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- PDB-8vqm: Crystal structure of the A/Puerto Rico/8/1934 (H1N1) influenza vi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vqm
タイトルCrystal structure of the A/Puerto Rico/8/1934 (H1N1) influenza virus hemagglutinin in complex with small molecule 6R prime
要素(Hemagglutinin ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / H1N1 / Antibody / Hemagglutinin
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of HA trimer, NA tetramer and M2 tetramer from the endoplasmic reticulum to the Golgi Apparatus / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral mRNA Translation ...Transport of HA trimer, NA tetramer and M2 tetramer from the endoplasmic reticulum to the Golgi Apparatus / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral mRNA Translation / viral budding from plasma membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Lin, T.H. / Zhu, Y. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Ultrapotent influenza hemagglutinin fusion inhibitors developed through SuFEx-enabled high-throughput medicinal chemistry.
著者: Kitamura, S. / Lin, T.H. / Lee, C.D. / Takamura, A. / Kadam, R.U. / Zhang, D. / Zhu, X. / Dada, L. / Nagai, E. / Yu, W. / Yao, Y. / Sharpless, K.B. / Wilson, I.A. / Wolan, D.W.
履歴
登録2024年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0336
ポリマ－61,2712
非ポリマー1,7624
水2,576143
1
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 315 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,16430
ポリマ－306,35610
非ポリマー8,80820
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
Buried area35090 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area62530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.471, 159.471, 159.471
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-404-

HOH

21B-431-

HOH

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要素

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Hemagglutinin ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 36164.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: P03452
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 25106.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: P03452

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糖 , 3種, 3分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 144分子

#6: 化合物 ChemComp-A1ADU / (S~1~S,3R)-N-{3,5-dichloro-4-[(2S)-2-phenylmorpholine-4-carbonyl]phenyl}-3-(dimethylamino)pyrrolidine-1-sulfonimidoyl fluoride


分子量: 529.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27Cl2FN4O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris, 1M Lithium Chloride, 20% PEG6000, PH8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→37.6 Å / Num. obs: 33940 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.8 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.23 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.29 Å / Num. unique obs: 33761 / CC1/2: 0.31 / Rpim(I) all: 0.72 / Rrim(I) all: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.21→37.59 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2305 1742 5.13 %
Rwork0.1901 --
obs0.1921 33940 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→37.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3922 0 115 143 4180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034131
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5825599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.13593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044612
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003721
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.21-2.270.3521350.29572694X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.340.30331680.27692612X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.430.31991620.27532649X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.520.33171320.25072669X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.640.30271280.22122723X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.780.2861410.24012650X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.950.28621490.21432683X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.180.28831480.22312678X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.50.22711500.19872660X-RAY DIFFRACTION100
3.5-4.010.1981290.16942730X-RAY DIFFRACTION100
4.01-5.040.17781360.14872666X-RAY DIFFRACTION98
5.05-37.590.1941640.1622784X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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