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Schaalia odontolytica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Jones, C.P. / Ferre D'Amare, A.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Machine Learning-Augmented Molecular Dynamics Simulations (MD) Reveal Insights Into the Disconnect Between Affinity and Activation of ZTP Riboswitch Ligands.
著者: Fullenkamp, C.R. / Mehdi, S. / Jones, C.P. / Tenney, L. / Pichling, P. / Prestwood, P.R. / Ferre-D'Amare, A.R. / Tiwary, P. / Schneekloth, J.S.

履歴

登録	2024年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vvj.cif.gz	84.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vvj.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vvj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vvj_validation.pdf.gz	717.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vvj_full_validation.pdf.gz	718 KB	表示
XML形式データ	8vvj_validation.xml.gz	6.1 KB	表示
CIF形式データ	8vvj_validation.cif.gz	7.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/8vvj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/8vvj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vqvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (2) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (1) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (2) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (2)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (2)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (64-MER)

ヘテロ分子

21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA (64-MER)

ヘテロ分子

A: RNA (64-MER)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
42.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.247, 118.247, 202.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	177
Space group name H-M	P622

#1: RNA鎖	RNA (64-MER) 分子量: 20782.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schaalia odontolytica (バクテリア) 発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-A1AD3 / (1M)-5-amino-1-(1,8-naphthyridin-3-yl)-1H-imidazole-4-carboxamide 分子量: 254.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₀N₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 125-300 mM lithium sulfate, 23-27% PEG 3350, 0.1 M Hepes pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→101.03 Å / Num. obs: 85958 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 39.1 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.2546 / Net I/σ(I): 12.41
反射シェル	解像度: 2.15→2.227 Å / R_merge(I) obs: 2.508 / Num. unique obs: 4513 / CC_1/2: 0.831

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→101.03 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3339	2937	3.42 %
R_work	0.3118	-	-
obs	0.3126	85958	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→101.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	1376	28	70	1474

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1567
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.918	2448
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.233	766
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	319
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	67

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.19	0.4777	141	0.4117	3963	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.22	0.3203	138	0.3983	3931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.26	0.3814	140	0.415	3927	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.31	0.3957	138	0.3719	3983	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.35	0.3597	143	0.3517	3956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.41	0.3633	139	0.3441	3977	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.46	0.4166	145	0.3558	3957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.52	0.4112	144	0.3574	3947	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.59	0.4002	139	0.3671	3923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.67	0.3836	141	0.3748	3943	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.75	0.4328	139	0.3913	3989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.85	0.4642	139	0.4005	3936	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.97	0.3202	140	0.3646	3961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.1	0.3585	138	0.3069	3943	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.26	0.3075	139	0.2866	3954	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.47	0.3026	133	0.2706	3942	X-RAY DIFFRACTION	100
3.47-3.74	0.2808	146	0.2634	3935	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-4.11	0.311	138	0.2972	3955	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-4.71	0.3522	137	0.3021	3966	X-RAY DIFFRACTION	100
4.71-5.93	0.2788	140	0.2691	3964	X-RAY DIFFRACTION	100
5.93-101.03	0.2858	140	0.2702	3969	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7901	-3.3329	-4.0624	3.8376	1.6129	3.5545	-1.3544	-0.208	-1.525	1.0463	0.5493	-0.1844	0.8359	0.5367	0.6067	0.2215	0.0467	0.0986	0.7126	-0.0457	1.0835	49.6759	-11.4142	18.6035
2	0.4653	0.4925	-0.2795	2.7769	-0.4167	2.435	-0.0895	-0.0732	-0.1812	-0.0596	0.005	-0.2399	0.1694	0.2158	-0.0507	0.1887	0.0325	-0.0016	0.2966	-0.0044	0.3752	31.6836	-3.3884	19.4617
3	1.8541	-1.7439	-0.299	2.3544	0.6066	2.9443	-0.1297	0.0231	-0.2493	-0.1615	-0.0547	0.6933	0.1278	-0.4605	0.1045	0.3029	-0.1098	-0.0094	0.4533	0.0071	0.5519	78.8135	-4.8521	11.628

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 10 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 45 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 64 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)