PDB-8vq8: Immune receptor complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vq8

タイトル

Immune receptor complex

要素

(T cell receptor - LCK1-1 ...) x 2
H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
Nucleoprotein,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / peptide HLA complex / IMMUNE SYSTEM-VIRAL peptide complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / protein antigen binding / positive regulation of T cell differentiation / helical viral capsid / antigen processing and presentation / response to type II interferon ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Chaurasia, P. / Littler, D.R. / La Gruta, N. / Rossjohn, J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: NP-LCK1-1TCR-MHC complex
著者: Zhang, J.B. / Chaurasia, P. / Littler, D.R. / La Gruta, N. / Rossjohn, J.

履歴

登録	2024年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vq8.cif.gz	404.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vq8.ent.gz	275 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vq8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vq8	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (7) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (7) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (7) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (7)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (7)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (7)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (7)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (7)

登録構造単位

A: T cell receptor - LCK1-1 TRAV6-5 alpha chain

B: T cell receptor - LCK1-1 TRBV1 Beta chain

C: H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain

D: Nucleoprotein,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain

ヘテロ分子

99.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	197.604, 197.604, 79.331
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3
Space group name Hall	R3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #7: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

-
T cell receptor - LCK1-1 ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	T cell receptor - LCK1-1 TRAV6-5 alpha chain 分子量: 22889.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	T cell receptor - LCK1-1 TRBV1 Beta chain 分子量: 27806.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質 , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質	H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain / IAalpha 分子量: 21204.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Expression tag on C terminal residue 181-188 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Aa / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P14434
#4: タンパク質	Nucleoprotein,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain / Nucleocapsid protein / Protein N 分子量: 26266.168 Da / 分子数: 1 / Fragment: 311-325 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Residue -25 to -11 (1-15 aligned sequence) QVYSLIRPNENPAHK- NP311-325, Flu peptide sequence. Residue GSGGSIEGRGGSGASGDS (16-34 aligned sequence) is unique peptide linker sequence from ...詳細: Residue -25 to -11 (1-15 aligned sequence) QVYSLIRPNENPAHK- NP311-325, Flu peptide sequence. Residue GSGGSIEGRGGSGASGDS (16-34 aligned sequence) is unique peptide linker sequence from construct, not present in electron density.,Residue -25 to -11 (1-15 aligned sequence) QVYSLIRPNENPAHK- NP311-325, Flu peptide sequence. Residue GSGGSIEGRGGSGASGDS (16-34 aligned sequence) is unique peptide linker sequence from construct, not present in electron density. 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 遺伝子: NP, H2-Ab1, H2-iabeta / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P69296, UniProt: P14483

#3: タンパク質

H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain / IAalpha

分子量: 21204.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Expression tag on C terminal residue 181-188 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Aa / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P14434

#4: タンパク質

Nucleoprotein,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain / Nucleocapsid protein / Protein N

分子量: 26266.168 Da / 分子数: 1 / Fragment: 311-325 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residue -25 to -11 (1-15 aligned sequence) QVYSLIRPNENPAHK- NP311-325, Flu peptide sequence. Residue GSGGSIEGRGGSGASGDS (16-34 aligned sequence) is unique peptide linker sequence from ...
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス), (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: NP, H2-Ab1, H2-iabeta / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P69296, UniProt: P14483

-
糖 , 1種, 1分子

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 374分子

#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.76 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 0.1 M SPG pH 8.2, 5.0 %w/v PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→49.4 Å / Num. obs: 76994 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / B_iso Wilson estimate: 40.37 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.1159 / R_pim(I) all: 0.04327 / R_rim(I) all: 0.1238 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.01→2.05 Å / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 1.296 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4527 / CC_1/2: 0.609 / R_pim(I) all: 0.454 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.01→49.4 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.5118
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2151	3840	4.99 %
R_work	0.1866	73136	-
obs	0.1881	76976	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→49.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6101	0	74	359	6534

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0072	6422
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8359	8743
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0571	953
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0068	1141
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.5292	2278

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.03	0.3285	130	0.2976	2694	X-RAY DIFFRACTION	97.68
2.03-2.06	0.2889	128	0.2754	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.09	0.2673	156	0.2589	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.09-2.12	0.2915	137	0.2421	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.15	0.2865	156	0.2346	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.18	0.2637	161	0.2283	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.18-2.22	0.2845	137	0.2168	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.26	0.2415	155	0.2121	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.26-2.3	0.2611	142	0.2177	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.3-2.34	0.2565	122	0.2086	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.34-2.39	0.2635	147	0.2226	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.39-2.44	0.2588	157	0.2158	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.44-2.5	0.258	148	0.2219	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.56	0.2567	152	0.2156	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.63	0.2674	134	0.2069	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.63-2.71	0.2323	121	0.1993	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.8	0.2226	108	0.2052	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.9	0.2547	133	0.2024	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.01	0.2353	121	0.2	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.01-3.15	0.2321	154	0.2061	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.32	0.2236	148	0.1902	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.52	0.2217	163	0.1818	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.8	0.196	155	0.1706	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.18	0.1696	166	0.1624	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-4.78	0.147	125	0.1404	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
4.78-6.02	0.192	167	0.157	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
6.02-49.4	0.2145	117	0.1835	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.19005716477	2.99468588868	3.19190451699	4.63669469313	3.53165257635	6.10221557505	-0.133888213072	-0.353982967346	0.0230076985461	-0.196953218462	-0.148366986808	0.227355544906	-0.364580112952	-0.598199004624	0.36087106535	0.190952408308	0.0518096087047	0.0180289013339	0.45504716036	-0.0708339068632	0.40929571785	59.0413837772	-66.5956747911	-52.0446793353
2	7.96614434543	2.44935927246	0.757293501248	0.765478430343	0.106474559778	1.52000795244	0.722620767233	-0.335581993477	2.1284463571	-0.085422780702	-0.183923032786	-1.19105656443	-0.592331571306	0.525878384217	-0.576364173373	0.323583166078	-0.0461344778254	0.068954837319	0.609181363083	-0.154976322395	0.860997231686	78.9250356933	-59.0532660924	-43.8537613753
3	3.702875143	-0.363049374518	0.104783950795	2.03253926344	0.200774913467	1.58398226912	-0.0555600672284	-0.266942047502	-0.532782490807	0.124671262124	0.122750205943	0.0625897823303	0.162954535618	0.202084398475	-0.0198537439568	0.223341851242	0.0623380245231	0.0342044747116	0.347549074514	0.0379564582921	0.338612438847	62.0105062021	-73.7567897593	-44.3868261888
4	3.66279268875	-5.03760669088	1.36797300049	7.13149373747	-1.53234543935	1.02598930656	-0.318275910497	-0.532154978298	-1.09457503375	0.604799551216	-0.202145384659	-0.453535171727	0.61734198314	0.790249731531	0.483448986286	0.640593679165	0.298262459532	0.0541109608219	0.54332583757	0.00832658792823	1.66878182885	68.0192757356	-97.4374539765	-52.4822151044
5	0.0978566882404	-0.296812186993	-0.514492436199	2.21408725782	0.888148250164	2.7855233989	-0.152345543526	-0.356284663244	-1.68717463982	0.0162144848794	0.0825522294817	0.00427436650718	0.760449275515	0.247655345814	0.173078704251	0.597189965598	0.169724367603	-0.0150067129684	0.533325549813	-0.0709486009067	1.38350880264	65.8062799453	-95.0875426543	-55.4848793397
6	5.92544012253	-2.95198407634	0.78060202989	4.49042293758	-0.485414151151	1.84912575347	0.00969549573448	-0.184777582872	-0.298294205595	0.0853973381181	0.169911298939	0.454268225067	-0.053777018551	-0.247360495365	-0.165116512857	0.200025297204	0.00175583112742	0.0356258904762	0.343092378008	0.0194771069388	0.321789925936	39.1161240396	-53.5567541128	-53.4889828394
7	1.17433681737	-0.192107410194	0.826193758816	0.440123038489	-0.932666018101	2.64138819313	-0.464181756167	-0.239986563228	0.22494197683	0.735097404601	0.354397727264	0.170367327877	-1.56925228466	-0.587348230411	0.146211049662	1.05909527387	0.296758968022	-0.0090805084756	0.504978301803	-0.0304326894073	0.409504137896	28.9889412804	-26.3222004525	-63.4770911342
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9	4.94494166598	-1.61379676143	0.797703279811	4.81299228965	-3.0421771253	5.82650486678	-0.106062968136	-0.314712236653	0.213551682815	0.311253545871	0.107904806822	0.054739267221	-0.424869285411	-0.20212341155	-0.0571802967702	0.241411435273	-0.0205045677236	0.0360391318118	0.29456318767	-0.0701308662316	0.345425459519	54.6360895017	-46.5546896502	-53.7111378539
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12	4.96533173746	-3.40291930363	-1.55980061343	8.32047167556	6.63185700255	7.95676647493	-0.518171284269	0.380303863024	1.44934247743	1.19627695353	0.273456393529	-1.3618481009	-0.423661811232	1.20888094172	-1.01273039369	1.25588884476	-0.400432899122	-0.498590300745	0.867413475004	0.243175640197	0.906136238891	50.7598106396	-18.4068361765	-69.1780469935
13	6.15844563844	6.21803815014	-1.22932647537	8.4848704428	-1.01513944125	2.05033635498	-0.084097610892	-0.214918319098	-0.541837671143	-0.0794137844487	-0.00673455912182	-0.513508424433	0.0391601768432	0.233281430183	0.141991907297	0.191809050992	0.0933314778967	0.0496986115524	0.389055516378	-0.0182137590943	0.390700890686	69.416067431	-72.187253534	-48.4818196314
14	5.07460988704	-0.208038290082	1.26665484423	4.8166759876	0.399972753472	1.8317723787	0.0869162501872	0.795524781447	-0.497570442751	-0.328251509112	0.0264338951538	-0.179157061783	0.20561200359	0.390235726737	-0.11783375393	0.272809202323	0.104745880111	0.0237628703959	0.513138200596	-0.105852149563	0.326399001674	66.470312092	-73.427455333	-60.6647108396
15	7.77531930802	5.55085783388	6.01592552393	7.88977232327	5.07413216978	4.86797809763	0.134890145421	-0.055843479786	0.63416535097	0.337537680529	-0.0568250096127	-0.0422608818992	-0.0766031441742	0.541389838527	-0.069820434741	0.242973233745	-0.0149802341702	0.0734139561176	0.456681445029	-0.0531429589831	0.382824400478	71.4098695323	-58.5295911979	-48.3206139805
16	3.81198411218	-1.09296696877	0.0378705296756	5.33084876937	2.24649522146	3.29956165144	0.160870801837	0.327565959257	-0.740308454893	0.392871242378	-0.397565198199	0.128558133751	0.607678175036	0.0196332760499	0.277616372356	0.279287541075	0.121191527373	0.0463642304662	0.625561602868	-0.148518853971	0.65197300945	83.0793880696	-83.4727466112	-54.4058081363
17	1.94453921965	-2.441022837	-1.9834017527	5.11870891913	2.11119344862	2.15725110241	0.31591314328	0.636649473726	-0.377205188194	-0.47293769234	-0.448891552484	-0.155623458857	-0.102348428001	0.13143364835	0.106116637109	0.254634313045	0.166834937344	-0.020401034624	0.63502648054	-0.077369777275	0.460453439555	86.7307344258	-77.6458992225	-56.7051704721
18	5.91830539027	-5.33482035601	-1.86915245628	6.92555389932	4.48706261203	4.46389499301	0.220358407372	0.722989551806	-0.375650232602	-0.272726995789	-0.453020074197	0.181029112976	-0.215311300904	-0.421621619714	0.28764932386	0.248139605093	0.0615099923172	0.0126192682238	0.464618570348	-0.0504863985225	0.432625420942	81.188893429	-79.1296062605	-56.9632112343
19	3.9262153279	-1.28031974353	-3.42985088395	2.63861746268	1.66199641749	3.6905931523	-0.0721300973563	0.797471244986	-0.563392006318	-0.565448923934	-0.512971076296	0.567856811098	0.165563792865	0.255548917895	0.580217717918	0.425947584649	0.277864138289	-0.0434200648446	0.850698665808	-0.24130406559	0.689604753585	87.432808966	-87.7829284709	-64.5467002716
20	4.55408438936	-4.08391452372	-2.14623571877	3.91301384667	1.29870096007	2.41470870236	-0.179529154321	0.407203587957	-0.353863792749	0.376139125699	0.184419560759	-0.291559781224	0.437537356062	0.522130548523	0.0490452762512	0.316762913151	0.23383337977	0.0136607728027	0.818128023836	-0.170517918372	0.650320412163	91.5360061455	-86.0092628001	-55.7028731626

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'D' and (resid -25 through -16 )	D	P	-25 - -16	1 - 10
2	2	chain 'D' and (resid -15 through 5 )	D	P	-15 - 5	11 - 18
3	3	chain 'D' and (resid 6 through 120 )	D	P	6 - 120	19 - 118
4	4	chain 'D' and (resid 121 through 142 )	D	P	121 - 142	119 - 126
5	5	chain 'D' and (resid 143 through 185 )	D	P - Q	143 - 301	127
6	6	chain 'A' and (resid 1 through 112 )	A	A	1 - 112	1 - 98
7	7	chain 'A' and (resid 113 through 204 )	A	A	113 - 204	99 - 190
8	8	chain 'B' and (resid 1 through 107 )	B	F	1 - 107	1 - 94
9	9	chain 'B' and (resid 108 through 122 )	B	F	108 - 122	95 - 109
10	10	chain 'B' and (resid 123 through 200 )	B	F	123 - 200	110 - 187
11	11	chain 'B' and (resid 201 through 213 )	B	F	201 - 213	188 - 200
12	12	chain 'B' and (resid 214 through 243 )	B	F	214 - 243	201 - 229
13	13	chain 'C' and (resid 1 through 20 )	C	I	1 - 20	1 - 20
14	14	chain 'C' and (resid 21 through 57 )	C	I	21 - 57	21 - 57
15	15	chain 'C' and (resid 58 through 78 )	C	I	58 - 78	58 - 78
16	16	chain 'C' and (resid 79 through 112 )	C	I	79 - 112	79 - 112
17	17	chain 'C' and (resid 113 through 125 )	C	I	113 - 125	113 - 125
18	18	chain 'C' and (resid 126 through 148 )	C	I	126 - 148	126 - 148
19	19	chain 'C' and (resid 149 through 168 )	C	I	149 - 168	149 - 168
20	20	chain 'C' and (resid 169 through 186 )	C	I	169 - 186	169 - 186

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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