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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vt8 | ||||||
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タイトル | UIC-13-BIF-A4Dab NBD-Cl binding | ||||||
![]() | UIC-13-BIF-A4Dab-NBD-Cl | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / synthetic construct | ||||||
機能・相同性 | 4-chloro-7-nitrobenzofurazan / ACETONITRILE![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ganatra, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Diverse Proteomimetic Frameworks via Rational Design of pi-Stacking Peptide Tectons. 著者: Ganatra, P. / Wang, D.F. / Ganatra, V. / Dang, V.T. / Nguyen, A.I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1016.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1016.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8vogC ![]() 8vp7C ![]() 8vpcC ![]() 8vpdC ![]() 8vpeC ![]() 8vpjC ![]() 8vpsC ![]() 8vptC ![]() 8vpxC ![]() 8vpyC ![]() 8vpzC ![]() 8vq0C ![]() 8vsfC ![]() 8vw7C ![]() 8vw8C ![]() 8vxsC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1657.955 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.87 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: slow cooling / 詳細: Acetonitrile, water |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.72926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.53→22.44 Å / Num. obs: 6463 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 23.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 6.04 |
反射 シェル | 解像度: 1.53→1.585 Å / Num. unique obs: 597 / CC1/2: 0.288 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→22.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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