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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vpy | ||||||
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タイトル | UIC-16-MER extension of UIC-1 | ||||||
![]() | UIC-16-MER | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / synthetic construct | ||||||
機能・相同性 | METHANOL![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ganatra, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Diverse Proteomimetic Frameworks via Rational Design of pi-Stacking Peptide Tectons. 著者: Ganatra, P. / Wang, D.F. / Ganatra, V. / Dang, V.T. / Nguyen, A.I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8vogC ![]() 8vp7C ![]() 8vpcC ![]() 8vpdC ![]() 8vpeC ![]() 8vpjC ![]() 8vpsC ![]() 8vptC ![]() 8vpxC ![]() 8vpzC ![]() 8vq0C ![]() 8vsfC ![]() 8vt8C ![]() 8vw7C ![]() 8vw8C ![]() 8vxsC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1969.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-MOH / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.57 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: slow cooling / 詳細: methanol and water |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2023年11月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.729317 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.21→21.01 Å / Num. obs: 16793 / % possible obs: 96.31 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 11.75 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 5.63 |
反射 シェル | 解像度: 1.21→1.253 Å / Num. unique obs: 1682 / CC1/2: 0.474 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.21→21.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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