温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: Protein incubated with 1.0 mM PLP and 5 mM UDP-4-amino-2,3-diacetoamido-2,3,4-trideoxy-L-arabinose. Precipitant: 8-12% PEG 8000, 100 mM magnesium chloride, and 100 mM Homo-PIPES (pH 5)
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データ収集
回折
平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源
由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器
タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月22日
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 15159 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 98.9
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0405
精密化
SAINT
データ削減
SADABS
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→32.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 4.942 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.21348
6297
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.17816
-
-
-
obs
0.17998
117412
99.65 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK