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- PDB-8vqr: Crystal structure of chimeric SARS-CoV-2 RBD complexed with chime... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vqr
タイトルCrystal structure of chimeric SARS-CoV-2 RBD complexed with chimeric raccoon dog ACE2
要素
  • Angiotensin-converting enzyme,Processed angiotensin-converting enzyme 2
  • Spike protein S1
キーワードHYDROLASE/VIRAL PROTEIN / SARS2 / CELL INVASION / HYDROLASE-VIRAL PROTEIN complex / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / metallocarboxypeptidase activity / viral life cycle / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of transmembrane transporter activity / regulation of cytokine production / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / endocytic vesicle membrane / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / Potential therapeutics for SARS / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / cilium / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / apical plasma membrane / receptor ligand activity / membrane raft / endocytosis involved in viral entry into host cell / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal ...Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensin-converting enzyme / Spike glycoprotein / Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Nyctereutes procyonoides (タヌキ)
Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.565 Å
データ登録者Hsueh, F.-C. / Shi, K. / Aihara, H. / Li, F.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089728 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI110700 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for raccoon dog receptor recognition by SARS-CoV-2.
著者: Hsueh, F.C. / Shi, K. / Mendoza, A. / Bu, F. / Zhang, W. / Aihara, H. / Li, F.
履歴
登録2024年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32024年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme,Processed angiotensin-converting enzyme 2
B: Angiotensin-converting enzyme,Processed angiotensin-converting enzyme 2
E: Spike protein S1
F: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,47519
ポリマ－192,3664
非ポリマー5,10915
水28816
1
A: Angiotensin-converting enzyme,Processed angiotensin-converting enzyme 2
E: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7789
ポリマ－96,1832
非ポリマー2,5957
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Angiotensin-converting enzyme,Processed angiotensin-converting enzyme 2
F: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,69710
ポリマ－96,1832
非ポリマー2,5148
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.961, 118.107, 112.233
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme,Processed angiotensin-converting enzyme 2


分子量: 70028.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nyctereutes procyonoides (タヌキ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ACE2, NYPRO_LOCUS14582, ACE2, UNQ868/PRO1885
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: B4XEP4, UniProt: Q9BYF1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 26154.381 Da / 分子数: 2 / Fragment: receptor-binding domain
Mutation: Q321V, T323S, E324G, S325D, I326V, A348P, N354E, R357K, A372T, S373F, P384A, T393S, I402V, R403K, E406D, K417V, T430M, I434L, S438T, N439R, L441I, S443A, V445S, G446T, L452K, H519N, K529L, N532D, V534I, N536S
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0DTC2

-
糖 , 7種, 9分子

#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-2-3/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 22分子

#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#10: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Tris (pH 8-8.5), 18-22% PEG 6000, 100 mM NaCl and ethylene glycol (0.5-2%)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.565→112.091 Å / Num. obs: 42428 / % possible obs: 62.8 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 166083
反射 シェル解像度: 2.565→2.838 Å / % possible obs: 12.1 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.733 / Num. measured all: 8531 / Num. unique obs: 2121 / Rpim(I) all: 0.42 / Rrim(I) all: 0.847 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.565→58.41 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2642 2202 5.19 %
Rwork0.2138 --
obs0.2165 42417 62.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.565→58.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12781 0 329 16 13126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0514934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611991
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.565-2.620.661250.394395X-RAY DIFFRACTION2
2.62-2.680.3945210.4171333X-RAY DIFFRACTION8
2.68-2.750.4807340.3761578X-RAY DIFFRACTION15
2.75-2.820.3831340.3725815X-RAY DIFFRACTION20
2.82-2.910.2543350.35891054X-RAY DIFFRACTION26
2.91-30.3378730.35051413X-RAY DIFFRACTION35
3-3.110.38641120.35051908X-RAY DIFFRACTION48
3.11-3.230.36821280.33592735X-RAY DIFFRACTION68
3.23-3.380.37882030.28943324X-RAY DIFFRACTION83
3.38-3.560.35282310.26293863X-RAY DIFFRACTION98
3.56-3.780.30562430.23373989X-RAY DIFFRACTION100
3.78-4.070.24862810.1983942X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.480.23052350.1793977X-RAY DIFFRACTION99
4.48-5.130.2141540.17284075X-RAY DIFFRACTION100
5.13-6.460.25171860.20864032X-RAY DIFFRACTION100
6.46-58.410.22012270.18484082X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.06670.2023-0.45510.49470.74041.3977-0.2668-0.2403-0.4531-0.0041-0.5185-0.6810.56870.3147-0.09180.7521-0.03910.07020.84560.49040.809119.4563-21.020259.331
23.11110.8152-1.64091.8629-1.26812.0223-0.36520.0425-0.3811-0.18080.1232-0.28770.60660.0329-0.03360.17090.05340.02970.44360.10390.365639.6971-3.143843.3632
32.1417-0.3043-1.4212.3581-2.06813.17250.4006-0.19480.83361.2623-0.6375-0.908-1.24530.6470.89950.7742-0.3685-0.37171.00420.53330.932918.97757.353757.9132
42.14010.9816-0.85461.3107-1.33191.4377-0.28870.84450.2229-0.54340.33030.08210.3136-0.6209-0.27710.21070.07620.02260.53830.28450.416830.1019-0.576338.2787
52.07550.67220.29081.1548-0.7390.7972-0.02630.94740.0005-0.82150.35890.15230.5924-0.5847-0.29641.27260.12190.06821.24470.2580.5495-1.368434.392-16.0326
61.68430.74790.51962.7407-2.23842.6930.01330.70370.7372-0.16170.30660.4841-0.8012-0.774-0.27670.60270.15750.02950.89260.37020.6731-25.903334.27245.0448
71.3003-0.1849-0.15651.7755-0.30271.2197-0.09950.6433-0.3627-0.63360.20280.11290.0336-0.22210.08890.19480.01260.21880.3949-0.03190.1258-14.86617.11439.5709
82.0344-0.5082-0.3592.18440.75941.42670.00260.23170.467-0.3992-0.1006-0.1128-0.482-0.25720.11030.18840.1667-0.03910.43980.09250.30932.893537.080410.4756
91.80590.5454-0.81721.7023-0.71971.396-0.19250.4243-0.2218-0.43810.2171-0.04660.3754-0.3384-0.01040.29970.00780.07660.38140.03090.1862-8.218718.16829.1529
104.8663-2.3863-1.81768.94473.35647.0610.1797-0.5297-0.04530.1135-0.1711.1329-1.5592-1.4461-0.00830.73930.12150.02830.95180.03880.3563-15.0836-9.936983.3919
117.7919-2.70550.00154.16960.92368.7888-0.2744-0.05531.64071.09730.32750.7766-1.9205-2.4748-0.0741.37330.54430.11621.14420.33041.067-19.15761.811575.5646
120.3139-0.64220.77247.2946-0.9541.96590.24590.7810.08670.0612-0.2790.4912-1.1219-0.8528-0.24470.4852-0.0921-0.11060.94950.14770.3325-10.373-10.40572.0193
131.7284-0.20911.15422.0802-0.02322.6106-0.05050.3881-0.2119-0.3071-0.05930.46910.0791-0.8133-0.09170.5756-0.2087-0.19430.92870.02150.3135-7.0899-17.833669.5989
143.8367-1.5325-1.56084.8464-0.98894.0974-0.2440.4086-0.228-0.14-0.2149-0.0134-0.1452-0.13790.460.5093-0.2126-0.13010.56530.03290.2574-0.5941-17.54670.695
152.66364.42520.03557.46350.02790.0091-0.3318-0.06090.82690.4415-0.31862.3658-0.294-1.23580.42152.2699-0.21240.28362.4626-0.00981.3864-32.3476-6.326280.432
161.19980.34440.03522.7193-0.50475.93460.17730.08710.3725-0.1579-0.1452-0.6618-0.82240.72550.59551.2006-0.05230.67351.01250.51861.678335.108957.5261-11.2376
171.85750.1167-2.13570.28390.82568.31670.477-0.66770.0695-0.4878-0.4209-1.6408-0.42832.6747-0.09081.32110.04840.82081.44980.41112.149742.475756.9068-12.584
181.47363.0088-1.6447.8546-0.25567.49171.1252-1.17880.12851.1559-1.1792-0.1108-1.12510.24080.06561.34520.28540.44941.47160.33061.489135.945250.94381.6113
198.28155.1147-0.19413.1828-0.55427.7086-0.0182-0.03550.470.2385-0.21710.2706-0.74381.80650.21171.04480.13890.61851.20890.57651.739546.710245.7242-3.5107
200.5699-0.6903-0.25150.83230.29770.21140.13890.28530.1731-0.5631-0.2221-0.69340.18090.14320.33380.86650.34120.59580.6950.50741.083627.163343.6528-13.1594
213.6687-0.0267-0.86270.79340.49151.5986-0.42551.0478-0.2944-0.8635-0.0238-0.69030.2516-0.2711-0.42471.54240.28270.71411.17130.38231.10125.339939.2379-29.0449
223.71532.0078-2.32531.3672-1.33111.4746-0.04871.5499-0.0026-1.5014-0.2252-0.17770.8442-0.4934-0.01471.34170.46750.3421.03710.24340.703513.955841.7532-19.6817
230.1152-0.4384-0.72731.70012.74534.57750.3892-0.36340.2598-0.58450.0346-0.7486-0.63481.67630.06560.97710.19510.43731.29350.48721.0640.72850.7032-9.8626
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 129 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 130 through 293 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 294 through 431 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 432 through 614 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 20 through 129 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 130 through 194 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 195 through 293 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 294 through 387 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 388 through 614 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 335 through 364 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 365 through 393 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 394 through 409 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 410 through 479 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 480 through 516 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 517 through 527 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 331 through 353 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 354 through 364 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 365 through 377 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 378 through 393 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 394 through 459 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 460 through 479 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 480 through 506 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 507 through 527 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る