PDB-8vr1: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from K...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vr1

タイトル

Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (CTP bound)

要素

Betaine aldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB)

機能・相同性

機能・相同性情報

betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (CTP bound)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A.

履歴

登録	2024年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vr1.cif.gz	757.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vr1.ent.gz	626.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vr1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vr1	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Betaine aldehyde dehydrogenase

B: Betaine aldehyde dehydrogenase

C: Betaine aldehyde dehydrogenase

D: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

219 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.739, 101.339, 123.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Betaine aldehyde dehydrogenase 分子量: 54062.281 Da / 分子数: 4 / 変異: V62A, Q485P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア) 遺伝子: betB_3 / プラスミド: KlaeA.00020.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A447LC14
#2: 化合物	ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP 分子量: 483.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 823 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.16 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: Berkeley C10: 100 mM Sodium acetate / Hydrochloric acid pH 4.5, 100 mM Ammonium phosphate dibasic, 20% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) 2-Propanol, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. 10mM CTP soak ...詳細: Berkeley C10: 100 mM Sodium acetate / Hydrochloric acid pH 4.5, 100 mM Ammonium phosphate dibasic, 20% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) 2-Propanol, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. 10mM CTP soak for 4 hours. Plate 13676 well C10 drop 1. Puck: PSL-0816, Cryo: 30% PEG3350 + 70% crystallant.

結晶

マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.16 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Berkeley C10: 100 mM Sodium acetate / Hydrochloric acid pH 4.5, 100 mM Ammonium phosphate dibasic, 20% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) 2-Propanol, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. 10mM CTP soak ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月9日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→47.28 Å / Num. obs: 129038 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.111 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 903098
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 1.156 / Num. measured all: 65373 / Num. unique obs: 9520 / CC_1/2: 0.657 / R_pim(I) all: 0.476 / R_rim(I) all: 1.252 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_5156: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→47.28 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	6451	5 %
R_work	0.1589	-	-
obs	0.1605	128977	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→47.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14750	0	136	823	15709

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	15404
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.857	20975
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.096	5713
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	2370
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	2736

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.07	0.3434	210	0.2693	4031	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.1	0.3288	218	0.2583	4114	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.12	0.3212	193	0.2567	4058	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.15	0.2603	243	0.2382	4090	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.18	0.288	227	0.2306	3986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.21	0.2813	215	0.2271	4121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.24	0.27	199	0.2247	4059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.27	0.2862	219	0.2163	4082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.31	0.2478	204	0.2029	4075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.35	0.2166	219	0.1861	4063	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.39	0.2325	217	0.1833	4101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.43	0.2398	218	0.1774	4033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.48	0.2306	209	0.1809	4108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.53	0.2254	224	0.1771	4074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.58	0.2133	201	0.1735	4092	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.64	0.2405	232	0.1791	4041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.71	0.2076	193	0.1749	4100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.78	0.2162	216	0.1671	4067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.86	0.2116	228	0.1758	4085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.96	0.2131	220	0.1674	4060	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.06	0.227	216	0.1764	4081	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.18	0.2337	197	0.1834	4119	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.33	0.2205	216	0.1792	4085	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.51	0.1906	235	0.1633	4087	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.72	0.1759	195	0.1518	4098	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-4.01	0.161	214	0.1316	4097	X-RAY DIFFRACTION	100
4.01-4.42	0.1351	189	0.11	4110	X-RAY DIFFRACTION	99
4.42-5.05	0.1133	215	0.099	4123	X-RAY DIFFRACTION	100
5.05-6.36	0.144	230	0.1304	4098	X-RAY DIFFRACTION	100
6.36-47.28	0.1485	239	0.1447	4188	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3565	-0.296	0.0771	0.9978	0.4677	0.334	-0.0315	0.0768	-0.27	-0.1572	0.016	-0.3655	0.0913	0.3005	-0	0.2863	-0.005	0.0237	0.3839	-0.0163	0.3644	93.0052	-13.5751	19.5291
2	0.3982	0.3114	-0.2465	0.8074	-0.0577	0.4095	-0.011	0.0351	-0.0381	-0.0923	-0.017	-0.0825	-0.0425	0.0555	0	0.2708	0.0067	-0.0256	0.2862	0.0047	0.2783	81.1167	-5.8771	23.6862
3	0.8782	0.2121	-0.2112	0.5012	0.021	0.542	0.0564	-0.0118	0.2041	0.0219	-0.0189	0.0096	-0.2154	0.0858	-0	0.3839	-0.0189	-0.0072	0.2526	0.0178	0.3108	78.7907	18.3595	30.5607
4	0.2488	0.2214	-0.1568	-0.0154	0.2435	0.2209	-0.0389	0.0837	-0.0443	-0.0868	0.0385	0.0235	-0.0954	-0.0454	-0	0.3365	0.0173	-0.0293	0.3262	-0.0033	0.3096	65.6745	-12.0415	20.966
5	0.236	0.2413	0.021	0.1919	0.0301	0.1022	-0.0068	0.1158	-0.0619	-0.0144	-0.0989	0.5793	0.1212	-0.3395	0.0093	0.2918	-0.0259	0.0722	0.5022	-0.0175	0.513	18.7772	-23.1231	45.9438
6	0.2301	-0.032	0.1273	0.2535	0.2695	0.3421	-0.0789	0.2101	-0.0658	-0.1899	0.0813	0.0842	0.1602	-0.2735	-0	0.3123	-0.0157	0.0121	0.3823	-0.0414	0.352	33.9831	-25.0779	29.8994
7	0.3636	0.055	-0.3637	0.418	0.1539	0.5167	-0.051	-0.0073	-0.0597	0.0423	0.0051	0.0681	0.0548	-0.1569	0	0.2615	0.0115	-0.0103	0.333	-0.0068	0.3156	36.9834	-20.2787	38.2132
8	0.3877	0.1882	-0.0882	0.1815	0.207	0.5177	0.0656	-0.1044	-0.0403	0.0952	-0.0305	0.0079	0.0528	-0.0098	-0	0.3323	0.0284	0.0414	0.3439	-0.0155	0.3357	43.6456	-8.9628	53.6947
9	0.3882	-0.2588	-0.008	0.508	0.4935	0.5376	0.0028	-0.2301	0.1746	0.221	-0.1141	0.263	-0.1056	-0.1704	-0.0011	0.3623	0.0305	0.0954	0.4058	-0.057	0.3854	33.3038	2.0136	61.8419
10	0.5362	0.0347	-0.2403	0.2782	0.3598	0.5877	-0.0078	-0.1529	-0.0436	0.1042	-0.0441	0.099	0.057	-0.0641	0	0.3145	0.0261	0.0059	0.3145	0.013	0.2654	50.7322	-9.8044	51.5064
11	0.6842	-0.1052	-0.1384	0.879	0.4138	0.5884	0.1551	0.2174	0.1888	-0.0488	-0.1144	0.1343	-0.3634	-0.4394	0.0299	0.3427	0.1414	-0.0405	0.4213	0.0479	0.3039	45.7007	3.0574	5.2258
12	0.4586	0.01	-0.3224	0.3993	0.2948	0.8127	0.0481	0.2018	-0.0593	-0.0547	-0.0435	-0.024	-0.0923	-0.1896	-0	0.2776	0.0517	-0.0348	0.3537	-0.03	0.2554	54.0248	-8.7889	7.8407
13	0.3404	0.1133	-0.4638	0.9017	0.3231	1.0272	-0.0728	0.3027	-0.2265	-0.2179	0.0069	-0.0356	0.0266	-0.2709	-0.3218	0.3807	-0.004	-0.0236	0.532	-0.165	0.332	59.0243	-27.387	-11.2045
14	0.3897	0.0617	0.0335	0.066	0.3084	0.6584	-0.0161	0.092	-0.0945	0.0093	-0.0153	0.003	-0.0001	-0.0347	-0	0.3078	0.0142	-0.0126	0.2971	-0.032	0.3003	64.2378	-17.6339	16.4698
15	0.4906	-0.1588	0.172	0.1499	-0.0121	0.0769	-0.1928	-0.551	-0.2114	0.3337	0.156	0.0837	0.4013	0.0856	-0.0762	0.6063	0.0869	0.0195	0.6212	0.2422	0.4818	74.3481	-39.4582	65.1149
16	0.307	0.0202	0.2263	0.3493	0.2512	0.2853	-0.0951	-0.4075	-0.0922	0.0526	-0.038	-0.0768	-0.0725	-0.0181	-0.0001	0.3196	0.0599	-0.0115	0.4437	0.0517	0.3102	73.8537	-20.9884	53.7724
17	0.598	0.0669	-0.1186	0.0985	0.1334	0.181	-0.0114	-0.1646	-0.2847	0.026	0.0164	0.0425	0.1052	-0.0064	-0	0.3405	0.0445	-0.0002	0.2913	0.0676	0.3707	69.1	-27.3248	44.4821
18	0.0803	0.1808	0.0747	0.3978	-0.2335	0.6623	0.0138	-0.5019	-0.2561	0.1697	-0.0669	0.1031	0.0568	-0.1301	0.0001	0.3964	0.0352	0.0072	0.5045	0.1366	0.4146	63.6258	-31.4305	55.8679
19	1.1128	0.3962	0.1771	0.1388	0.0744	0.1024	0.0037	-0.1911	-0.7126	0.0407	-0.067	-0.1362	0.4058	0.0201	-0.0293	0.6049	0.0266	0.0087	0.2471	0.0185	0.7109	63.2882	-51.2065	31.9592
20	0.0831	-0.0151	0.0123	0.3716	-0.0546	0.1017	-0.0792	-0.0325	-0.3179	-0.1417	-0.0167	0.0466	0.2853	0.1355	-0.0078	0.6774	0.0076	0.0382	0.3575	0.0474	0.7767	68.1784	-57.9517	35.2677
21	0.9984	-0.0534	0.2261	0.4039	0.05	0.0514	-0.0304	-0.429	-0.6841	0.0165	0.0656	-0.0381	0.3099	-0.147	0.0024	0.7101	-0.0504	0.0682	0.3877	0.2291	0.8664	61.2447	-62.0773	48.167
22	0.49	0.0553	0.1614	0.4185	-0.2324	0.3817	-0.0394	-0.0805	-0.2832	0.1509	0.0457	0.1084	0.231	-0.0868	-0.0004	0.3622	-0.0281	0.0394	0.278	0.0566	0.4563	55.2597	-38.9171	36.1901

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 81 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 290 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 291 through 441 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 442 through 490 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3 through 42 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 43 through 81 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 82 through 230 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 231 through 290 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 291 through 363 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 364 through 490 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 4 through 81 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 82 through 290 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 291 through 409 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 410 through 490 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 4 through 42 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 43 through 81 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 82 through 168 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 169 through 257 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 258 through 290 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 291 through 330 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 331 through 363 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 364 through 490 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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