PDB-8vsr: Co-crystal structure of Prx with Esub1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vsr

タイトル

Co-crystal structure of Prx with Esub1

要素

Esub1
Prx

キーワード

VIRAL PROTEIN / Bacteriophage / quorum sensing / Streptococcus pyogenes / paratox / protein binding / ComR

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes MGAS315 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Muna, T.H. / Prehna, G.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: The phage protein paratox is a multifunctional metabolic regulator of Streptococcus.
著者: Muna, T.H. / Rutbeek, N.R. / Horne, J. / Lao, Y.W. / Krokhin, O.V. / Prehna, G.

履歴

登録	2024年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vsr.cif.gz	365.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vsr.ent.gz	252.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vsr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8vsr_validation.pdf.gz	463.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vsr_full_validation.pdf.gz	466.6 KB	表示
XML形式データ	8vsr_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	8vsr_validation.cif.gz	29.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/8vsr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/8vsr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8vsqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Prx

B: Esub1

C: Prx

D: Esub1

ヘテロ分子

61.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.494, 67.494, 232.208
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁
Space group name Hall	P6₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Prx 分子量: 8095.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes MGAS315 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: SpyM3_1300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2UWN8
#2: タンパク質	Esub1 分子量: 22654.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes MGAS315 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: SpyM3_0890 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0H2UUU0
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50% PEG 200, 200mM sodium chloride, 100mM sodium/potassium phosphate pH 6.2, 12mg/mL protein

-
データ収集

回折	平均測定温度: 108.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2022年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→38.7 Å / Num. obs: 16490 / % possible obs: 99.47 % / 冗長度: 10.8 % / B_iso Wilson estimate: 52.02 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.141 / R_pim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.69→2.786 Å / R_merge(I) obs: 0.872 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2073 / CC_1/2: 0.652 / R_sym value: 0.308 / % possible all: 95.82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.69→38.7 Å / SU ML: 0.3722 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 29.5581
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2654	827	5.02 %
R_work	0.2279	15661	-
obs	0.2298	16488	99.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.69→38.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3948	0	17	123	4088

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	4024
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5294	5426
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0444	624
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	687
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.5501	1538

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.69-2.85	0.3882	131	0.3086	2496	X-RAY DIFFRACTION	95.28
2.85-3.08	0.3234	144	0.2748	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.38	0.2817	146	0.2639	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.87	0.3098	111	0.2313	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.87-4.88	0.2124	150	0.1934	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
4.88-38.7	0.2468	145	0.2074	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.64

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.33511041627	-0.956128157829	-3.66081027996	3.43714956589	-0.758692336381	3.88130774018	1.22525367456	-0.565230111674	0.271655459508	0.892284393624	-0.191086770203	-1.20048160467	-0.019230499006	0.945159108697	-0.58021709085	0.641737485753	0.0666944253877	-0.300022666439	0.502574617561	-0.133993196647	0.610229597546	-23.1351201496	-18.2553909123	-18.3796394814
2	2.5416644819	-0.619327556666	1.50884713265	8.51930236923	0.857485969747	4.75546696475	0.2340190502	0.405791069022	-0.459125680022	0.0454701942741	0.222975878214	-0.214688866081	0.139528160234	0.158633745433	-0.334082878889	0.529119747945	0.130513039106	-0.1466585214	0.523836217781	-0.117537439171	0.488652465663	-18.6366672627	-21.1643687962	-27.5647118392
3	5.30749395965	0.739294386069	-0.415784248421	6.07976396659	-1.0140969992	5.33088427511	-0.0386951039346	-1.13123949717	0.831850556919	0.522208762431	-0.0226511486518	0.172269306035	0.520519448797	-0.166517141384	-0.0285726302009	0.411186545776	-0.117462017687	-0.00863551988429	0.423506116337	-0.136836154793	0.52734225419	-35.0274488433	-4.53268721473	-7.2838762355
4	3.54603120412	3.05783136076	1.58130106991	2.77609161894	0.843540929586	2.30968623013	0.921524637389	-0.903644516228	-1.95627174215	0.000666441291963	-0.652812827103	-1.91739328553	0.943165517554	3.2291077712	0.881057990258	0.678909005463	0.0566235802787	0.0716649607239	1.22431891483	0.114891634446	0.84822499296	-8.01437453507	-5.98614539673	-20.2552894457
5	6.88422781664	0.846407352199	2.29611048194	5.04106353139	-4.08503993594	5.35767913321	-0.212063516809	-0.999118517568	0.0565533169723	0.642269452877	-0.342460120091	-0.235614563049	-0.253739282647	0.791731765843	0.313657580055	0.398255452498	0.0371248174322	-0.113368385391	0.389356205452	-0.0981535151528	0.63948779317	-12.4967025814	3.79850551467	-12.2946794414
6	2.48045718907	0.379185319226	-0.39654480114	3.41612907495	0.848298554704	3.51987846017	0.0842191796284	-0.253984878409	-0.00922734906763	0.0314671035716	-0.320683950885	-0.0675221689815	0.3230548122	0.364740352336	0.0818144314014	0.341182937109	0.0652251857554	-0.0113354051724	0.405101531529	0.0713892314882	0.65013037049	-19.6740812562	-3.62826166423	-16.028119115
7	4.93621115221	1.34384102944	0.294408177591	3.83555479403	0.805519005062	2.23464953117	0.226970376918	-0.604033250663	0.385359015087	0.459115600819	-0.231264122841	-0.184687036345	0.22599298745	0.048927361645	0.149057629237	0.36447420657	-0.0179590983076	-0.11396888961	0.300522921961	-0.0511741461041	0.212897827815	-26.0098786833	1.66595755326	-8.13935041505
8	0.0812502724593	0.178216484606	0.0570632083703	5.34940496103	1.33243257434	0.335191238011	0.301978811306	-1.86852329932	-0.477067263878	1.362577632	0.0887786973227	-0.545137654587	0.305634627507	0.346095654046	-0.138435948848	0.70675344768	-0.304154155143	-0.213632979102	1.0112658853	0.212061806711	0.842672939002	-19.1686263343	-11.7769026045	2.20538119638
9	2.59828858076	2.89835447216	1.92864899906	1.56866678667	1.06878318901	1.74766956875	-0.516424562029	-0.247748225288	0.556253526016	-0.227496769079	-0.0623467496797	0.190702724928	-0.327299783713	0.0400374586454	0.549645162624	0.358742717827	-0.0342719882369	-0.0946482975691	0.466709585462	-0.0899221259344	0.566653365154	-20.3216759647	17.1523177536	-4.21827638035
10	7.48174072989	3.2743378134	-0.510349836114	8.33305888936	-0.345251701199	2.81269236385	0.896740129039	1.35174586521	0.296869711689	-0.468193212151	0.590246222165	1.28073155409	1.43523925629	0.796797819049	-0.895635284225	0.597349691065	0.155580728261	-0.174869604004	0.650977209565	0.0820221508708	0.490634512461	24.9924045121	8.38392320944	18.7024227091
11	3.92021115603	-1.11706335349	0.924649740838	5.9935288674	-1.37656231112	5.96851777663	0.505172384173	-0.284212540443	-1.06101677671	0.54307459499	-0.0453996558343	-0.0356306301463	0.190738067778	-0.257742751289	-0.488447215232	0.467706174644	0.0437590498331	-0.14742278138	0.333631855246	0.0577093796867	0.633137824583	25.8540467324	9.01824403657	30.1598236379
12	6.3305391935	-3.13993767659	-1.54149091211	7.91139001048	-0.693933530796	5.35669268044	0.718468137113	1.38687673015	-0.801732613931	0.0792243571892	-0.986156495971	0.143269514772	1.38512736489	-0.251030874728	-0.0487290277899	0.783654247481	0.35482124659	-0.248115010856	0.651485853005	-0.0134137106572	0.422794866063	32.975117152	2.52067279379	23.9747608
13	5.52529165912	1.58086767637	0.417910051322	3.86653623863	1.48688569882	3.70680412006	-0.26045542184	0.290446019363	-0.319999421411	-0.499715209901	0.391724756465	0.644294919957	0.836986470601	-0.487611177555	-0.119120719785	0.439082213465	-0.0130492760873	-0.0753520872106	0.307456673762	0.0193492447772	0.49805459796	9.8906744159	15.4964703928	14.0347367872
14	4.50583673754	0.665093174665	0.38064973905	2.18891402267	-0.915650903916	1.6742878539	-0.0584138925636	0.357852788446	-0.103361094609	-0.267585532026	0.278839363888	0.320272634571	0.292778983513	0.0611967262872	-0.202272178154	0.293334383251	-0.0204270187975	-0.0101623413142	0.361694383631	-0.0226407987122	0.376009614084	13.0267721513	19.1284475472	11.0359277455
15	6.10006751118	1.4467816505	2.36993161362	-0.0635214261105	1.29369359459	1.5556636559	-0.0721846444466	0.203883009036	0.761892935919	0.00757861986643	-0.192492822593	0.351521648536	-0.0834526986521	-0.221979404414	0.34691565512	0.374498404244	-0.0577888179317	-0.0747763046044	0.436259822526	-0.0335944790534	0.594077720855	-4.15340579782	26.4728468312	5.78112978752

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 19 )	A	A	1 - 19	1 - 19
2	2	chain 'A' and (resid 20 through 60 )	A	A	20 - 60	20 - 60
3	3	chain 'B' and (resid 13 through 26 )	B	C	13 - 26	1 - 14
4	4	chain 'B' and (resid 27 through 38 )	B	C	27 - 38	15 - 26
5	5	chain 'B' and (resid 39 through 60 )	B	C	39 - 60	27 - 48
6	6	chain 'B' and (resid 61 through 87 )	B	C	61 - 87	49 - 75
7	7	chain 'B' and (resid 88 through 133 )	B	C	88 - 133	76 - 121
8	8	chain 'B' and (resid 134 through 144 )	B	C	134 - 144	122 - 132
9	9	chain 'B' and (resid 145 through 197 )	B	C	145 - 197	133 - 185
10	10	chain 'C' and (resid 1 through 12 )	C	D	1 - 12	1 - 12
11	11	chain 'C' and (resid 13 through 45 )	C	D	13 - 45	13 - 45
12	12	chain 'C' and (resid 46 through 60 )	C	D	46 - 60	46 - 60
13	13	chain 'D' and (resid 13 through 60 )	D	E	13 - 60	1 - 48
14	14	chain 'D' and (resid 61 through 144 )	D	E	61 - 144	49 - 132
15	15	chain 'D' and (resid 145 through 196 )	D	E	145 - 196	133 - 184

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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