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- PDB-8vrh: E. coli peptidyl-prolyl cis-trans isomerase containing delta2-mon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vrh
タイトルE. coli peptidyl-prolyl cis-trans isomerase containing delta2-monofluoro-leucines
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
キーワードISOMERASE / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Non-canonical amino acids / fluorinated leucine
機能・相同性
機能・相同性情報


chaperone-mediated protein folding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, E. coli cyclophilin A-like / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Frkic, R.L. / Jackson, C.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)CE200100012 オーストラリア
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Conformational Preferences of the Non-Canonical Amino Acids (2 S ,4 S )-5-Fluoroleucine, (2 S ,4 R )-5-Fluoroleucine, and 5,5'-Difluoroleucine in a Protein.
著者: Frkic, R.L. / Tan, Y.J. / Abdelkader, E.H. / Maleckis, A. / Tarcoveanu, E. / Nitsche, C. / Otting, G. / Jackson, C.J.
履歴
登録2024年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,70716
ポリマ－73,1704
非ポリマー1,53812
水6,521362
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 18.7 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6916
ポリマ－18,2921
非ポリマー3985
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area8440 Å2
手法PISA
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 18.7 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6994
ポリマ－18,2921
非ポリマー4063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area7610 Å2
手法PISA
3
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 18.8 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8133
ポリマ－18,2921
非ポリマー5212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area8020 Å2
手法PISA
4
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 18.5 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5053
ポリマ－18,2921
非ポリマー2122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area7960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.022, 83.003, 121.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B / PPIase B / Rotamase B


分子量: 18292.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ppiB, b0525, JW0514 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23869, peptidylprolyl isomerase

-
非ポリマー , 6種, 374分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-XPE / 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL / DECAETHYLENE GLYCOL / デカエチレングリコ-ル


分子量: 458.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42O11 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% PEG 3350, 0.2M sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→24.53 Å / Num. obs: 73053 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 0.74 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 270092
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 1.103 / Num. measured all: 10853 / Num. unique obs: 4315 / CC1/2: 0.389 / Rpim(I) all: 0.814 / Rrim(I) all: 1.386 / Χ2: 0.54 / Net I/σ(I) obs: 0.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
CrysalisProデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→23.43 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 161.7 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2474 3707 5.08 %
Rwork0.2078 --
obs0.2095 72953 97.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→23.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5113 0 102 362 5577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.182
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3571906
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08777
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007949
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.830.33741940.30063369X-RAY DIFFRACTION92
1.83-1.860.31941770.29113448X-RAY DIFFRACTION93
1.86-1.90.32351670.2853483X-RAY DIFFRACTION94
1.9-1.940.28522000.25693451X-RAY DIFFRACTION93
1.94-1.980.28751810.2563490X-RAY DIFFRACTION94
1.98-2.030.29611860.23743468X-RAY DIFFRACTION94
2.03-2.080.26861470.2233532X-RAY DIFFRACTION95
2.08-2.130.27581710.21893489X-RAY DIFFRACTION94
2.13-2.20.24581710.20853509X-RAY DIFFRACTION94
2.2-2.270.23841930.22423434X-RAY DIFFRACTION93
2.27-2.350.30031660.24093466X-RAY DIFFRACTION93
2.35-2.440.26771600.21363493X-RAY DIFFRACTION94
2.44-2.550.35511420.24083471X-RAY DIFFRACTION93
2.55-2.690.27321890.2133474X-RAY DIFFRACTION93
2.69-2.860.25531820.21613474X-RAY DIFFRACTION93
2.86-3.080.26341710.21873489X-RAY DIFFRACTION93
3.08-3.380.23921840.21473467X-RAY DIFFRACTION92
3.38-3.870.22412170.17693458X-RAY DIFFRACTION91
3.87-4.870.15241760.14923487X-RAY DIFFRACTION91
4.87-23.430.22061690.17713458X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9069-0.1959-1.47981.57190.0122.69820.0787-0.10720.0322-0.07040.14660.1534-0.077-0.2159-0.22170.18960.0164-0.01750.17620.04210.143318.239925.782420.5241
28.21970.12450.74373.0026-0.37031.44660.0710.40270.0073-0.35550.08560.2209-0.0923-0.2562-0.15230.22320.008-0.02470.18280.0180.108215.335922.187910.733
32.8145-0.13580.16341.8681-0.55912.3056-0.02840.0281-0.2596-0.16940.1251-0.02770.1086-0.1457-0.0880.1499-0.0098-0.00940.12320.01170.139523.225112.394117.0388
49.0547-6.9936-5.39049.60266.53734.5852-0.1731-0.52380.31040.28410.4623-0.2270.06130.1791-0.23880.17980.0064-0.00050.15690.01130.119423.120924.532322.9089
57.29142.36292.96773.6417-2.76286.54030.1244-0.9729-0.03540.6485-0.11620.2753-0.6376-0.39320.01420.23970.02960.03240.40420.05510.150215.57118.988631.8614
64.8539-0.945-2.35940.73182.46929.6857-0.0593-0.3109-0.9330.11180.07910.66370.9737-0.0357-0.01510.3424-0.0842-0.07390.36290.22380.49758.88194.695725.6108
73.83623.2647-1.45394.2591-3.6754.8017-0.25390.01990.3295-0.10490.55290.46520.0068-0.2418-0.26620.15290.0153-0.02670.27860.070.24089.855324.972519.1466
81.9658-0.8224-0.28444.82762.1314.43450.0396-0.1295-0.0475-0.03440.0691-0.02760.06470.3665-0.12270.12690.0004-0.01720.18540.02140.13026.683241.0959.7098
91.921-0.7241-0.46619.50240.47812.97520.1274-0.50080.17470.90550.0045-0.52780.12260.1531-0.14630.2031-0.0133-0.03760.2949-0.01370.14794.522742.235621.101
105.0618-1.39032.4872.36020.21834.04450.1584-0.117-0.23050.1315-0.12910.07840.3291-0.0144-0.02590.1542-0.0289-0.0010.16140.0290.1086-4.385934.100610.7634
113.30043.13974.05885.54754.58997.86580.3513-0.3755-0.18280.6554-0.2993-0.01471.105-0.7514-0.02960.3489-0.08860.01360.35940.07450.2122-6.33132.290821.669
124.00360.4771-0.98994.4204-0.05938.6052-0.012-0.27390.41480.14160.05170.1911-0.3497-0.1797-0.03930.11580.0358-0.00830.1719-0.01490.1658-2.505550.41612.7963
133.0692-1.08730.23043.22790.65631.5037-0.0066-0.35160.22690.1451-0.040.23880.0005-0.36390.04080.1039-0.01530.00120.231-0.01190.1545-8.206445.3112.4866
142.925-1.9246-2.99252.69141.71563.116-0.3946-0.61230.45210.60770.07990.4896-0.7282-0.727-0.04440.36880.17670.01350.4884-0.16940.3412-11.584654.413316.0465
156.3895-1.8919-2.11856.39374.1887.21910.0581-0.10350.1511-0.13320.11140.0329-0.19280.3111-0.16510.1630.0042-0.01550.16980.0190.12614.838145.84757.4052
162.88492.40761.0163.0469-0.97593.6231-0.04510.5155-0.0672-0.30590.0978-0.01440.03230.2305-0.04290.21630.0283-0.00560.21740.00290.13010.645637.6429-1.7783
176.71682.0887-0.74972.31-1.1799.36360.0405-0.1858-0.22640.02650.06330.61680.5784-0.8152-0.06740.2493-0.076-0.02520.21710.01480.2485-13.234229.42964.5709
183.50994.71682.56458.84950.60716.22270.2633-0.4891-0.44730.0911-0.1684-0.72180.23520.0651-0.08690.17510.0536-0.03980.1552-0.00620.23086.835231.883110.8828
192.07630.36750.97082.35370.23112.91450.0571-0.15430.02380.1178-0.05640.26630.3253-0.2374-0.00970.2162-0.0463-0.00750.1728-0.01190.170933.511833.197623.1768
202.05270.08470.7053.19020.28772.56050.0775-0.29110.0820.5044-0.07260.12760.1293-0.10520.02120.1893-0.0428-0.00380.1753-0.01850.130636.930237.074132.5219
211.60130.34790.50081.81370.7853.357-0.0010.08970.16860.00750.027-0.0643-0.1050.24580.03890.1827-0.0243-0.04090.20630.01610.196245.523143.913222.0555
221.69680.08770.73874.44771.03222.82920.0357-0.1144-0.13940.57070.0931-0.09470.59520.1761-0.14640.33440.0118-0.08090.19880.00070.198146.729230.604734.7353
231.8715-0.81280.51082.7698-0.82463.65530.12510.1222-0.16140.0128-0.0077-0.21350.25290.4178-0.12360.15390.029-0.03640.163-0.01560.164747.242831.014622.9408
242.8864-2.97351.45355.1016-1.31444.52440.10120.0515-0.05640.2478-0.062-0.72240.65160.9571-0.00870.32580.1315-0.08660.3719-0.01590.336855.295425.01527.1707
252.40822.5405-0.07575.468-0.18352.3077-0.10560.29370.1666-0.52090.24210.2940.2674-0.0222-0.13460.17260.0081-0.0260.17460.00170.118537.135734.150715.2584
263.28612.36770.99616.806-0.135.2364-0.14290.31220.2341-0.20880.2297-0.3337-0.44090.53710.05940.2081-0.05720.00790.22710.01140.197349.579349.354416.7493
279.16186.247-4.69646.7691-3.76515.68720.0344-0.31250.14010.0632-0.13530.31460.061-0.2880.180.1812-0.0134-0.03370.224-0.02870.228331.671941.172225.052
285.3679-0.0488-0.6674.05810.05181.27530.25040.2921-0.2222-0.17510.0656-0.01710.473-0.1819-0.28580.2336-0.0932-0.03890.2020.03680.18412.085157.22417.2976
296.2676-0.48512.07113.7212-0.04762.73460.28390.3903-0.4541-0.51520.0673-0.00150.5329-0.1083-0.33690.2835-0.0804-0.01360.211-0.00010.160715.713160.9112-2.0793
303.10390.8073-0.33093.4815-0.29314.7010.1069-0.2383-0.0210.2862-0.1484-0.1782-0.19260.140.01530.1775-0.0504-0.01720.14070.01370.153921.973869.80158.4548
311.50981.7160.60542.99872.03773.12140.25290.1018-0.0213-0.56860.04480.5119-0.4098-0.5044-0.13630.2460.0169-0.08850.36780.15590.2468.488470.3756-4.1721
323.1401-0.41411.30891.8843-1.4935.7215-0.1218-0.15620.04010.08430.16980.2449-0.423-0.5603-0.14490.2104-0.0087-0.01580.2360.03770.1789.021771.00854.7629
334.8432-0.66842.0624.6453-0.78524.48-0.0314-0.34590.7750.09230.22810.6013-0.6564-1.1950.01380.26170.13120.05540.37140.05390.33985.551774.78378.0879
342.50162.4331-1.04644.6886-0.44410.59490.2253-0.3973-0.08190.3489-0.1012-0.1458-0.0007-0.2871-0.14230.208-0.0438-0.030.23680.02840.126812.769260.741515.1635
352.24711.7977-1.68965.6579-6.04387.1920.0405-0.02650.23540.7772-0.5101-0.9847-0.79060.44940.43690.332-0.1325-0.04360.27970.060.322727.284676.325213.0692
363.56490.35720.85015.97962.30155.36910.0846-0.0435-0.41750.3756-0.0846-0.57630.2110.1973-0.0230.1806-0.0472-0.01580.17930.06080.19124.030261.41189.5701
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 20 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 40 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 41 through 121 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 122 through 129 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 130 through 138 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 139 through 153 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 154 through 164 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 20 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 21 through 32 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 33 through 57 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 58 through 67 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 68 through 85 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 86 through 107 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 109 through 121 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 122 through 129 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 130 through 138 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 139 through 153 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 154 through 164 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 2 through 20 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 21 through 40 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 41 through 62 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 63 through 74 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 75 through 107 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 109 through 121 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 122 through 138 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 139 through 153 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 154 through 164 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 2 through 20 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 21 through 40 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 41 through 62 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 63 through 74 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 75 through 97 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 98 through 121 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 122 through 138 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 139 through 148 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 149 through 163 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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