PDB-8vrp: HIV-CA Disulfide linked Hexamer bound to 4-Quinazolinone Scaffold...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vrp

タイトル

HIV-CA Disulfide linked Hexamer bound to 4-Quinazolinone Scaffold inhibitor

要素

Spacer peptide 1

キーワード

VIRAL PROTEIN / HIV-1 / Human Immunodeficiency Virus / Capsid / HIV-CA / Capsid Inhibitor / HIV Restriction

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Goldstone, D.C. / Walsham, L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of 4-Quinazolinone-bearing Phenylalanine Derivatives as HIV-1 Capsid Inhibitors with Potent and Insensitivity Towards Clinically Relevant Resistant Mutations
著者: Zhang, X. / Walsham, L. / Zhan, P. / Goldstone, D.C.

履歴

登録	2024年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vrp.cif.gz	158.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vrp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vrp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vrp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vrp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (5) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Spacer peptide 1

C: Spacer peptide 1

A: Spacer peptide 1

ヘテロ分子

79.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Spacer peptide 1

C: Spacer peptide 1

ヘテロ分子

B: Spacer peptide 1

C: Spacer peptide 1

ヘテロ分子

B: Spacer peptide 1

C: Spacer peptide 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
159 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Spacer peptide 1

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
158 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_345	-y-2,x-y-1,z	1
crystal symmetry operation	3_435	-x+y-1,-x-2,z	1
crystal symmetry operation	4_335	-x-2,-y-2,z	1
crystal symmetry operation	5_545	y,-x+y-1,z	1
crystal symmetry operation	6_455	x-y-1,x,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.268, 160.268, 57.235
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

#1: タンパク質	Spacer peptide 1 / SP1 / p2 分子量: 25248.982 Da / 分子数: 3 / 変異: A14C, E45C, W184A, M185A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR(DE3) / 参照: UniProt: P12493
#2: 化合物	ChemComp-A1ADQ / N-[(1S)-1-[(3P,7M)-3-{4-chloro-3-[(ethanesulfonyl)amino]-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl}-7-(3-fluoro-4-formylphenyl)-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl]-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydrocyclopenta[c]pyrazol-1(4H)-yl]acetamide 分子量: 979.268 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₃H₃₂ClF₉N₈O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION 分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.09 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Morpheus condition B2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→46.618 Å / Num. obs: 78027 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 42.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 43.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4429 / CC_1/2: 0.441 / R_pim(I) all: 2.231 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→46.618 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 3.089 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.114 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2257	3905	5.005 %
R_work	0.1924	74120	-
all	0.194	-	-
obs	-	78025	99.991 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.799 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.022 Å²	-0.011 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.022 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.071 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.618 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5096	0	205	330	5631

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	5451
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5081
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.752	1.833	7456
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.605	1.75	11730
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.852	5	664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.744	10.4	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	27.148	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.808	10	892
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.713	10	221
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	813
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.001	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6407
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	4556
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	2735
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	2717
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.154	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.275	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.243	3.329	2653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.24	3.328	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.56	5.975	3312
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.56	5.977	3313
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.591	3.729	2798
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.59	3.73	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.995	6.613	4142
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.994	6.612	4143
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.32	35.932	6444
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.289	35.636	6396

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.327	302	0.311	5467	0.312	5769	0.922	0.93	0.3
1.847-1.897	0.323	238	0.286	5287	0.288	5525	0.929	0.943	0.272
1.897-1.952	0.289	291	0.271	5169	0.272	5460	0.938	0.951	0.252
1.952-2.012	0.279	266	0.243	4990	0.245	5256	0.947	0.961	0.219
2.012-2.078	0.271	233	0.223	4888	0.226	5121	0.953	0.969	0.198
2.078-2.151	0.259	240	0.203	4705	0.206	4945	0.959	0.974	0.18
2.151-2.232	0.221	262	0.195	4537	0.197	4799	0.969	0.977	0.172
2.232-2.323	0.246	288	0.189	4308	0.193	4596	0.963	0.978	0.167
2.323-2.426	0.223	233	0.181	4185	0.183	4418	0.971	0.981	0.161
2.426-2.544	0.239	205	0.189	4017	0.192	4222	0.969	0.98	0.17
2.544-2.681	0.246	196	0.196	3817	0.198	4013	0.969	0.979	0.178
2.681-2.843	0.215	206	0.177	3609	0.179	3815	0.974	0.982	0.164
2.843-3.038	0.221	161	0.183	3441	0.185	3602	0.969	0.98	0.177
3.038-3.281	0.24	152	0.194	3195	0.196	3347	0.967	0.977	0.193
3.281-3.592	0.204	154	0.187	2939	0.188	3093	0.977	0.981	0.192
3.592-4.013	0.216	118	0.18	2676	0.182	2794	0.973	0.983	0.193
4.013-4.628	0.198	127	0.156	2362	0.158	2489	0.982	0.987	0.179
4.628-5.654	0.18	86	0.177	2037	0.177	2123	0.981	0.985	0.205
5.654-7.938	0.205	93	0.181	1564	0.182	1657	0.981	0.984	0.209
7.938-46.618	0.175	54	0.172	927	0.172	981	0.985	0.982	0.208

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