PDB-8vrg: E. coli peptidyl-prolyl cis-trans isomerase containing delta1-mon...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vrg

タイトル

E. coli peptidyl-prolyl cis-trans isomerase containing delta1-monofluoro-leucines

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B

キーワード

ISOMERASE / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Non-canonical amino acids / fluorinated leucine

機能・相同性

機能・相同性情報

chaperone-mediated protein folding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.22 Å

データ登録者

Frkic, R.L. / Jackson, C.J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Conformational Preferences of the Non-Canonical Amino Acids (2 S ,4 S )-5-Fluoroleucine, (2 S ,4 R )-5-Fluoroleucine, and 5,5'-Difluoroleucine in a Protein.
著者: Frkic, R.L. / Tan, Y.J. / Abdelkader, E.H. / Maleckis, A. / Tarcoveanu, E. / Nitsche, C. / Otting, G. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2024年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vrg.cif.gz	119.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vrg.ent.gz	93.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vrg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vrg_validation.pdf.gz	428 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vrg_full_validation.pdf.gz	427.8 KB	表示
XML形式データ	8vrg_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	8vrg_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vrg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vrg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vrhC 8vriC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (8) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B

19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.691, 50.675, 40.767
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B / PPIase B / Rotamase B 分子量: 19093.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ppiB, b0525, JW0514 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23869, peptidylprolyl isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 28.08 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 36 % PEG 3350, 0.1 M Tris hydrochloride pH 8.0, 0.2 M Sodium acetate trihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.22→40.75 Å / Num. obs: 42115 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.129 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.141 / Χ²: 0.52 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 254727
反射シェル	解像度: 1.22→1.24 Å / % possible obs: 78.6 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 1.114 / Num. measured all: 8179 / Num. unique obs: 1756 / CC_1/2: 0.769 / R_pim(I) all: 0.559 / R_rim(I) all: 1.252 / Χ²: 0.14 / Net I/σ(I) obs: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.22→40.75 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1905	2141	5.1 %
R_work	0.1621	-	-
obs	0.1635	41975	98.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.22→40.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1338	0	0	221	1559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.049
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.262	197
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	210
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	267

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.22-1.24	0.2998	132	0.2843	2184	X-RAY DIFFRACTION	82
1.24-1.27	0.252	162	0.2441	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.27-1.31	0.2283	121	0.2348	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.31-1.35	0.2504	140	0.2174	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.35-1.39	0.2181	158	0.2041	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.39-1.44	0.2133	136	0.2024	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.44-1.5	0.2226	160	0.1879	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.57	0.2042	155	0.1786	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.65	0.2246	136	0.1745	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.75	0.1783	141	0.1748	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.89	0.1742	164	0.1622	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-2.08	0.2072	148	0.1569	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.38	0.1712	152	0.1467	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-3	0.1634	114	0.1553	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3-40.75	0.1763	122	0.1336	2793	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8191	0.4383	1.157	2.0669	0.6978	0.8725	-0.0029	0.048	-0.1165	0.1415	-0.1954	0.351	0.0653	-0.7417	0.1615	0.1094	0.0139	0.01	0.2832	-0.0445	0.2105	-17.7023	2.2657	-10.6603
2	1.3641	-0.8063	-0.073	1.2515	-0.0419	1.9548	-0.0056	0.0104	0.0707	0.0344	-0.0214	0.0648	-0.152	-0.3685	0.0118	0.09	0.0321	-0.0176	0.1328	-0.0098	0.1152	-10.2574	8.0732	-12.6677
3	1.0869	-0.3813	0.1113	1.7328	0.5217	1.7881	-0.011	0.0277	0.0523	0.0187	-0.0685	0.0106	-0.2717	-0.2085	0.0167	0.108	0.0261	-0.0202	0.0918	-0.0102	0.114	-6.6754	8.6188	-8.6849
4	0.5311	-0.0055	0.641	4.0187	1.1485	3.1969	0.0083	-0.0333	-0.0068	0.2208	0.0039	-0.2332	0.0011	-0.0295	-0.0164	0.0873	0.016	-0.0019	0.0707	-0.0004	0.1206	-1.58	5.5569	-1.8776
5	3.1507	0.6782	-0.1087	2.6148	1.0954	2.2732	-0.036	0.1684	-0.3186	0.0417	-0.1904	0.3495	0.2862	-0.4097	0.2301	0.1163	-0.0184	-0.0161	0.122	-0.0022	0.1591	-12.2213	-5.447	-11.6272
6	8.541	-1.4416	-2.1584	2.9893	-1.6081	4.5221	0.1121	0.1038	0.2912	-0.1807	-0.2265	-0.3881	0.029	0.1759	0.0976	0.1399	0.0512	0.016	0.1129	-0.0092	0.1576	1.3321	-0.4567	-23.1226
7	5.5865	1.754	-6.0926	1.2536	-1.9523	6.8441	0.2928	0.2797	0.0958	0.1219	-0.059	0.0671	-0.0718	-0.1449	-0.1354	0.1254	0.0206	-0.0339	0.2549	-0.0182	0.2089	-24.8185	3.661	-11.7268

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 20 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 52 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 53 through 85 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 86 through 121 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 122 through 138 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 139 through 156 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 157 through 170 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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