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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vr2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Pcryo_0617 oxidoreductase/decarboxylase from Psychrobacter cryohalolentis K5 in the presence of NAD and UDP | ||||||
要素 | NAD-dependent epimerase/dehydratase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / psychrobacter (サイクロバクター属) / 2 / 3 / 4-trideoxy-l-arabinose | ||||||
機能・相同性 | NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / NAD-dependent epimerase/dehydratase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Psychrobacter cryohalolentis K5 (サイクロバクター・クリオハロレンティス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Bockhaus, N.J. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Biochemical Investigation of the Enzymes Required for the Production of 2,3,4-triacetoamido-2,3,4-trideoxy-l-arabinose in Psychrobacter cryohalolentis K5 著者: Bockhaus, N.J. / Dunsirn, M.M. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vr2.cif.gz | 269.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vr2.ent.gz | 215.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vr2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vr2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 36807.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Psychrobacter cryohalolentis K5 (サイクロバクター・クリオハロレンティス) 遺伝子: Pcryo_0617 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q1QD53 |
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-非ポリマー , 5種, 497分子
#2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | ChemComp-UDP / #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 化合物 | ChemComp-MES / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Protein incubated with 5 mM UDP and 5 mM NAD. Precipitant: 16-20% PEG 5000, 200 mM tetramethylammonium chloride, and 100 mM MES (pH 6) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 137349 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 33.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 9174 / Rsym value: 0.346 / % possible all: 94.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→48.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.642 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.058 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→48.95 Å
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拘束条件 |
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