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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vsy | ||||||
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タイトル | Bile salt hydrolase from Arthrobacter citreus with covalent inhibitor AAA-10 bound | ||||||
要素 | Bile salt hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Inhibitor bound / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | Chem-WSR 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Arthrobacter citreus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Dhindwal, P. / Ruzzini, A. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Bile salt hydrolase from Arthrobacter citreus with covalent inhibitor AAA-10 bound 著者: Dhindwal, P. / Ruzzini, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vsy.cif.gz | 160.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vsy.ent.gz | 123.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vsy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8vsy_validation.pdf.gz | 945.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8vsy_full_validation.pdf.gz | 948.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8vsy_validation.xml.gz | 32.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8vsy_validation.cif.gz | 50.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/8vsy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/8vsy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 35322.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arthrobacter citreus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
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-非ポリマー , 5種, 782分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.14 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 0.1 M HEPES, 21% PEG3350, 0.2 M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95372 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95372 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→48.41 Å / Num. obs: 77222 / % possible obs: 98.22 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.657 Å / Num. unique obs: 7571 / CC1/2: 0.944 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→42.95 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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