PDB-8vqt: Cryatal structure of Dehaloperoxidase B in complex with substrate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vqt

タイトル

Cryatal structure of Dehaloperoxidase B in complex with substrate 1-methyl-cyclohexene

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / peroxidase / peroxygenase / oxidase / oxygenase / globin / heme cofactor / oxygen binding / hydrogen preoxide co-substrate / halophenol binmding / substrates

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

de Serrano, V.S. / Yun, D. / Ghiladi, R.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Dehaloperoxidase B in complex with substrate 1-methyl-cyclohexene
著者: Yun, D. / de Srrano, V.S. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2024年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vqt.cif.gz	86 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vqt.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vqt_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vqt_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8vqt_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	8vqt_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vqt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (2)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
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#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
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#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
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#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

32.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.974, 67.545, 67.545
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 6種, 131分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-A1ADL / 1-methylcyclohex-1-ene 分子量: 96.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.63 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MPEG 2000, ammonium sulfate, sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→17.86 Å / Num. obs: 17447 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 2.05→2.103 Å / Num. unique obs: 1184 / CC_1/2: 0.897

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→17.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 5.701 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.208 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2432	797	4.568 %
R_work	0.1837	16650	-
all	0.186	-	-
obs	-	17447	99.76 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.775 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.215 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.937 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.722 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→17.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2162	0	141	120	2423

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	2789
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2561
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.605	1.701	3826
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.561	1.631	5950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.084	5	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.881	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.897	10	501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.171	10	136
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	380
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3491
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	713
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.278	0.2	865
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.201	0.2	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.043	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.165	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.091	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.456	3.584	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.454	3.584	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.941	6.434	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.94	6.438	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.387	4.009	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.388	4.008	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.432	7.222	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.436	7.22	2114
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.213	42.782	3630
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.191	42.441	3615

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.103	0.416	62	0.301	1184	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.103-2.16	0.33	41	0.264	1182	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.221	0.302	70	0.216	1111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.221-2.288	0.318	40	0.197	1120	X-RAY DIFFRACTION	100
2.288-2.362	0.257	38	0.18	1093	X-RAY DIFFRACTION	100
2.362-2.444	0.252	44	0.167	1034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.444-2.534	0.291	54	0.157	988	X-RAY DIFFRACTION	100
2.534-2.635	0.233	47	0.165	997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.635-2.75	0.187	48	0.173	926	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.881	0.226	49	0.161	880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.881-3.032	0.237	39	0.167	853	X-RAY DIFFRACTION	100
3.032-3.21	0.379	38	0.183	835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.424	0.245	48	0.175	745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.424-3.687	0.219	22	0.179	748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.687-4.022	0.201	30	0.168	661	X-RAY DIFFRACTION	100
4.022-4.468	0.151	29	0.144	619	X-RAY DIFFRACTION	100
4.468-5.106	0.23	31	0.168	537	X-RAY DIFFRACTION	100
5.106-6.13	0.217	38	0.237	468	X-RAY DIFFRACTION	100
6.13-8.2	0.298	17	0.211	396	X-RAY DIFFRACTION	100
8.2-17.86	0.241	12	0.24	273	X-RAY DIFFRACTION	100

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