PDB-8vsq: Crystal structure of Esub1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vsq

タイトル

Crystal structure of Esub1

要素

Esub1

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Streptococcus pyogenes / dimer / DNA binding domain

機能・相同性

Type I restriction-modification system, specificity subunit, predicted / : / Type I restriction modification DNA specificity domain superfamily / DNA restriction-modification system / DNA binding / Type I restriction-modification system specificty subunit

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus pyogenes MGAS315 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Muna, T.H. / Prehna, G.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: The phage protein paratox is a multifunctional metabolic regulator of Streptococcus.
著者: Muna, T.H. / Rutbeek, N.R. / Horne, J. / Lao, Y.W. / Krokhin, O.V. / Prehna, G.

履歴

登録	2024年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vsq.cif.gz	162.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vsq.ent.gz	125.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vsq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vsq_validation.pdf.gz	433.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vsq_full_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示
XML形式データ	8vsq_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	8vsq_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/8vsq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/8vsq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vsrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Esub1

B: Esub1

ヘテロ分子

47.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.362, 43.872, 85.841
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.668, 90.000
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 3 - 198 / Label seq-ID: 3 - 198

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Esub1 分子量: 23574.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes MGAS315 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: SpyM3_0890 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0H2UUU0
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.28 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Lithium sulfate 0.1M Tris pH 8.5 40% PEG 400 12 mg/mL protein

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.1806 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1806 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→43.911 Å / Num. obs: 12089 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.9→3.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1931 / CC_1/2: 0.94 / R_pim(I) all: 0.334 / R_rim(I) all: 0.627 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→43.911 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU ML: 0.422 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.437 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2806	583	4.823 %
R_work	0.2217	11504	-
all	0.224	-	-
obs	-	12087	98.46 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.182 Å²	0 Å²	-1.009 Å²
2-	-	8.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.098 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→43.911 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3124	0	5	50	3179

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	3180
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.814	1.636	4296
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.272	1.588	7240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.563	5	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.409	22.289	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.377	15	594
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.901	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	408
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	714
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	669
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	3041
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.021	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.355	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.406	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.472	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.373	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.264	4.529	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.262	4.529	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.539	6.801	1954
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.537	6.802	1954
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.466	4.827	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.465	4.827	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.114	7.119	2342
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.113	7.119	2343
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.034	52.682	3470
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.027	52.648	3464
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.039	0.05	6286

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03877	0.0501
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03877	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.9-2.975	0.346	63	0.372	804	0.37	889	0.57	0.537	97.5253	0.353
2.975-3.057	0.402	41	0.378	819	0.379	875	0.588	0.592	98.2857	0.344
3.057-3.145	0.431	51	0.365	802	0.369	865	0.499	0.594	98.6127	0.338
3.145-3.242	0.272	31	0.295	760	0.294	804	0.818	0.784	98.3831	0.263
3.242-3.348	0.262	39	0.266	755	0.266	810	0.873	0.865	98.0247	0.234
3.348-3.465	0.282	26	0.241	723	0.243	760	0.863	0.87	98.5526	0.202
3.465-3.595	0.313	32	0.248	723	0.251	765	0.837	0.883	98.6928	0.223
3.595-3.742	0.288	27	0.21	691	0.213	727	0.894	0.911	98.762	0.193
3.742-3.908	0.309	33	0.198	644	0.203	683	0.872	0.922	99.1215	0.18
3.908-4.098	0.345	29	0.207	619	0.212	658	0.825	0.919	98.4802	0.183
4.098-4.319	0.216	24	0.158	610	0.16	643	0.946	0.961	98.6003	0.148
4.319-4.58	0.182	29	0.186	562	0.186	598	0.949	0.954	98.8294	0.174
4.58-4.895	0.183	25	0.165	546	0.166	575	0.962	0.954	99.3044	0.156
4.895-5.285	0.346	32	0.187	473	0.194	510	0.885	0.954	99.0196	0.177
5.285-5.787	0.296	21	0.225	464	0.228	490	0.905	0.938	98.9796	0.215
5.787-6.465	0.272	15	0.233	429	0.234	451	0.931	0.938	98.4479	0.217
6.465-7.456	0.266	23	0.222	368	0.224	396	0.929	0.939	98.7374	0.214
7.456-9.11	0.212	16	0.168	311	0.169	334	0.929	0.966	97.9042	0.167
9.11-12.79	0.35	19	0.18	244	0.189	268	0.868	0.965	98.1343	0.197
12.79-75.318	0.195	7	0.259	157	0.255	173	0.947	0.932	94.7977	0.299

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1395	1.3057	1.983	5.0037	2.2566	5.8083	0.2534	-0.0372	-0.019	0.4494	0.0321	-0.8615	0.188	-0.0854	-0.2855	0.1524	0.0606	0.0883	0.5674	0.0357	0.4002	28.095	23.6518	-17.3479
2	5.0427	-1.5093	1.5223	14.3217	-9.3	25.8854	-0.2291	0.302	0.1016	-0.2805	0.0091	-0.4553	-0.8881	1.2005	0.2199	0.4681	0.0415	0.1502	0.569	0.0538	0.7363	36.0658	39.4684	-20.5187
3	1.3895	-0.3386	-1.0619	1.8923	0.4612	3.938	-0.0133	0.1478	0.1163	-0.2	0.0892	-0.5486	-0.0912	0.0314	-0.0759	0.0262	-0.0443	0.054	0.5214	0.0083	0.1627	19.8706	21.7733	-15.1074
4	2.8477	-1.0401	-1.459	5.8271	2.3622	5.05	0.2045	-0.0717	0.096	-0.5134	0.0013	-0.8331	-0.3	-0.0612	-0.2058	0.1312	-0.0471	-0.0726	0.5806	0.027	0.3797	27.7702	18.1439	17.6663
5	0.9462	0.3316	-0.5258	5.8012	-7.6092	11.769	0.2525	-0.2748	-0.0599	0.2464	-0.4952	-0.9595	0.2962	1.2519	0.2427	0.6914	0.0512	-0.2112	0.7229	-0.0846	0.9361	36.0381	1.8263	18.8422
6	4.9923	0.0393	-0.788	3.1061	0.781	3.3001	0.1253	0.0668	-0.1133	0.2368	-0.0804	-1.0602	0.0423	0.0257	-0.0449	0.0747	0.0763	-0.0926	0.5488	0.0035	0.3799	26.4661	20.3866	19.6375
7	0.6719	0.1974	1.51	1.3323	1.354	7.1898	-0.1112	-0.023	-0.0379	0.0662	0.0172	-0.0056	0.1128	-0.3497	0.094	0.1049	0.0007	0.0541	0.3719	0.0164	0.167	10.7455	17.883	8.8477

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	3 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	62 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	72 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	B	3 - 59
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	B	60 - 71
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	B	72 - 147
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	B	148 - 198

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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