PDB-8vqs: Crystal structure of Dehaloperoxidase B in complex with substrate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vqs

タイトル

Crystal structure of Dehaloperoxidase B in complex with substrate cyclohexene

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / peroxidase / peroxigenase / oxidase / oxigenase / globin / heme cofactor / oxygen binding / hydrogen peroxide cofactor / halophenol binding / substrates

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

de Serrano, V.S. / Yun, D. / Ghiladi, R.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Dehaloperoxidase B in complex with cyclohexene
著者: Yun, D. / de Serrano, V.S. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2024年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vqs.cif.gz	86.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vqs.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vqs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vqs_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vqs_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8vqs_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	8vqs_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vqs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (2)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

33.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.092, 67.684, 67.684
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 6種, 123分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-A1ADK / cyclohexene 分子量: 82.144 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.97 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MPEG 2000, ammonium sulfate, sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→17.34 Å / Num. obs: 18829 / % possible obs: 99.47 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2→2.051 Å / Num. unique obs: 1241 / CC_1/2: 0.705

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→17.339 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 6.125 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.204 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	929	4.934 %
R_work	0.1946	17900	-
all	0.198	-	-
obs	-	18829	99.466 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.438 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.496 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.135 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→17.339 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2162	0	152	109	2423

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	2833
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2611
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.553	1.702	3889
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.549	1.629	6067
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.22	5	373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.995	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.296	10	516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.569	10	138
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3549
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	727
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.268	0.2	808
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.199	0.2	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.043	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.15	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.284	3.757	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.284	3.757	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.624	6.76	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.623	6.762	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.434	4.16	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.411	4.147	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.422	7.503	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.414	7.484	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.549	39.938	3555
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.525	39.652	3538

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.051	0.435	71	0.425	1241	0.426	1375	0.924	0.938	95.4182	0.385
2.051-2.107	0.454	60	0.323	1241	0.328	1301	0.916	0.954	100	0.283
2.107-2.167	0.277	48	0.273	1238	0.273	1286	0.948	0.963	100	0.235
2.167-2.232	0.267	67	0.24	1184	0.242	1251	0.949	0.967	100	0.202
2.232-2.304	0.323	74	0.214	1154	0.221	1228	0.935	0.97	100	0.179
2.304-2.384	0.282	60	0.187	1103	0.192	1163	0.955	0.976	100	0.155
2.384-2.472	0.248	58	0.175	1098	0.178	1156	0.963	0.979	100	0.148
2.472-2.571	0.214	43	0.175	1069	0.177	1112	0.966	0.98	100	0.147
2.571-2.682	0.253	37	0.175	1011	0.178	1048	0.962	0.98	100	0.15
2.682-2.81	0.233	56	0.188	970	0.19	1026	0.965	0.978	100	0.167
2.81-2.958	0.236	56	0.182	915	0.185	971	0.963	0.983	100	0.166
2.958-3.131	0.225	40	0.189	865	0.19	905	0.97	0.982	100	0.172
3.131-3.34	0.213	32	0.21	835	0.21	867	0.974	0.977	100	0.197
3.34-3.596	0.256	47	0.199	782	0.202	829	0.958	0.981	100	0.193
3.596-3.923	0.26	39	0.186	718	0.19	757	0.958	0.982	100	0.181
3.923-4.358	0.188	50	0.148	640	0.151	690	0.98	0.987	100	0.149
4.358-4.98	0.217	27	0.139	604	0.141	631	0.977	0.988	100	0.142
4.98-5.977	0.252	33	0.194	513	0.197	546	0.972	0.985	100	0.196
5.977-7.991	0.177	14	0.209	428	0.208	442	0.971	0.984	100	0.212
7.991-17.339	0.397	17	0.233	291	0.242	308	0.969	0.982	100	0.248

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