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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vr3 | ||||||
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タイトル | crystal structure of the Pcryo_0618 aminotransferase from Psychrobacter cryohalolentis K5 in the presence of its internal aldimine | ||||||
![]() | DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / psychrobacter / aminotransferase / aldimine / 2 / 3 / 4-trideoxy-l-arabinose | ||||||
機能・相同性 | DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / transaminase activity / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Chem-A1ADI / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bockhaus, N.J. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Biochemical Investigation of the Enzymes Required for the Production of 2,3,4-triacetoamido-2,3,4-trideoxy-l-arabinose in Psychrobacter cryohalolentis K5 著者: Bockhaus, N.J. / Dunsirn, M.M. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 172.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 898.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 907.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 41452.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Pcryo_0618 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 523分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/A1ADI.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/A1ADI.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: Protein incubated with 5 mM UDP and 5 mM PLP. Precipitant: 18-22% PEG 5000, 200 mM tetraethylammonium chloride, and 100 mM Homo-PIPES (pH 5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 80593 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.2 % / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 10847 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 97.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.965 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2→32.65 Å
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拘束条件 |
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