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万見
- PDB-8vrc: Tetrahymena thermophila MLP1 RRM domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vrc
タイトルTetrahymena thermophila MLP1 RRM domain
要素LA motif RNA-binding domain protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / La-motif protein / RNA processing / snRNP binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA processing / ribonucleoprotein complex / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein DCL-like / Protein of unknown function (DUF3223) / Lupus La protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
LA motif RNA-binding domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics / simulated annealing
データ登録者Donaldson, L.W.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)2018-05838 カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR structure of the second RNA binding domain from Tetrahymena thermophila Mlp1
著者: Donaldson, L.W.
履歴
登録2024年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LA motif RNA-binding domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3801
ポリマ－11,3801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 LA motif RNA-binding domain protein


分子量: 11379.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 遺伝子: TTHERM_00384860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21:DE3 / 参照: UniProt: Q23RK6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
141isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
151isotropic13D HN(CA)CB
1151isotropic13D CBCA(CO)NH
1141isotropic13D C(CO)NH
1131isotropic13D HBHA(CO)NH
1121isotropic13D HNCO
1111isotropic13D HNCA
1101isotropic13D HN(CA)CO
191isotropic13D 1H-13C NOESY
181isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 20 mM sodium phosphate, 135 mM sodium chloride, 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O
詳細: one sample in H2O was used for the structure determination
Label: 13C15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
135 mMsodium chloridenatural abundance1
0.8 mMprotein[U-99% 13C; U-99% 15N]1
試料状態イオン強度: 155 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
RosettaBaker laboratory精密化
XEASYBartels et al.peak picking
精密化
手法ソフトェア番号詳細
torsion angle dynamics21000 structure solutions calculated, 100 chosen for further refinement
simulated annealing3100 structure solutions refined and the 20 best solutions were selected as the final ensemble
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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