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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vqz | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (CMP bound) | |||||||||
![]() | Betaine aldehyde dehydrogenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) | |||||||||
機能・相同性 | ![]() betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (CMP bound) 著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 760.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 629.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 72.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 104.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54062.281 Da / 分子数: 4 / 変異: V62A, Q485P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: betB_3 / プラスミド: KlaeA.00020.b.B1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-C5P / #3: 化合物 | ChemComp-PGE / | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: Berkeley C10: 100 mM Sodium acetate / Hydrochloric acid pH 4.5, 100 mM Ammonium phosphate dibasic, 20% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) 2-Propanol, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. 10mM CMP soak ...詳細: Berkeley C10: 100 mM Sodium acetate / Hydrochloric acid pH 4.5, 100 mM Ammonium phosphate dibasic, 20% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) 2-Propanol, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. 10mM CMP soak for 4 hours. Plate 13676 well C10 drop 1. Puck: PSL-0811, Cryo: 30% PEG3350 + 70% crystallant. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月9日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→47.27 Å / Num. obs: 129364 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 904139 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.1 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.233 / Num. measured all: 65527 / Num. unique obs: 9541 / CC1/2: 0.689 / Rpim(I) all: 0.506 / Rrim(I) all: 1.334 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 1.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→47.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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