PDB-8vtz: Crystal structure of Aquifex aeolicus Trbp111

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vtz

タイトル

Crystal structure of Aquifex aeolicus Trbp111

要素

Methionyl-tRNA synthetase beta subunit

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / OB fold / EMAPII-like domain / tRNA-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Umuhire Juru, A. / Zhang, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of tRNA recognition by the widespread OB fold.
著者: Umuhire Juru, A. / Ghirlando, R. / Zhang, J.

履歴

登録	2024年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8vtz.ent.gz	75.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vtz_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vtz_full_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示
XML形式データ	8vtz_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	8vtz_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/8vtz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/8vtz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8vu0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Methionyl-tRNA synthetase beta subunit

B: Methionyl-tRNA synthetase beta subunit

ヘテロ分子

24.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.002, 82.221, 88.882
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-331- HOH

#1: タンパク質	Methionyl-tRNA synthetase beta subunit 分子量: 12266.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: metG', aq_422 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66738
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.32 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 and 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→47.4 Å / Num. obs: 9724 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 18.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.85 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 9.53
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / Num. unique obs: 930 / CC_1/2: 0.954 / R_pim(I) all: 0.119

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→47.4 Å / SU ML: 0.3188 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.3801
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	484	4.98 %
R_work	0.2141	9232	-
obs	0.2165	9716	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1678	0	5	91	1774

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1702
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4912	2296
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0469	284
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	289
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.663	240

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.63	0.3232	152	0.2579	3018	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.63-3.32	0.3162	162	0.2457	3052	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.32-47.4	0.223	170	0.1852	3162	X-RAY DIFFRACTION	99.76

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.97730755464	-0.716168307714	-3.28256918211	0.769768714325	0.443221614738	1.9934768943	0.0520716415114	0.280368147808	0.0140009256612	0.0579215812483	-0.0236463809563	-0.0377011858385	0.168601758764	-0.157852932289	-0.0318621660607	0.248500486076	0.00500343589809	-0.0339946800102	0.371601730407	0.0476693765377	0.264811656371	20.0866630689	5.2200460089	14.2964423225
2	4.4264751283	4.37162487255	3.15885503177	5.47000591986	1.03410607441	6.39209925785	0.541784712055	-0.190898705395	-0.0791605198357	0.306110751071	-0.532875386787	-0.086834639667	0.563591127169	0.124732232795	-0.0491370369994	0.237349568137	0.0280472838514	0.0433934912378	0.531338355857	-0.0255564071892	0.393565521724	14.2898466455	8.82301116286	36.0933849233
3	2.93103369399	-1.15168078587	0.423288354977	1.06023898691	1.49090824052	5.05556895326	0.105524097052	-0.0779034420847	0.0502976886244	0.0647597553718	0.00623338895952	-0.140460523906	0.124746233701	0.0611989866571	-0.0969025806934	0.220291242149	-0.0224644062045	0.0216085049938	0.245548252573	0.0366296324886	0.25094583278	13.0442682919	7.20773215498	22.6507897363
4	2.34626401283	1.58122880206	0.630992163424	4.98186837645	2.49998939546	4.15352672153	-0.0151456276828	0.142683353088	0.0954977368321	-0.0821659059655	-0.129490242865	0.395313745473	0.431898792055	-0.912404883014	0.0464735195631	0.269233086498	-0.0380746102107	-0.0382072611625	0.495519174252	0.0227596898429	0.321443332799	9.19718925664	8.90217373139	7.89485625589
5	2.15864667262	-0.128829694746	0.410161743357	7.99121136523	-4.06496758211	3.17532764636	0.105282644869	0.110496783005	-0.0780255490504	0.423330506013	-0.266785281825	-0.387115905019	-0.280667802724	0.321026963172	0.182370257498	0.187478338956	0.0291775317722	0.0392865572195	0.330778649958	-0.0392073864728	0.211978435248	23.3133484083	8.20145002887	8.1765790515
6	4.52539020342	0.760109319427	3.30325499462	6.30914817088	2.73596497488	8.63681804528	-0.112888395658	0.554731299039	-0.29302265739	-0.524352077072	-0.0852114348254	-0.284947680996	-0.6952710949	0.288702167331	0.141454106735	0.329624445097	0.0372282581759	0.0362804889895	0.241224751924	0.0324438004026	0.259717512037	21.5131752278	18.1329524259	-7.66981571941
7	3.86852970439	0.0815716799476	3.25276495229	4.67017800824	0.8472861795	3.88777664654	0.114861770867	-0.127450716513	0.194284795898	-0.384926909566	-0.0698565021549	-0.451285135184	-0.140222642217	0.590801691312	-0.0451466320414	0.217711471049	-0.0743334222886	0.0360748872598	0.450639403985	0.0304263259424	0.361393014025	21.7581948344	18.0602602116	-0.0314996496985
8	5.26079818096	-2.33123300069	-4.71478319701	8.64674724053	4.19197217756	5.13620433457	0.0352691086836	0.113659653349	-0.0483577878764	0.39411674811	0.291304633575	-0.471588067097	0.619906016161	-0.496946099131	-0.685683346167	0.303612841878	0.0587985822443	0.00449231997445	0.395960220498	0.0697441671865	0.494600011217	13.4805203852	23.9027058808	0.043369048664
9	3.36081654563	-1.86592203151	1.18734665508	8.92068344287	0.569637665953	3.86555806988	0.0457040603789	1.05295803049	-0.294888226428	-0.268114279796	-0.554873229151	0.615592847366	0.068535332759	-0.109380938825	0.313508163206	0.194612000744	-0.00669833682147	-0.0581493708457	0.279206261875	0.019101327009	0.212900954893	26.3180414814	13.0331605914	5.55398206981
10	4.31530178634	-1.34462737525	3.50715496584	7.62452141034	-3.32763497413	3.65400891875	0.356798220842	1.04722109405	0.252753401367	0.288726662334	-0.679206880076	-0.338170606272	0.752401231004	1.84660373293	0.508614824049	0.423364920027	0.0193458577397	0.0696500110006	0.648116831999	-0.0990761966269	0.325380794402	29.4364702208	13.3974007358	-8.90919177782
11	5.34410994361	3.44145720397	-1.99428321992	5.52124697202	-0.678586439159	7.64358266243	-0.295575226164	-0.129048302509	0.503887689208	-0.188107205354	0.0242540595339	0.246436241813	0.228721379745	-0.59159649587	0.285519838753	0.255050170312	0.0127532350789	0.0283592735932	0.344945517455	0.036888009902	0.251724840824	14.3526216977	9.90519404684	2.12806768118
12	5.8895668165	-0.143437349879	1.32971955454	1.33231370379	-3.05271540447	7.92348088427	-0.54933509779	-0.036320547605	0.0845928919323	0.356998992444	0.081308829996	-0.358025217151	-0.683563418693	0.245377280631	0.414471745639	0.327697404733	-0.0302016197611	0.00414551779272	0.225342082857	-0.0211885353972	0.355635066999	19.6681532061	19.1902959674	14.9464630995

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 27 )	A	A	1 - 27	3 - 29
2	2	chain 'A' and (resid 28 through 34 )	A	A	28 - 34	30 - 36
3	3	chain 'A' and (resid 35 through 97 )	A	A	35 - 97	37 - 99
4	4	chain 'A' and (resid 98 through 111 )	A	A	98 - 111	100 - 113
5	5	chain 'B' and (resid 1 through 27 )	B	B	1 - 27	3 - 29
6	6	chain 'B' and (resid 28 through 40 )	B	B	28 - 40	30 - 42
7	7	chain 'B' and (resid 41 through 57 )	B	B	41 - 57	43 - 59
8	8	chain 'B' and (resid 58 through 64 )	B	B	58 - 64	60 - 66
9	9	chain 'B' and (resid 65 through 74 )	B	B	65 - 74	67 - 76
10	10	chain 'B' and (resid 75 through 82 )	B	B	75 - 82	77 - 84
11	11	chain 'B' and (resid 83 through 97 )	B	B	83 - 97	85 - 99
12	12	chain 'B' and (resid 98 through 111 )	B	B	98 - 111	100 - 113

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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