PDB-8vud: Crystal structure of APOBEC3F-CD1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vud

タイトル

Crystal structure of APOBEC3F-CD1

要素

DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / APOBEC3F / HIV / Cytidine Deaminases

機能・相同性

機能・相同性情報

apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / single-stranded DNA cytosine deaminase / base conversion or substitution editing / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of viral process / cytidine deaminase activity / transposable element silencing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.599 Å

データ登録者

Yang, H.J. / Li, S.-X. / Pacheco, J. / Chen, X.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of APOBEC3F-CD1
著者: Pacheco, J. / Yang, H.J. / Li, S.-X. / Chen, X.S.

履歴

登録	2024年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vud.cif.gz	172.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vud.ent.gz	137.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vud.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vud_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vud_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8vud_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	8vud_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/8vud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/8vud	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F

B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F

ヘテロ分子

46.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
23.4 kDa, 1 ポリマー

2

B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.388, 124.388, 64.011
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

#1: タンパク質	DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F / APOBEC3F-CD1 / Apolipoprotein B mRNA-editing enzyme catalytic polypeptide-like 3F / A3F 分子量: 23247.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IUX4
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.91 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 1.8 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033202 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.033202 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.599→50 Å / Num. obs: 17567 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.1 % / R_merge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.6-2.69	14.3	0.882	1751	0.819	0.949	0.239	0.915	1.099	100
2.69-2.8	17.5	0.762	1747	0.908	0.976	0.187	0.785	1.188	100
2.8-2.93	18.5	0.571	1729	0.951	0.987	0.137	0.588	1.2	99.9
2.93-3.08	18.6	0.42	1739	0.967	0.992	0.101	0.432	1.244	99.9
3.08-3.28	18.8	0.32	1755	0.982	0.995	0.077	0.329	1.152	99.9
3.28-3.53	18.5	0.229	1747	0.99	0.997	0.056	0.237	1.236	99.8
3.53-3.88	16.4	0.163	1757	0.992	0.998	0.044	0.169	1.268	99.8
3.88-4.45	14	0.11	1749	0.996	0.999	0.032	0.115	0.952	99.9
4.45-5.6	15.9	0.093	1772	0.997	0.999	0.026	0.097	0.925	99.9
5.6-50	18.1	0.074	1821	0.999	1	0.018	0.076	1.049	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.599→41.213 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2386	1754	9.99 %
R_work	0.1783	-	-
obs	0.1844	17563	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.599→41.213 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3118	0	4	17	3139

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	3216
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.308	4364
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.243	1900
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	436
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	568

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.599-2.6692	0.3374	132	0.2514	1195	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6692-2.7478	0.2944	134	0.2185	1210	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7478-2.8364	0.262	134	0.2069	1212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8364-2.9378	0.2641	135	0.1921	1198	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9378-3.0554	0.3017	133	0.1944	1207	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0554-3.1944	0.2294	136	0.1827	1213	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1944-3.3627	0.2726	128	0.1841	1223	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3627-3.5733	0.2606	133	0.1758	1212	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5733-3.849	0.2193	138	0.1753	1196	X-RAY DIFFRACTION	100
3.849-4.236	0.2284	138	0.1654	1232	X-RAY DIFFRACTION	100
4.236-4.8481	0.2028	139	0.1394	1207	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8481-6.105	0.2327	134	0.1746	1234	X-RAY DIFFRACTION	100
6.105-41.213	0.2269	140	0.1948	1270	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6095	-0.1093	-0.3591	0.2123	0.1666	0.4926	0.0054	0.1137	-0.1671	-0.3179	0.0089	-0.039	-0.1484	0.2646	-0.0152	0.189	-0.0192	0.0197	0.3574	0.0158	0.3451	-4.5716	54.7928	-4.1034
2	2.1393	-0.1658	-0.6547	-0.007	0.218	1.2832	-0.0309	0.1137	-0.503	-0.0368	-0.2818	0.1232	0.1835	0.2824	-0.0023	0.3845	-0.0403	-0.0125	0.364	-0.0654	0.5699	-16.2797	43.1075	-4.1675
3	1.4757	-0.4963	-0.3683	0.6102	1.1234	1.3133	-0.1374	0.2198	-0.2159	-0.0258	0.0545	0.2976	-0.2261	0.0744	-0.0073	0.282	-0.0292	0.0142	0.3366	0.0126	0.469	-20.761	51.3968	-1.6645
4	1.357	0.5199	-0.268	1.4232	0.4492	0.3013	0.0191	-0.2138	0.0022	0.4338	0.0459	0.1123	0.1492	0.0972	-0.0002	0.3478	-0.0196	-0.0117	0.3818	0.031	0.3323	-10.528	57.004	6.3377
5	0.2369	0.0393	-0.4793	0.3331	0.6826	0.1511	0.3449	-0.3545	-0.0163	-0.0164	-0.4426	0.1318	-0.3761	-0.0064	0.0003	0.6011	0.0679	-0.0125	0.6215	-0.0601	0.4147	-9.8455	57.0939	34.7049
6	-0.0593	0.0213	0.3023	-0.1921	0.2646	-0.081	0.0223	0.1246	0.0691	-0.5181	-0.6897	0.8185	0.1441	-0.1796	-0.0607	0.9458	0.0067	-0.1554	0.6197	-0.2973	0.733	-16.6711	35.7464	27.2168
7	0.965	-0.3163	0.5835	0.7735	0.4048	1.796	-0.1141	-0.1164	-0.2631	0.1258	-0.0538	-0.0569	0.3009	0.1108	-0.0002	0.5569	0.0175	0.0566	0.5335	-0.1199	0.5576	-4.1601	42.5937	34.7673
8	0.2756	-0.174	-0.3397	0.3446	-0.0276	0.595	-0.2311	0.5129	-0.7139	-0.4283	0.0382	-0.4364	0.0727	0.0366	0.0002	0.7303	0.0547	0.0363	0.7627	-0.1868	0.7294	4.8436	46.5336	25.9032
9	0.2444	0.0667	-0.1616	0.1218	-0.1175	0.3465	-0.22	-0.3984	-0.0664	-0.5634	-0.5052	0.3991	0.776	-0.4973	-0.015	0.6871	0.0081	-0.124	0.8694	-0.0981	0.5612	-16.2299	53.7129	25.557
10	0.4563	0.186	0.3274	0.6745	-0.5252	1.0955	0.4635	0.5824	-0.0034	-0.7244	-0.3883	0.0755	0.1492	-0.2712	0.0024	0.6112	0.0465	-0.0245	0.5873	-0.1015	0.2864	-5.5759	59.069	22.6808

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 33 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 77 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 78 through 127 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 128 through 190 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 6 through 33 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 34 through 53 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 54 through 127 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 128 through 148 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 149 through 159 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 160 through 190 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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