PDB-8vq5: hCA-II-Bivalent compound bound complex EthylUreadibenzensulfonamide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vq5

タイトル

hCA-II-Bivalent compound bound complex EthylUreadibenzensulfonamide

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE/INHIBITOR / Carbonic Anhydrase II / human Carbonic anhydrase II / carbon anhydrase / Two pockets bound / binding pocket / binding pockets / active site / small molecule / bivalent / urea / complex / protein ligand complex / protein inhibition / inhibitor / binder / nano molar binder / nano molar inhibitor / PROTEIN BINDING / LYASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Ismail, M.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: SBDD of Carbonic Anhydrase II Inhibitors
著者: Ismail, M.M.

履歴

登録	2024年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vq5.cif.gz	167.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vq5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vq5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vq5_validation.pdf.gz	981.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vq5_full_validation.pdf.gz	982.5 KB	表示
XML形式データ	8vq5_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	8vq5_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vq5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vq5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vq6C 8vq7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.420, 41.300, 72.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.600, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide ...Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide hydratase CA2 分子量: 29159.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase, cyanamide hydratase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-A1ADH / 4,4'-[carbonylbis(azanediylethane-2,1-diyl)]di(benzene-1-sulfonamide) 分子量: 426.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₂N₄O₅S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZYX / 4-(2-AMINOETHYL)BENZENESULFONAMIDE / P-AMINOETHYL BENZENESULFONAMIDE 分子量: 200.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₂N₂O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.1 M Malonate, Tris, pH 8.5 / Temp details: Room Temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.33→29.11 Å / Num. obs: 38694 / % possible obs: 69.8 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.03 % / R_merge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1400 / CC_1/2: 0.921 / R_pim(I) all: 0.181 / % possible all: 55.35

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→29.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 3.528 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.067 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.159	1683	4.799 %
R_work	0.1239	33390	-
all	0.126	-	-
obs	-	35073	89.445 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.189 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.518 Å²	-0 Å²	2.951 Å²
2-	-	-2.988 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.822 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2063	0	42	221	2326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.673	1.643	3006
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.601	1.611	4706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.689	5	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.616	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.432	10	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.935	10	101
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	307
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2598
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	500
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	373
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	1827
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.053	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.267	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.232	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.247	1.825	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.24	1.825	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.634	3.298	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.634	3.299	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.733	2.147	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.732	2.148	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.217	3.787	1686
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.216	3.788	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.256	22.807	2460
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.257	22.797	2458
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.502	3	4235

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.237	65	0.193	1400	X-RAY DIFFRACTION	50.587
1.539-1.581	0.234	93	0.173	1556	X-RAY DIFFRACTION	58.935
1.581-1.627	0.196	85	0.154	1833	X-RAY DIFFRACTION	71.1953
1.627-1.676	0.193	101	0.137	2133	X-RAY DIFFRACTION	84.1748
1.676-1.731	0.202	121	0.123	2396	X-RAY DIFFRACTION	98.2052
1.731-1.792	0.133	101	0.106	2397	X-RAY DIFFRACTION	99.5219
1.792-1.859	0.17	96	0.095	2270	X-RAY DIFFRACTION	98.7891
1.859-1.935	0.147	100	0.1	2144	X-RAY DIFFRACTION	97.8204
1.935-2.02	0.171	111	0.108	2099	X-RAY DIFFRACTION	98.8372
2.02-2.119	0.158	126	0.109	1981	X-RAY DIFFRACTION	99.5276
2.119-2.232	0.131	94	0.105	1908	X-RAY DIFFRACTION	99.602
2.232-2.367	0.146	92	0.104	1763	X-RAY DIFFRACTION	97.0188
2.367-2.529	0.16	98	0.121	1699	X-RAY DIFFRACTION	99.7225
2.529-2.73	0.136	59	0.121	1609	X-RAY DIFFRACTION	99.5821
2.73-2.988	0.181	76	0.127	1469	X-RAY DIFFRACTION	98.7852
2.988-3.336	0.139	65	0.129	1317	X-RAY DIFFRACTION	98.363
3.336-3.844	0.152	54	0.121	1183	X-RAY DIFFRACTION	98.8019
3.844-4.688	0.147	63	0.123	981	X-RAY DIFFRACTION	97.8444
4.688-6.545	0.152	55	0.152	791	X-RAY DIFFRACTION	100
6.545-29.11	0.189	28	0.198	456	X-RAY DIFFRACTION	96.4143

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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