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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vq5 | ||||||
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タイトル | hCA-II-Bivalent compound bound complex EthylUreadibenzensulfonamide | ||||||
![]() | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
![]() | LYASE/INHIBITOR / Carbonic Anhydrase II / human Carbonic anhydrase II / carbon anhydrase / Two pockets bound / binding pocket / binding pockets / active site / small molecule / bivalent / urea / complex / protein ligand complex / protein inhibition / inhibitor / binder / nano molar binder / nano molar inhibitor / PROTEIN BINDING / LYASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of intracellular pH / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ismail, M.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: SBDD of Carbonic Anhydrase II Inhibitors 著者: Ismail, M.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 167.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 981.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 982.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8vq6C ![]() 8vq7C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29159.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase, cyanamide hydratase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-A1ADH / 分子量: 426.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22N4O5S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
#4: 化合物 | ChemComp-ZYX / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.64 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.1 M Malonate, Tris, pH 8.5 / Temp details: Room Temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97937 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.33→29.11 Å / Num. obs: 38694 / % possible obs: 69.8 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.03 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1400 / CC1/2: 0.921 / Rpim(I) all: 0.181 / % possible all: 55.35 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.189 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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