PDB-8vq7: hCA-II-apo structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vq7

タイトル

hCA-II-apo structure

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE/INHIBITOR / Carbonic Anhydrase II / human Carbonic anhydrase II / carbon anhydrase / Two pockets bound / binding pocket / binding pockets / active site / small molecule / bivalent / complex / protein ligand complex / protein inhibition / inhibitor / binder / nano molar binder / nano molar inhibitor / PROTEIN BINDING / 4-(2-Aminoethyl)benzenesulfonamide / secondary binding site / ZYX / LYASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.409 Å

データ登録者

Ismail, M.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: SBDD of Carbonic Anhydrase II Inhibitors
著者: Ismail, M.M.

履歴

登録	2024年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vq7.cif.gz	167.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vq7.ent.gz	99.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vq7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vq7_validation.pdf.gz	415.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vq7_full_validation.pdf.gz	415.9 KB	表示
XML形式データ	8vq7_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	8vq7_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vq7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vq7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vq5C 8vq6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.431, 41.283, 72.758
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.378, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.1 M Malonate, Tris, pH 8.5 / Temp details: Room Temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.409→41.28 Å / Num. obs: 46783 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.948 / R_merge(I) obs: 0.177 / R_pim(I) all: 0.103 / R_rim(I) all: 0.206 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 1.41→1.43 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 2175 / CC_1/2: 0.18 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.409→41.136 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.128 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.058 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1724	2280	4.888 %
R_work	0.1334	44361	-
all	0.135	-	-
obs	-	46641	98.465 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.543 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.227 Å²	-0 Å²	0.466 Å²
2-	-	-0.64 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.439 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.409→41.136 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	1	307	2357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	2161
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.651	1.651	2947
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.59	1.588	4649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.829	5	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.858	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.44	10	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.649	10	103
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2496
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	480
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	976
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.185	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.107	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.166	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.158	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.109	1.268	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.108	1.267	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.64	2.29	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.639	2.292	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.363	1.498	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.363	1.502	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.844	2.627	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.844	2.63	1638
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.675	18.695	2442
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.914	15.696	2358
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.52	3	4159

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.409-1.446	0.225	167	0.169	3068	0.172	3462	0.972	0.985	93.4431	0.15
1.446-1.485	0.234	167	0.14	3102	0.144	3378	0.968	0.989	96.7732	0.126
1.485-1.528	0.177	151	0.121	3084	0.123	3305	0.983	0.992	97.882	0.11
1.528-1.575	0.183	156	0.123	3002	0.126	3204	0.977	0.99	98.5643	0.114
1.575-1.627	0.152	156	0.101	2897	0.104	3090	0.987	0.992	98.8026	0.095
1.627-1.684	0.162	137	0.103	2854	0.106	3015	0.981	0.991	99.204	0.098
1.684-1.747	0.168	140	0.111	2717	0.113	2900	0.983	0.99	98.5172	0.108
1.747-1.819	0.167	119	0.113	2655	0.116	2806	0.973	0.99	98.8596	0.115
1.819-1.899	0.156	109	0.117	2527	0.118	2669	0.978	0.99	98.7636	0.122
1.899-1.992	0.151	115	0.124	2412	0.125	2572	0.978	0.988	98.2504	0.131
1.992-2.099	0.145	146	0.114	2288	0.116	2437	0.987	0.99	99.8769	0.123
2.099-2.226	0.144	116	0.106	2191	0.108	2311	0.987	0.993	99.8269	0.12
2.226-2.379	0.153	105	0.113	2092	0.115	2198	0.987	0.992	99.9545	0.132
2.379-2.569	0.166	106	0.132	1930	0.134	2041	0.982	0.988	99.755	0.156
2.569-2.813	0.197	68	0.135	1798	0.137	1872	0.975	0.987	99.6795	0.162
2.813-3.144	0.154	84	0.153	1603	0.153	1700	0.984	0.985	99.2353	0.189
3.144-3.626	0.259	69	0.159	1424	0.164	1501	0.922	0.98	99.467	0.191
3.626-4.433	0.163	78	0.143	1208	0.144	1293	0.983	0.984	99.4586	0.176
4.433-6.233	0.179	58	0.177	952	0.178	1011	0.985	0.978	99.9011	0.216
6.233-41.136	0.163	33	0.211	557	0.208	592	0.982	0.968	99.6622	0.258

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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