PDB-8vqw: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from K...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vqw

タイトル

Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (CoA bound)

要素

Betaine aldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB)

機能・相同性

機能・相同性情報

betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (CoA bound)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A.

履歴

登録	2024年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vqw.cif.gz	752.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vqw.ent.gz	621.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vqw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8vqw_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vqw_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8vqw_validation.xml.gz	71.3 KB	表示
CIF形式データ	8vqw_validation.cif.gz	100.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vqw	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (7)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (7)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Betaine aldehyde dehydrogenase

B: Betaine aldehyde dehydrogenase

C: Betaine aldehyde dehydrogenase

D: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

218 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.818, 101.008, 123.928
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Betaine aldehyde dehydrogenase 分子量: 54062.281 Da / 分子数: 4 / 変異: V62A, Q485P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア) 遺伝子: betB_3 / プラスミド: KlaeA.00020.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A447LC14

-
非ポリマー , 6種, 676分子

#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 670 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: Berkeley C10: 100 mM Sodium acetate / Hydrochloric acid pH 4.5, 100 mM Ammonium phosphate dibasic, 20% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) 2-Propanol, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. 10mM FAD soak ...詳細: Berkeley C10: 100 mM Sodium acetate / Hydrochloric acid pH 4.5, 100 mM Ammonium phosphate dibasic, 20% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) 2-Propanol, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. 10mM FAD soak for 4 hours. Plate 13676 well C10 drop 1. Puck: PSL-0807, Cryo: 30% PEG3350 + 70% crystallant.

結晶

マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.02 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Berkeley C10: 100 mM Sodium acetate / Hydrochloric acid pH 4.5, 100 mM Ammonium phosphate dibasic, 20% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) 2-Propanol, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. 10mM FAD soak ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月9日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→47.27 Å / Num. obs: 104242 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.143 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.155 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 734621
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 1.282 / Num. measured all: 56861 / Num. unique obs: 7708 / CC_1/2: 0.678 / R_pim(I) all: 0.504 / R_rim(I) all: 1.379 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_5156: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→47.27 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2033	5118	4.91 %
R_work	0.1603	-	-
obs	0.1624	104186	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14761	0	120	670	15551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	15348
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.839	20869
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.473	5735
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	2347
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2727

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.2963	170	0.2545	3311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.25	0.3067	191	0.251	3264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.28	0.2791	176	0.2321	3252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.31	0.2861	165	0.2278	3302	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.34	0.2899	168	0.2159	3303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.37	0.2824	157	0.2119	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.4	0.2594	183	0.209	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.44	0.2729	168	0.2039	3291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.48	0.2694	177	0.2008	3332	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.52	0.2576	176	0.1895	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.56	0.2395	149	0.1905	3268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.61	0.237	156	0.1884	3349	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.66	0.2667	182	0.1861	3272	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.71	0.2888	166	0.1918	3302	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.77	0.252	178	0.1922	3290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.84	0.2172	197	0.1828	3263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.91	0.2024	177	0.1786	3329	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.99	0.1941	192	0.1731	3242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.07	0.248	162	0.183	3306	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.17	0.2259	185	0.1887	3297	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.29	0.2614	150	0.1904	3307	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.42	0.2087	155	0.1736	3322	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.57	0.2009	163	0.1625	3299	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.76	0.2026	165	0.1504	3329	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4	0.1765	186	0.1371	3305	X-RAY DIFFRACTION	100
4-4.31	0.1416	178	0.114	3266	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-4.74	0.1256	183	0.0983	3327	X-RAY DIFFRACTION	100
4.74-5.42	0.1297	155	0.1104	3337	X-RAY DIFFRACTION	100
5.42-6.83	0.1825	149	0.1428	3378	X-RAY DIFFRACTION	100
6.83-47.27	0.1738	159	0.1407	3414	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3126	-0.2375	0.0861	1.0455	0.5001	0.3536	-0.0378	0.0438	-0.2787	-0.1395	-0.0021	-0.3384	0.1167	0.2875	-0.002	0.2509	0.0213	0.0087	0.3451	-0.0158	0.3091	93.2754	-13.473	19.7626
2	0.5724	0.45	-0.2423	0.6671	-0.0489	0.5711	-0.0529	0.0486	-0.0407	-0.0668	0.0077	-0.0558	-0.0233	0.0692	0	0.26	0.0164	-0.0214	0.2578	0.0019	0.2796	82.0999	-9.4552	21.3646
3	0.7832	0.3253	0.0109	0.5426	0.0192	0.5501	0.0863	-0.0643	0.1717	-0.0217	-0.0381	0.0332	-0.2151	0.0829	-0	0.3274	-0.0246	0.0165	0.2179	0.0015	0.272	81.3878	19.3868	31.3656
4	0.4076	0.3247	-0.1043	0.115	0.2921	0.3492	0.0169	0.0841	0.0196	-0.0669	-0.0064	0.0313	-0.1013	-0.0693	0.0003	0.2999	0.0239	-0.0234	0.2448	0.0049	0.2667	65.3337	-3.3796	25.5553
5	0.2545	0.2145	0.1886	0.1809	0.1318	0.1006	-0.1458	0.1897	0.0036	0.0336	-0.152	0.7529	0.2036	-0.3176	-0.0019	0.2873	-0.0359	0.0868	0.4416	-0.0271	0.5216	18.8032	-23.0221	45.8538
6	0.2668	-0.0187	0.1552	0.2841	0.2308	0.2804	-0.0585	0.163	-0.1605	-0.2635	0.0028	0.0651	0.1795	-0.2113	0	0.2946	-0.0068	0.001	0.3216	-0.0352	0.3392	34.0464	-24.9608	29.8446
7	0.3245	0.0236	-0.4525	0.4589	0.2577	0.4052	-0.0406	-0.0191	-0.0102	0.0087	-0.0057	0.019	0.0351	-0.121	-0	0.2403	0.0184	-0.0138	0.3128	-0.0034	0.2964	36.9394	-20.1441	38.1618
8	0.1544	0.0605	-0.2851	0.2407	0.2101	0.1225	0.0583	-0.1683	0.0185	0.164	0.0072	0.0384	-0.028	0.0606	-0	0.3203	0.0364	0.0135	0.3582	0.001	0.3136	43.6208	-9.081	53.6566
9	0.3542	-0.0066	-0.0317	0.5773	0.6068	0.5319	-0.0033	-0.2166	0.2465	0.198	-0.1079	0.2625	-0.1268	-0.2339	-0.0044	0.3592	0.0224	0.0718	0.4381	-0.0346	0.3578	33.2829	2.0831	61.7416
10	0.5987	-0.1007	-0.3161	0.1703	0.3939	0.5928	-0.0385	-0.1676	-0.0582	0.0872	-0.0264	0.0907	0.0545	-0.006	0	0.282	0.0074	0.0035	0.3014	0.0102	0.2432	50.6963	-9.7409	51.3271
11	0.8991	-0.0409	0.141	0.8412	0.2029	0.4721	0.1564	0.2626	0.2477	-0.0755	-0.1345	0.1145	-0.3453	-0.4001	0.0418	0.3312	0.1383	-0.0249	0.4066	0.043	0.2775	45.7757	3.3331	4.8067
12	0.4313	-0.0162	-0.3719	0.3244	0.1688	0.6852	0.0191	0.2107	-0.0258	-0.04	-0.0164	-0.0177	-0.102	-0.1912	0.0003	0.2368	0.0394	-0.0338	0.3495	-0.0228	0.215	54.1249	-8.6372	7.7149
13	0.2014	-0.0199	-0.4494	1.2221	0.1923	1.0124	-0.0664	0.2908	-0.2003	-0.1935	0.0125	-0.0983	0.0848	-0.2694	-0.2456	0.3338	-0.0427	0.0015	0.4945	-0.1481	0.3078	59.3086	-27.2838	-11.0903
14	0.3617	-0.0318	-0.0772	0.0831	0.1158	0.5889	-0.0337	0.0806	-0.0809	-0.0716	-0.025	0.0295	-0.0575	-0.068	-0	0.2673	-0.0026	0.0009	0.2906	-0.0304	0.282	64.3874	-17.4908	16.4513
15	0.4823	-0.1095	0.2487	0.1515	0.1131	0.3188	-0.1312	-0.5744	-0.0587	0.2099	0.084	-0.0258	0.1788	0.0051	-0.1693	0.4786	0.0893	-0.0074	0.5982	0.1541	0.3155	72.2203	-32.2895	64.0458
16	0.6799	0.1145	-0.0768	0.2526	-0.1317	0.5883	-0.001	-0.2506	-0.2677	0.0273	-0.0308	-0.0121	0.1099	-0.0087	-0.0032	0.2908	0.0386	0.002	0.2796	0.0867	0.3445	67.454	-31.5282	46.9874
17	0.3175	-0.0411	-0.0193	0.4258	-0.2164	0.5751	0.0081	-0.0659	-0.4252	0.0004	0.0041	-0.0346	0.4078	-0.0759	-0.1314	0.5968	-0.0499	0.0215	0.2912	0.0522	0.6358	61.2755	-57.9766	39.6941
18	0.2483	0.1011	0.0954	0.3007	0.0684	0.2134	-0.05	-0.0145	-0.1031	0.1882	0.0575	0.0511	0.1116	-0.0934	-0	0.3034	-0.0077	0.0307	0.2516	0.0364	0.3428	55.7709	-28.9604	35.3203

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 81 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 257 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 258 through 409 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 410 through 490 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3 through 42 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 43 through 81 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 82 through 230 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 231 through 290 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 291 through 363 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 364 through 490 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 3 through 81 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 82 through 290 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 291 through 409 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 410 through 490 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 4 through 62 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 63 through 290 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 291 through 409 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 410 through 490 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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