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- PDB-8vpw: Pseudomonas fluorescens G150T isocyanide hydratase at 298 K XFEL ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vpw
タイトルPseudomonas fluorescens G150T isocyanide hydratase at 298 K XFEL data, free enzyme
要素Isonitrile hydratase InhA
キーワードLYASE / isocyanide / isonitrile / X-ray free electron laser / serial crystallography
機能・相同性DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase-like / regulation of DNA-templated transcription / Isonitrile hydratase InhA
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / フーリエ合成 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Wilson, M.A. / Smith, N. / Dasgupta, M. / Dolamore, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM139978 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Changes in an enzyme ensemble during catalysis observed by high-resolution XFEL crystallography.
著者: Smith, N. / Dasgupta, M. / Wych, D.C. / Dolamore, C. / Sierra, R.G. / Lisova, S. / Marchany-Rivera, D. / Cohen, A.E. / Boutet, S. / Hunter, M.S. / Kupitz, C. / Poitevin, F. / Moss 3rd, F.R. / ...著者: Smith, N. / Dasgupta, M. / Wych, D.C. / Dolamore, C. / Sierra, R.G. / Lisova, S. / Marchany-Rivera, D. / Cohen, A.E. / Boutet, S. / Hunter, M.S. / Kupitz, C. / Poitevin, F. / Moss 3rd, F.R. / Mittan-Moreau, D.W. / Brewster, A.S. / Sauter, N.K. / Young, I.D. / Wolff, A.M. / Tiwari, V.K. / Kumar, N. / Berkowitz, D.B. / Hadt, R.G. / Thompson, M.C. / Follmer, A.H. / Wall, M.E. / Wilson, M.A.
履歴
登録2024年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2024年2月21日ID: 8TSF
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Isonitrile hydratase InhA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2602
ポリマ－24,2251
非ポリマー351
水2,756153
1
A: Isonitrile hydratase InhA
ヘテロ分子

A: Isonitrile hydratase InhA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5204
ポリマ－48,4492
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area16810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.129, 59.853, 56.144
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.887, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-446-

HOH

21A-546-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Isonitrile hydratase InhA / Isocyanide hydratase


分子量: 24224.699 Da / 分子数: 1 / 変異: G150T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: NRRL B-23932 / PF-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4K977
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.34 % / 解説: plate-like crystals
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 8.8
詳細: 15.5% PEG 3350, 125 MM MGCL2, AND 62 MM TRIS-HCL PH 8.8

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月10日 / Frequency: 30
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→22 Å / Num. obs: 52803 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 54.11 % / Biso Wilson estimate: 13.28 Å2 / CC1/2: 0.986 / R split: 0.133 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 16.43 % / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 2562 / CC1/2: 0.428 / R split: 0.625 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementFocal spot size: 9 µm2 / Pulse duration: 40 fsec. / Pulse photon energy: 12 keV / XFEL pulse repetition rate: 30 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: coMESH / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: crystallization buffer / Flow rate: 6 µL/min / Injector diameter: 100 µm / Injector temperature: 298 K / Power by: HPLC
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 19135 / Lattices indexed: 20796

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
cctbx.xfelデータ削減
cctbx.xfel.mergeデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.3→22 Å / SU ML: 0.128 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.9598
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.152 1997 3.78 %
Rwork0.128 50781 -
obs0.1289 52778 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1673 0 1 153 1827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00722051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87522842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0786327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082391
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0736765
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.330.28871420.2353609X-RAY DIFFRACTION99.95
1.33-1.370.25971410.21033603X-RAY DIFFRACTION100
1.37-1.410.2141400.18743595X-RAY DIFFRACTION99.97
1.41-1.450.20821430.16853631X-RAY DIFFRACTION100
1.45-1.510.1831420.14583612X-RAY DIFFRACTION99.97
1.51-1.570.17941430.13683616X-RAY DIFFRACTION99.97
1.57-1.640.15551420.11953609X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.720.14851430.11653639X-RAY DIFFRACTION99.97
1.72-1.830.1641420.1133603X-RAY DIFFRACTION99.89
1.83-1.970.16791430.11863614X-RAY DIFFRACTION99.92
1.97-2.170.12751430.1083652X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.490.11451450.11333657X-RAY DIFFRACTION100
2.49-3.130.14561420.12923645X-RAY DIFFRACTION99.89
3.13-220.13981460.12193696X-RAY DIFFRACTION99.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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