PDB-8vrv: GII.4c H2-tri HBGA norovirus protruding domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vrv

タイトル

GII.4c H2-tri HBGA norovirus protruding domain

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / norovirus

機能・相同性

Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / FORMIC ACID / Capsid protein

機能・相同性情報

生物種

Norovirus GII.4 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Kher, G. / Prewitt, A. / Pancera, M. / Hansman, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Advancement of norovirus therapies
著者: Hansman, G. / Kher, G.

履歴

登録	2024年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vrv.cif.gz	242.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vrv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vrv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vrv_validation.pdf.gz	815.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vrv_full_validation.pdf.gz	816.9 KB	表示
XML形式データ	8vrv_validation.xml.gz	29.6 KB	表示
CIF形式データ	8vrv_validation.cif.gz	46 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vrv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vrv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vruC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

68.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.666, 90.470, 91.339
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Capsid protein

分子量: 33667.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Norovirus GII.4 (ウイルス) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A168DBN0

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 326.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 化合物

ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸

分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 669 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: SG1 1-24 0.2 M Magnesium formate dihydrate 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→49.26 Å / Num. obs: 82708 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.083 / Χ²: 0.56 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 562066
反射シェル	解像度: 1.61→1.64 Å / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.797 / Num. measured all: 26494 / Num. unique obs: 3989 / CC_1/2: 0.769 / R_pim(I) all: 0.326 / R_rim(I) all: 0.862 / Χ²: 0.51 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.61→45.67 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1849	4133	5 %
R_work	0.1565	-	-
obs	0.1579	82627	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.61→45.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4726	0	55	669	5450

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4916
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.975	6717
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.101	672
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	751
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	887

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.61-1.63	0.3149	136	0.2553	2539	X-RAY DIFFRACTION	98
1.63-1.65	0.2502	141	0.2035	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.67	0.2334	125	0.191	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.69	0.2236	141	0.19	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.71	0.2035	136	0.1816	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.73	0.2324	134	0.1793	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.76	0.2122	145	0.1711	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.79	0.2071	130	0.1715	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.81	0.2109	140	0.1713	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.84	0.1979	136	0.1702	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.88	0.214	138	0.1739	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.91	0.2089	141	0.165	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.95	0.2023	128	0.1628	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.99	0.1961	139	0.1599	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.03	0.2013	140	0.1516	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.08	0.1927	139	0.1555	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.13	0.1791	133	0.1551	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.19	0.1932	139	0.1519	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.25	0.178	136	0.1544	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.32	0.1897	137	0.1482	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.41	0.1769	140	0.147	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.5	0.2013	137	0.1486	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.62	0.1714	141	0.1527	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.75	0.1855	140	0.1574	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.93	0.172	141	0.1598	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.15	0.1978	136	0.1624	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.47	0.1917	139	0.1508	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.47-3.97	0.1704	138	0.1526	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.97-5	0.1382	143	0.1222	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
5-45.67	0.1583	144	0.1622	2833	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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