PDB-8vqf: X-ray crystal structure of natural Can f 1 in complex with human ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vqf

タイトル

X-ray crystal structure of natural Can f 1 in complex with human IgE 1J11 Fab

要素

IgE 1J11 Heavy chain
IgE 1J11 Light chain
Major allergen Can f 1

キーワード

ALLERGEN/IMMUNE SYSTEM / allergen-antibody complex / dog allergen Can f 1 / anti Can f 1 antibody / human IgE bound to Can f 1 / ALLERGEN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

von Ebner's gland protein/ Bos/Can allergen / Lipocalin / small molecule binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / extracellular space / Major allergen Can f 1

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Canis lupus familiaris (イヌ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.109 Å

データ登録者

Khatri, K. / Ball, A. / Richardson, C.M. / Smith, S.A. / Champan, M.D. / Pomes, A. / Chruszcz, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Human IgE monoclonal antibodies define two unusual epitopes trapping dog allergen Can f 1 in different conformations.
著者: Khatri, K. / Ball, A. / Glesner, J. / Linn, C. / Vailes, L.D. / Wunschmann, S. / Gabel, S.A. / Zhang, J. / Peebles Jr., R.S. / Borowski, T. / Mueller, G.A. / Chapman, M.D. / Smith, S.A. / Pomes, A. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2024年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vqf.cif.gz	306.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vqf.ent.gz	194 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vqf_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vqf_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8vqf_validation.xml.gz	25.1 KB	表示
CIF形式データ	8vqf_validation.cif.gz	32.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vqgC 9npgC 9nphC 9npiC 7mlhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: IgE 1J11 Light chain

B: IgE 1J11 Heavy chain

C: Major allergen Can f 1

ヘテロ分子

67 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.758, 154.758, 89.415
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体	IgE 1J11 Light chain 分子量: 22717.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	IgE 1J11 Heavy chain 分子量: 25320.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 C

#3: タンパク質

Major allergen Can f 1 / Allergen Dog 1

分子量: 17340.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: O18873

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 15分子

#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8 / PH範囲: 4.5-8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→40 Å / Num. obs: 22392 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.16 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.168 / R_sym value: 0.16 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 11 % / R_merge(I) obs: 1.079 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1096 / CC_1/2: 0.89 / CC star: 0.97 / R_pim(I) all: 0.339 / R_rim(I) all: 1.132 / R_sym value: 1.079 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 7MLH

7mlh

解像度: 3.109→39.964 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / WR_factor R_free: 0.245 / WR_factor R_work: 0.224 / SU B: 58.527 / SU ML: 0.407 / Average fsc free: 0.9385 / Average fsc work: 0.9443 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.877 / ESU R Free: 0.388 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2681	1166	5.211 %
R_work	0.2479	21211	-
all	0.249	-	-
obs	-	22377	99.347 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 181.996 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.54 Å²	0.77 Å²	0 Å²
2-	-	1.54 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.996 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.109→39.964 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4324	0	88	3	4415

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	4504
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4050
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.938	1.806	6158
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.049	1.73	9357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.086	5	576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	2.43	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.581	10	671
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11.908	10	171
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.039	0.2	714
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	5251
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	971
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	813
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.219	0.2	3923
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	2196
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.095	0.2	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.028	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.104	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.052	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.665	13.382	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.665	13.382	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.937	24.05	2888
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.936	24.052	2889
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.133	14.398	2188
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.194	13.785	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.425	26.294	3270
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.526	25.228	3199
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	18.763	127.086	4711
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	18.761	127.088	4712

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.109-3.189	0.433	75	0.43	1470	0.43	1661	0.874	0.853	93.0163	0.347
3.189-3.276	0.384	108	0.392	1467	0.391	1575	0.868	0.874	100	0.308
3.276-3.37	0.342	83	0.339	1459	0.339	1545	0.898	0.905	99.8058	0.277
3.37-3.473	0.343	66	0.306	1434	0.308	1500	0.909	0.929	100	0.244
3.473-3.586	0.271	83	0.277	1393	0.276	1476	0.947	0.947	100	0.219
3.586-3.711	0.279	64	0.272	1357	0.272	1422	0.949	0.949	99.9297	0.229
3.711-3.85	0.323	61	0.248	1295	0.251	1356	0.938	0.957	100	0.204
3.85-4.006	0.272	77	0.219	1227	0.222	1304	0.957	0.967	100	0.179
4.006-4.182	0.269	66	0.211	1244	0.214	1310	0.96	0.97	100	0.175
4.182-4.383	0.202	57	0.194	1133	0.194	1197	0.973	0.975	99.4152	0.167
4.383-4.617	0.171	55	0.169	1106	0.169	1161	0.982	0.983	100	0.143
4.617-4.893	0.218	59	0.182	1027	0.183	1086	0.968	0.98	100	0.161
4.893-5.226	0.262	61	0.205	984	0.208	1045	0.964	0.976	100	0.188
5.226-5.636	0.206	52	0.224	921	0.223	973	0.975	0.972	100	0.202
5.636-6.162	0.247	31	0.232	863	0.232	894	0.97	0.967	100	0.217
6.162-6.869	0.341	37	0.256	799	0.259	838	0.927	0.957	99.7613	0.243
6.869-7.893	0.341	37	0.247	674	0.251	711	0.935	0.961	100	0.248
7.893-9.574	0.225	34	0.235	590	0.234	624	0.984	0.973	100	0.249
9.574-13.167	0.257	46	0.235	461	0.237	507	0.971	0.98	100	0.241
13.167-39.964	0.273	14	0.42	306	0.412	324	0.98	0.906	98.7654	0.456

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1454	1.3868	-0.5579	0.3364	0.0498	3.6343	0.0653	-0.4067	0.2122	0.014	-0.11	0.1092	0.264	0.2773	0.0447	0.9021	-0.1409	0.0766	0.3381	0.0357	0.3968	-83.4224	22.6422	21.3494
2	3.0126	-2.3241	-1.726	6.703	1.2131	1.171	0.2702	-0.0997	0.1329	0.6708	-0.2237	0.0332	0.3518	0.0748	-0.0465	1.7678	-0.0591	0.07	0.087	0.0011	0.0238	-92.0177	-7.0565	15.9446
3	1.9598	1.3715	-1.858	2.5653	0.086	3.4058	-0.3809	-0.2071	-0.0896	-0.3925	0.0567	0.1612	0.3916	0.84	0.3242	0.9174	0.0594	0.1543	0.5544	0.0535	0.3001	-68.5839	19.0553	6.0688
4	6.5325	3.3456	0.158	2.2468	1.5813	4.8808	0.0933	0.0829	-0.3622	0.0379	-0.1665	-0.0758	-0.8358	-0.4409	0.0732	1.3453	0.0659	0.1117	0.1908	-0.152	0.1634	-94.6982	-8.4835	-0.4173
5	4.3016	4.6775	-1.0894	5.092	-1.1749	0.3553	0.0654	-0.0426	0.3979	0.0435	0.0101	0.4112	0.0221	0.2448	-0.0755	0.4379	-0.341	0.1155	1.2039	0.0139	0.1976	-54.9861	43.0014	19.5259
6	10.786	1.4578	-3.8639	0.3404	0.0876	4.2243	-0.2521	-0.2381	-0.3785	0.0537	0.1412	-0.0004	0.6048	0.6643	0.1109	0.621	-0.087	0.0424	0.8219	-0.0084	0.3877	-52.1297	34.0867	18.9479
7	0.6948	1.2847	-0.5723	3.0958	0.9181	6.2082	0.0165	-0.0179	0.149	0.0035	0.0856	0.1813	-0.1024	0.3351	-0.1021	0.3297	-0.377	0.0067	0.8825	0.0819	0.3225	-54.0597	44.7288	23.5393
8	1.6806	0.3703	1.5837	7.4023	1.2676	4.5386	-0.2672	0.3063	0.4693	-0.2771	-0.1741	0.1158	-0.2721	0.7388	0.4413	0.3724	-0.3083	0.0242	0.9074	0.1676	0.2115	-47.1966	50.7313	16.2935

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	2 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	107 - 211

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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