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万見
- PDB-8vsx: NMR Structure of GCAP5 R22A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vsx
タイトルNMR Structure of GCAP5 R22A
要素Guanylyl cyclase-activating protein 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF-hand / GCAP5 / Phototransduction / Retinal guanylyl cyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


guanylate cyclase activator activity / cone photoreceptor outer segment / calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / photoreceptor inner segment / visual perception / ferrous iron binding / calcium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Recoverin family / EF-hand domain pair / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanylyl cyclase-activating protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Cudia, D.L. / Ames, J.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R01 EY012347 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: NMR Structure of Retinal Guanylate Cyclase Activating Protein 5 (GCAP5) with R22A Mutation That Abolishes Dimerization and Enhances Cyclase Activation.
著者: Cudia, D.L. / Ahoulou, E.O. / Bej, A. / Janssen, A.N. / Scholten, A. / Koch, K.W. / Ames, J.B.
履歴
登録2024年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanylyl cyclase-activating protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4031
ポリマ－22,4031
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area620 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area10580 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 500structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Guanylyl cyclase-activating protein 1 / Guanylate cyclase activator 1A


分子量: 22403.266 Da / 分子数: 1 / 変異: R22A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: GUCA1E, guca1e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5MAC8
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic13D HNCO
132isotropic13D HN(CA)CB
192isotropic13D HNCACBi
142isotropic13D HNCA
152isotropic13D CBCA(CO)NH
182isotropic13D HN(COCA)CB
172isotropic13D HBHA(CO)NH
162isotropic13D HBHANH
1102isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1142isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
1132isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
1122isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1112isotropic13D C(CO)NH
1152isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution30.75 mM [U-100% 15N] Guanylyl Cyclase Activating Protein-5 (GCAP5) with R22A Mutation, 5 mM [U-99% 2H] TRIS-d11, 2 mM [U-99% 2H] DTT-d10, 93% H2O/7% D2O15N_sample93% H2O/7% D2O
solution20.75 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Guanylyl Cyclase Activating Protein-5 (GCAP5) with R22A Mutation, 5 mM [U-99% 2H] TRIS-d11, 2 mM [U-99% 2H] DTT-d10, 93% H2O/7% D2O13C/15N_sample93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.75 mMGuanylyl Cyclase Activating Protein-5 (GCAP5) with R22A Mutation[U-100% 15N]3
5 mMTRIS-d11[U-99% 2H]3
2 mMDTT-d10[U-99% 2H]3
0.75 mMGuanylyl Cyclase Activating Protein-5 (GCAP5) with R22A Mutation[U-100% 13C; U-100% 15N]2
5 mMTRIS-d11[U-99% 2H]2
2 mMDTT-d10[U-99% 2H]2
試料状態イオン強度: 5 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JLchemical shift assignment
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JLデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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