PDB-8vqu: Crystal Structure of Dehaloperoxidase B in complex with substrate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vqu

タイトル

Crystal Structure of Dehaloperoxidase B in complex with substrate 1,4-cyclohexadiene

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / peroxidase / peroxigenase / oxidase / oxygenase / globin / heme cofactor / oxygen binding / hydrogen peroxide co-substrate halophenol binding / substrates

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.751 Å

データ登録者

de Seerano, V.S. / Yun, D. / Ghiladi, R.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Dehaloperoxidase B in complex with substrate 1,4-cyclohexadiene
著者: de Seerano, V.S. / Yun, D. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2024年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vqu.cif.gz	87.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vqu.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vqu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vqu_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vqu_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8vqu_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	8vqu_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vqu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (3) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (2) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (3) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (2) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (3)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (2)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (3)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (2)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
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S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
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#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

32.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.344, 66.704, 68.119
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 6種, 193分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-A1ADJ / cyclohexa-1,4-diene 分子量: 80.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.75 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MPEG 2000, ammonium sulfate, sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→17.77 Å / Num. obs: 26890 / % possible obs: 96.55 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 1.751→1.796 Å / Num. unique obs: 1340 / CC_1/2: 0.635

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.751→17.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 3.17 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2204	1345	5.002 %
R_work	0.1851	25545	-
all	0.187	-	-
obs	-	26890	96.549 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.268 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.152 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.308 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.751→17.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2162	0	138	181	2481

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2784
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.691	1.703	3831
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.433	1.631	5896
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.962	5	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.024	22.961	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.786	15	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.925	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	333
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	717
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.249	0.2	786
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	2314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	197
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.036	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.138	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.956	2.227	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.949	2.225	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.864	3.34	1695
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.865	3.342	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.598	2.583	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.562	2.565	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.039	3.763	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.029	3.739	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.712	27.91	3544
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.651	27.693	3503

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.751-1.796	0.295	77	0.279	1340	X-RAY DIFFRACTION	70.85
1.796-1.846	0.315	79	0.242	1643	X-RAY DIFFRACTION	87.2783
1.846-1.899	0.3	93	0.232	1758	X-RAY DIFFRACTION	95.9067
1.899-1.957	0.277	89	0.219	1756	X-RAY DIFFRACTION	99.5146
1.957-2.021	0.238	117	0.207	1700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.021-2.092	0.274	81	0.195	1679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.092-2.171	0.239	95	0.189	1615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.171-2.26	0.214	77	0.167	1545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.36	0.243	61	0.175	1513	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.475	0.205	92	0.164	1423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.475-2.608	0.202	64	0.167	1366	X-RAY DIFFRACTION	100
2.608-2.766	0.23	65	0.175	1296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.766-2.956	0.218	73	0.166	1222	X-RAY DIFFRACTION	100
2.956-3.192	0.218	43	0.19	1161	X-RAY DIFFRACTION	100
3.192-3.495	0.203	67	0.182	1045	X-RAY DIFFRACTION	100
3.495-3.905	0.229	41	0.168	977	X-RAY DIFFRACTION	100
3.905-4.504	0.158	50	0.155	852	X-RAY DIFFRACTION	100
4.504-5.504	0.18	40	0.18	730	X-RAY DIFFRACTION	100
5.504-7.732	0.314	26	0.212	594	X-RAY DIFFRACTION	100
7.732-17.77	0.143	15	0.143	330	X-RAY DIFFRACTION	89.8438

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関連情報:EMDBヘッダ

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