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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vs9 | ||||||
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タイトル | Endogenous trans-translation complex with tmRNA*SmpB in the P site and alanyl-tRNA in the A site and deacyl-tRNA in the E site of E. coli 70S ribosome | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Teran, D. / Zhang, Y. / Korostelev, A.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Endogenous trans-translation structure visualizes the decoding of the first tmRNA alanine codon. 著者: David Teran / Ying Zhang / Andrei A Korostelev / ![]() 要旨: Ribosomes stall on truncated or otherwise damaged mRNAs. Bacteria rely on ribosome rescue mechanisms to replenish the pool of ribosomes available for translation. Trans-translation, the main ribosome- ...Ribosomes stall on truncated or otherwise damaged mRNAs. Bacteria rely on ribosome rescue mechanisms to replenish the pool of ribosomes available for translation. Trans-translation, the main ribosome-rescue pathway, uses a circular hybrid transfer-messenger RNA (tmRNA) to restart translation and label the resulting peptide for degradation. Previous studies have visualized how tmRNA and its helper protein SmpB interact with the stalled ribosome to establish a new open reading frame. As tmRNA presents the first alanine codon via a non-canonical mRNA path in the ribosome, the incoming alanyl-tRNA must rearrange the tmRNA molecule to read the codon. Here, we describe cryo-EM analyses of an endogenous ribosome-tmRNA complex with tRNA accommodated in the A site. The flexible adenosine-rich tmRNA linker, which connects the mRNA-like domain with the codon, is stabilized by the minor groove of the canonically positioned anticodon stem of tRNA. This ribosome complex can also accommodate a tRNA near the E (exit) site, bringing insights into the translocation and dissociation of the tRNA that decoded the defective mRNA prior to tmRNA binding. Together, these structures uncover a key step of ribosome rescue, in which the ribosome starts translating the tmRNA reading frame. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 43490MC ![]() 8vsaC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 6種, 6分子 16S23S5SATRNETRNTMRN
#1: RNA鎖 | ![]() 分子量: 498725.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | ![]() 分子量: 941305.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: RNA鎖 | ![]() 分子量: 38813.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: RNA鎖 | 分子量: 24476.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#5: RNA鎖 | 分子量: 24802.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#59: RNA鎖 | 分子量: 117198.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
+50S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 L02L03L04L05L06L1L10L11L13L14L15L16L18L19L20L22L23L24L25L27L28L29L32L34L35L36
-Large ribosomal subunit protein ... , 5種, 5分子 L09L17L30L31L33
#11: タンパク質 | 分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#19: タンパク質 | 分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#31: タンパク質 | 分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#32: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5093.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | 分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 , 2種, 2分子 L21SMPB
#23: タンパク質 | ![]() 分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#58: タンパク質 | 分子量: 17192.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-30S ribosomal protein ... , 16種, 16分子 S02S03S04S05S06S07S08S10S11S12S13S16S18S19S20S21
#38: タンパク質 | ![]() 分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#39: タンパク質 | ![]() 分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#40: タンパク質 | ![]() 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#41: タンパク質 | ![]() 分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#42: タンパク質 | ![]() 分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#43: タンパク質 | ![]() 分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#44: タンパク質 | ![]() 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#46: タンパク質 | ![]() 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#47: タンパク質 | ![]() 分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#48: タンパク質 | ![]() 分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#49: タンパク質 | ![]() 分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#52: タンパク質 | ![]() 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#54: タンパク質 | ![]() 分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#55: タンパク質 | ![]() 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#56: タンパク質 | ![]() 分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#57: タンパク質 | ![]() 分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-Small ribosomal subunit protein ... , 4種, 4分子 S09S14S15S17
#45: タンパク質 | 分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#50: タンパク質 | 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#51: タンパク質 | 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#53: タンパク質 | 分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: CryoEM of tmRNA and SMPB bound to P site and alanyl-tRNA bound to A site and E-tRNA of 70s ribosome タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 29.9 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 15134749 | ||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4215 / 対称性のタイプ: POINT |