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Yorodumi- PDB-8vr1: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from K... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8vr1 | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (CTP bound) | |||||||||
Components | Betaine aldehyde dehydrogenase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) | |||||||||
Function / homology | Function and homology information betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To be published Title: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (CTP bound) Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8vr1.cif.gz | 757.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8vr1.ent.gz | 626.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8vr1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vr1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 54062.281 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: V62A, Q485P Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (bacteria) Gene: betB_3 / Plasmid: KlaeA.00020.b.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A447LC14 #2: Chemical | ChemComp-CTP / #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: Berkeley C10: 100 mM Sodium acetate / Hydrochloric acid pH 4.5, 100 mM Ammonium phosphate dibasic, 20% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) 2-Propanol, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. 10mM CTP ...Details: Berkeley C10: 100 mM Sodium acetate / Hydrochloric acid pH 4.5, 100 mM Ammonium phosphate dibasic, 20% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) 2-Propanol, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. 10mM CTP soak for 4 hours. Plate 13676 well C10 drop 1. Puck: PSL-0816, Cryo: 30% PEG3350 + 70% crystallant. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9785 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Dec 9, 2023 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→47.28 Å / Num. obs: 129038 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 903098 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.1 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.156 / Num. measured all: 65373 / Num. unique obs: 9520 / CC1/2: 0.657 / Rpim(I) all: 0.476 / Rrim(I) all: 1.252 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 1.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05→47.28 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→47.28 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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