PDB-8vu0: Co-crystal structure of Aquifex aeolicus Trbp111 in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vu0

タイトル

Co-crystal structure of Aquifex aeolicus Trbp111 in complex with E. coli tRNA-Ile

要素

Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
RNA (76-MER)

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / OB fold / EMAPII-like domain / tRNA-binding / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Umuhire Juru, A. / Zhang, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of tRNA recognition by the widespread OB fold.
著者: Umuhire Juru, A. / Ghirlando, R. / Zhang, J.

履歴

登録	2024年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vu0.cif.gz	318.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vu0.ent.gz	211.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vu0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8vu0_validation.pdf.gz	457.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vu0_full_validation.pdf.gz	460.9 KB	表示
XML形式データ	8vu0_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	8vu0_validation.cif.gz	23.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/8vu0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/8vu0	HTTPS FTP

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

C: RNA (76-MER)

D: RNA (76-MER)

B: Methionyl-tRNA synthetase beta subunit

A: Methionyl-tRNA synthetase beta subunit

73.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	190.495, 55.028, 87.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.420, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "A"
d_2	ens_1	chain "B"
d_1	ens_2	(chain "C" and (resid 1 through 15 or resid 18 through 76))
d_2	ens_2	(chain "D" and (resid 1 through 15 or resid 18 through 76))

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	ens_1	ALA	ALA	SER	SER	A	D	5 - 111	7 - 113
d_2	ens_1	ALA	ALA	SER	SER	B	C	5 - 111	7 - 113
d_1	ens_2	G	G	A	A	C	A	1 - 9	1 - 9
d_2	ens_2	G	G	A	A	D	B	1 - 9	1 - 9

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

#1: RNA鎖	RNA (76-MER) 分子量: 24604.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Methionyl-tRNA synthetase beta subunit 分子量: 12266.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: metG', aq_422 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66738
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.17 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium phosphate dibasic, 23% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.64→43.09 Å / Num. obs: 26578 / % possible obs: 98.79 % / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 59.56 Å² / CC_1/2: 0.977 / R_pim(I) all: 0.0438 / Net I/σ(I): 9.76
反射シェル	解像度: 2.64→2.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.87 / Num. unique obs: 2645 / CC_1/2: 0.909 / R_pim(I) all: 0.197

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DIALS		データスケーリング
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX	1.20.1_4487	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.64→43.09 Å / SU ML: 0.4524 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.9231
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2217	1319	4.97 %
R_work	0.1825	25211	-
obs	0.1845	26530	98.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.64→43.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1628	3262	0	201	5091

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0031	5288
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.739	7894
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0426	1032
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	430
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.5684	2046

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	D	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.668569009287
ens_2	d_2	A	C	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.805739687209

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.64-2.75	0.3978	151	0.3792	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.75-2.87	0.3877	155	0.312	2781	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.87-3.02	0.3455	137	0.2515	2771	X-RAY DIFFRACTION	98.88
3.02-3.21	0.2898	145	0.2347	2755	X-RAY DIFFRACTION	97.84
3.21-3.46	0.2636	133	0.2135	2821	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.46-3.81	0.2345	148	0.1683	2823	X-RAY DIFFRACTION	99.5
3.81-4.36	0.1869	141	0.153	2801	X-RAY DIFFRACTION	99.16
4.36-5.49	0.1706	148	0.1347	2818	X-RAY DIFFRACTION	97.98
5.49-43.09	0.1568	161	0.1486	2861	X-RAY DIFFRACTION	98.12

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.46506630477	0.0356711864404	0.861266037928	8.86737221059	0.541269938099	2.82850416474	-0.384476139741	-0.00553727843196	-0.0918952700299	-0.106728389141	-0.165132511581	-0.409422841277	0.508972869118	0.44121291806	0.481216843445	0.253964326089	0.0233897994522	0.0106037313361	0.284146389839	-0.000231334725985	0.404165250659	45.9967293816	-40.2811479142	-21.0922837625
2	8.87826871497	4.71499530761	-4.36043115212	7.25740298119	-6.07950586115	6.80407885163	-0.411057554781	0.377591672047	0.383136307799	-0.516303518442	1.18533869173	1.02787484649	-0.317613379116	-0.663052238133	-0.342486721264	0.374786277236	-0.0142075667893	0.0229352641432	0.427649368263	-0.0862963272814	0.456237834446	27.9526215471	-42.3961413271	-24.689039405
3	6.82060210013	4.46955227421	0.467412888507	7.94236290481	4.08029985784	5.23132429248	0.0739311561697	0.202280310251	0.246220554389	0.378345158133	0.257119687855	0.0979082747823	-0.43555458413	0.0199866818593	-0.282010062592	0.435638443067	0.0192306283697	0.015452179734	0.307881410677	0.0809374930718	0.385286753646	44.2256547453	-24.4891106493	-19.9824528351
4	2.01773187051	-1.0280770357	-1.52073400084	4.59587725823	-3.73290924263	4.33780552536	-0.306753211009	-1.50921079029	0.743447165336	1.63544104608	-0.503064270371	-0.614829694607	-0.861457442607	-0.766300137689	0.751694493117	0.495480829532	-0.0552808401653	-0.0983476069333	0.553469494934	-0.0521828597866	0.396609723956	40.6130864679	-20.1816675999	-3.73933068063
5	2.39330565893	-1.56766239086	-2.40858289527	3.10145091085	3.01594228106	3.42767538466	-0.135992386679	-0.288418828109	-0.0416995730965	-0.290390269656	-0.310875366219	0.160904687936	-1.33618060614	-0.594086281383	0.645335151881	0.45908959262	0.0349810360713	-0.099580604579	0.444120470474	0.0173443180024	0.500314992722	42.6389591296	-21.3543156907	-17.8988003203
6	4.6141061187	-4.37893746515	-4.95129279608	8.55792843851	5.51028842054	5.63228057056	0.474394189743	0.569763552052	0.534765203156	-0.994602317619	-0.577947709777	0.649756953858	-2.25094246712	-0.643840223803	0.0830806415517	0.558947692516	0.0686704308472	-0.0850671266714	0.600317131712	0.0261882923521	0.604767558222	38.806864041	-22.4298613207	-23.8094679748
7	0.924617899156	-0.322711491542	-1.59935877349	2.98819332071	1.10175282432	3.77327946627	-0.149058476058	0.0317813175955	0.46494709194	-0.0384984961547	-0.0507095934205	0.102882114245	-0.179469339971	0.379858326954	0.122306927026	0.270990394171	0.0114559450621	-0.0724357009954	0.30899957369	-0.035171811657	0.522410321061	43.7607675272	-27.8678325106	-15.4350504366
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13	0.187366373215	0.268915662734	-0.563124395194	8.27302194271	0.638578361743	0.342358785298	0.120614526437	0.0134062046998	-0.211676232192	0.228277633579	-0.305266038153	0.0216672825709	0.0871411846025	-0.0500692179981	0.172154413556	0.383382842347	-0.0218051679174	-0.0336777256782	0.487806509088	-0.0701831066808	0.564038848314	31.7135411036	4.75352478487	5.12382509957
14	2.73901788912	-0.0223973709351	-1.72616566882	2.03901778256	-0.458986793029	2.0379284246	-0.237675195438	0.0311510017917	0.0299145730086	-0.218469721151	0.381494088384	0.237411153623	-0.235245374377	-0.492419709817	0.00377569789556	0.41753581269	-0.053377228557	-0.08464740706	0.442658511673	-0.0360745158877	0.541540589385	21.9309375539	-93.8196152329	-47.9258055426
15	1.5531912283	-0.180562894526	-1.01547926107	-0.0886716976314	0.506357331047	-0.402273594477	-0.417060864558	1.29920213822	-1.15092922165	-0.15657649653	0.224971190626	-0.0822902509808	-0.120404518347	-0.319083639526	0.189966347626	0.455457974921	-0.155472806619	0.0584192368147	0.898012997385	-0.131081095509	0.846548166574	5.35082767431	-103.642139707	-54.3972303122
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18	2.74106113109	0.366589962187	1.97954862595	4.42619241581	1.77249088976	7.20662127176	0.0843841000462	0.395974789722	-0.597237411846	0.109482657816	0.309847613688	-0.454512702641	1.26386270699	0.770691476297	-0.458346033992	0.348346340963	0.0590725484595	-0.0373812713649	0.307144905822	-0.0692003743962	0.512232653868	45.208827198	-54.0440824757	-27.8045475482
19	1.40180930801	0.538772885737	-0.199288211967	1.80519990106	1.62856498105	6.65818498942	-0.0574215153756	-0.0965321228517	-0.131552371768	0.216253889161	-0.0284547896598	-0.276583605014	0.514447985604	0.217238639514	0.0910096018665	0.427310712324	0.0634175030557	0.0318516707574	0.404517530737	-0.0648844998183	0.682843998292	45.8377037503	-51.5148209191	-24.0580598077
20	4.70328550257	-4.87040272524	-4.50647652259	5.24194821904	4.8146719728	4.79923958224	0.0604249408124	0.182305418533	-0.926219331868	0.1025790059	-0.507546485641	1.06972155879	0.448228165638	-0.903357511128	0.669582244719	0.547217204765	-0.0155717802875	0.0675942483043	0.417496927004	-0.0545596405238	0.586246666038	34.5000901541	-53.8495532528	-26.5928881898

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 88 through 111 )	B	C	88 - 111	84 - 107
2	2	chain 'A' and (resid 5 through 16 )	A	D	5 - 16	1 - 12
3	3	chain 'A' and (resid 17 through 27 )	A	D	17 - 27	13 - 23
4	4	chain 'A' and (resid 28 through 34 )	A	D	28 - 34	24 - 30
5	5	chain 'A' and (resid 35 through 40 )	A	D	35 - 40	31 - 36
6	6	chain 'A' and (resid 41 through 50 )	A	D	41 - 50	37 - 46
7	7	chain 'A' and (resid 51 through 74 )	A	D	51 - 74	47 - 70
8	8	chain 'A' and (resid 75 through 84 )	A	D	75 - 84	71 - 80
9	9	chain 'A' and (resid 85 through 90 )	A	D	85 - 90	81 - 86
10	10	chain 'A' and (resid 91 through 111 )	A	D	91 - 111	87 - 107
11	11	chain 'C' and (resid 1 through 30 )	C	A	1 - 30
12	12	chain 'C' and (resid 31 through 50 )	C	A	31 - 50
13	13	chain 'C' and (resid 51 through 76 )	C	A	51 - 76
14	14	chain 'D' and (resid 1 through 30 )	D	B	1 - 30
15	15	chain 'D' and (resid 31 through 50 )	D	B	31 - 50
16	16	chain 'D' and (resid 51 through 76 )	D	B	51 - 76
17	17	chain 'B' and (resid 5 through 16 )	B	C	5 - 16	1 - 12
18	18	chain 'B' and (resid 17 through 34 )	B	C	17 - 34	13 - 30
19	19	chain 'B' and (resid 35 through 69 )	B	C	35 - 69	31 - 65
20	20	chain 'B' and (resid 70 through 87 )	B	C	70 - 87	66 - 83

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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