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- PDB-8vq5: hCA-II-Bivalent compound bound complex EthylUreadibenzensulfonamide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vq5
タイトルhCA-II-Bivalent compound bound complex EthylUreadibenzensulfonamide
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE/INHIBITOR / Carbonic Anhydrase II / human Carbonic anhydrase II / carbon anhydrase / Two pockets bound / binding pocket / binding pockets / active site / small molecule / bivalent / urea / complex / protein ligand complex / protein inhibition / inhibitor / binder / nano molar binder / nano molar inhibitor / PROTEIN BINDING / LYASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of intracellular pH / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 4-(2-AMINOETHYL)BENZENESULFONAMIDE / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ismail, M.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: SBDD of Carbonic Anhydrase II Inhibitors
著者: Ismail, M.M.
履歴
登録2024年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8524
ポリマ-29,1601
非ポリマー6923
3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.420, 41.300, 72.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide ...Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide hydratase CA2


分子量: 29159.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase, cyanamide hydratase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 化合物 ChemComp-A1ADH / 4,4'-[carbonylbis(azanediylethane-2,1-diyl)]di(benzene-1-sulfonamide)


分子量: 426.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C17H22N4O5S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZYX / 4-(2-AMINOETHYL)BENZENESULFONAMIDE / P-AMINOETHYL BENZENESULFONAMIDE / 4-(2-アミノエチル)ベンゼンスルホンアミド


分子量: 200.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H12N2O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.1 M Malonate, Tris, pH 8.5 / Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→29.11 Å / Num. obs: 38694 / % possible obs: 69.8 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.03 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1400 / CC1/2: 0.921 / Rpim(I) all: 0.181 / % possible all: 55.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0411精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→29.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 3.528 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.067 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.159 1683 4.799 %
Rwork0.1239 33390 -
all0.126 --
obs-35073 89.445 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 19.189 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.518 Å2-0 Å22.951 Å2
2---2.988 Å2-0 Å2
3---0.822 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2063 0 42 221 2326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0122207
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6731.6433006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6011.6114706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6895270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.61657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.43210362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.93510101
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02500
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2010.21827
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21038
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0870.21080
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0530.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2670.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2260.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2320.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2471.8251050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.241.8251050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6343.2981315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6343.2991316
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7332.1471157
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7322.1481158
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2173.7871686
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2163.7881687
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.25622.8072460
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.25722.7972458
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.50234235
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.5390.237650.1931400X-RAY DIFFRACTION50.587
1.539-1.5810.234930.1731556X-RAY DIFFRACTION58.935
1.581-1.6270.196850.1541833X-RAY DIFFRACTION71.1953
1.627-1.6760.1931010.1372133X-RAY DIFFRACTION84.1748
1.676-1.7310.2021210.1232396X-RAY DIFFRACTION98.2052
1.731-1.7920.1331010.1062397X-RAY DIFFRACTION99.5219
1.792-1.8590.17960.0952270X-RAY DIFFRACTION98.7891
1.859-1.9350.1471000.12144X-RAY DIFFRACTION97.8204
1.935-2.020.1711110.1082099X-RAY DIFFRACTION98.8372
2.02-2.1190.1581260.1091981X-RAY DIFFRACTION99.5276
2.119-2.2320.131940.1051908X-RAY DIFFRACTION99.602
2.232-2.3670.146920.1041763X-RAY DIFFRACTION97.0188
2.367-2.5290.16980.1211699X-RAY DIFFRACTION99.7225
2.529-2.730.136590.1211609X-RAY DIFFRACTION99.5821
2.73-2.9880.181760.1271469X-RAY DIFFRACTION98.7852
2.988-3.3360.139650.1291317X-RAY DIFFRACTION98.363
3.336-3.8440.152540.1211183X-RAY DIFFRACTION98.8019
3.844-4.6880.147630.123981X-RAY DIFFRACTION97.8444
4.688-6.5450.152550.152791X-RAY DIFFRACTION100
6.545-29.110.189280.198456X-RAY DIFFRACTION96.4143

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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